Những mặt hàng nông sản chính của Việt Nam xuất sang Nhật Bản là: cà phê, gạo, hạt điều, cao su, rau quả. So sánh với các nhóm hàng xuất khẩu sang Nhật Bản thì nhóm hàng nông sản là nhóm hàng nhiều tiềm năng nhưng có kim ngạch xuất khẩu hàng năm khiêm tốn nhất. Không chỉ khiêm tốn ở con số xuất sang Nhật Bản mà kim ngạch xuất khẩu nông sản của Việt Nam nói chung cũng rất thấp. Bộ Thương mại và Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đã có nhiều nỗ lực lớn nhằm đẩy mạnh sản xuất và xuất khẩu những mặt hàng rau, hoa và quả nên kim ngạch xuất khẩu rau, hoa, quả của chúng ta có chiều hướng tăng, nhưng mức tăng trưởng chậm và không ổn định, kim ngạch xuất khẩu còn rất nhỏ bé. Ví dụ như mặt hàng rau quả: nếu như năm 2000, kim ngạch xuất khẩu rau, hoa, quả sang các nước đạt 213 triệu USD, thì tới năm 2003, con số này lại giảm xuống còn 151 triệu USD, năm 2004 là 179 triệu USD và đến năm 2005 lại tăng lên 250 triệu USD,
Rau, hoa, quả xuất khẩu giai đoạn 2000-2005 chủ yếu là đóng hộp, sấy khô và một lượng nhỏ là xuất tươi hoặc cấp đông. Thị trường xuất khẩu chủ yếu vẫn là các thị trường truyền thống như Trung Quốc, Đài Loan, Nhật Bản và Singapore.
Hàng năm Nhật Bản nhập khẩu tới gần 3 tỷ USD rau quả nhưng Việt Nam mới bán được cho Nhật Bản khoảng 8-10 triệu USD/năm, chiếm khoảng 0,3% thị phần. Tiềm năng phát triển các mặt hàng này là rất lớn bởi người Nhật Bản có nhu cầu cao về hành, cải bắp, gừng, ớt, chuối, bưởi, cam, dứa, xoài và đu đủ, những loại được trồng phổ biến ở nước ta.
Cao su: trước đây đã có thời gian Việt Nam xuất cho Nhật Bản một lượng cao su khá lớn nhưng từ năm 2007 Việt Nam chỉ xuất được khoảng 4-5 ngàn tấn/năm là tối đa. Lý do chủ yếu là do chủng loại cao su của ta không thích hợp với thị trường Nhật Bản (Nhật Bản chủ yếu mua cao su RSS của Thái Lan).
Vì lý do đó, để đẩy mạnh xuất khẩu cao su vào Nhật Bản (cũng như các thị trường khác), cần nhanh chuyển đổi cơ cấu sản phẩm trong ngành cao su, cụ thể là giảm tỷ trọng cao su 3L, tăng tỷ trọng của cao su SR và cao su RSS. Ngoài việc chuyển đổi cơ cấu sản phẩm cao su thiên nhiên, các doanh nghiệp thuộc ngành cao su cần phối hợp với Tổng công ty Hoá chất để tìm hiểu khả năng liên kết với Nhật Bản trong việc phát triển công nghiệp chế biến cao su vào thị trường Nhật Bản.
Kim ngạch xuất khẩu rau, hoa, quả tươi nói riêng và hàng nông sản nói chung trong giai đoạn 2000-2005 không ổn định là do chúng ta chưa có được nguồn hàng cung cấp thường xuyên, chủ yếu theo mùa vụ tự nhiên, hàng hoá có chất lượng thấp và không đồng đều, nhiều lô hàng chưa đáp ứng được yêu cầu vệ sinh an toàn thực phẩm... Hơn nữa, trình độ nghiệp vụ kinh doanh xuất nhập khẩu của rất nhiều doanh nghiệp còn thấp, thiếu thông tin thị trường và giá cả, phương thức thanh toán không phù hợp với thông lệ quốc tế trong xuất nhập khẩu loại hàng này và nhất là phương pháp tổ chức từ sản xuất đến tiêu thụ và xuất khẩu còn rất yếu kém. Bởi vậy, hầu hết những đơn vị xuất khẩu rau, hoa, quả cũng mới chỉ chủ yếu xuất khẩu tiểu ngạch hoặc thu mua cung ứng cho bạn hàng nước ngoài theo từng lô hàng.