Trong yêu cầu và điều kiện mới của sự phát triển thị trường, hội nhập quốc tế, sự lãnh đạo của Đảng đối với Chính phủ cần tạo ra cho Đảng một tầm vóc cao hơn, thích nghi với thời đại, phù hợp với quy luật, tránh được những vết mòn mang tính bảo thủ. Để làm được việc đó cần thực hiện những biện pháp sau:
3.2.1. Nhất thể hóa một chức danh quyền lực giữa Đảng và Nhà nước để tạo điều kiện cho Chính phủ hoạt động một cách thông suốt và hiệu quả:
Trong những năm đầu của cuộc Cách mạng Tháng Tám, Đảng ta lãnh đạo Chính phủ với một cơ chế đơn giản nhưng hiệu lực lại rất cao Vì Chủ tịch Hồ Chí Minh là Chủ tịch Đảng đồng thời là Chủ tịch nước và Chủ tịch Chính phủ.
Với chế độ nhất nguyên về người đứng đầu Đảng với nguyên thủ quốc gia, đứng đầu cơ quan hành pháp cao nhất, mối quan hệ giữa các chức danh cấp cao nằm ở trong tay một người. Quyền lực tập trung, công việc giải quyết nhanh gọn, lại không tạo ra sự “xung đột” giữa các chủ thể quyền lực.
Về sau, theo Hiến pháp năm 1959, Chủ tịch Hồ Chí Minh không đứng đầu Chính phủ, việc đó giao cho Thủ tướng Phạm Văn Đồng. Trên thực tế, mối quan hệ giữa Chủ tịch với Thủ tướng là làm việc hàng ngày, trao đổi thường xuyên, và chỉ có một bộ máy văn phòng lo cho công việc của Chủ tịch và Thủ tướng.
Từ năm 1986 trở lại đây, chức danh Tổng Bí thư ở nước ta được tách riêng, và các Tổng Bí thư không kiêm công việc Nhà nước. Do vậy, mối quan hệ giữa Tổng Bí thư và Thủ tướng Chính phủ nếu thiếu những định chế rõ ràng thì sự phối hợp sẽ mang tính thể chế. Việc tách riêng hai chức danh quyền lực này chắc chắn cũng tạo nên những khó khăn cho sự phối hợp hành động do nó tạo rao những khâu trung gian trong quá trình xử lý công việc; và đặc biệt nếu như hai chủ thể làm việc không thực sự “ăn ý”, phối hợp thiếu nhịp nhàng, có thể sẽ gây nên sự thiếu thông suốt và hiệu quả trong hoạt động lãnh đạo. Xét về lý thuyết cũng như thực tế, hiện tượng này hoàn toàn có thể xảy ra. Do vậy, để xóa bỏ những rào cản không cần thiết, đã đến lúc chúng ta cần nhất thể hóa các vị trí quyền lực chủ chốt trong hệ thống, tức là tổ chức lại cấu trúc quyền lực của hệ thống để nó có thể tạo ra hiệu quả tối ưu về mặt kỹ thuật.
Chúng ta có thể tính đến hai phương án: 1. Tổng Bí thư đồng thời là Thủ tướng Chính phủ; hoặc 2. Tổng Bí thư đồng thời là Chủ tịch nước.
Phương án thứ nhất gắn người đứng đầu Đảng với người đứng đầu Chính phủ, tức là gắn với việc giải quyết công việc hàng ngày. Đây là mô hình được áp dụng phổ biến ở các nước theo chính thể đại nghị. Điều này đòi hỏi chức danh này phải là người có tầm vóc về cả phương diện lý luận lẫn óc thực tiễn.
Phương án thứ hai gắn chức danh đứng đầu Đảng và chức danh đứng đầu Nhà nước đã được áp dụng trong mô hình của Trung Quốc và Lào.
Tuy nhiên, với hai phương án kể trên thì phương án thứ hai khả thi hơn trong điều kiện thực tế ở nước ta.
Việc nhất thể hóa các chức danh quyền lực trong bộ máy của Đảng và của Nhà nước sẽ làm giảm bớt các khâu trung gian, giảm bớt chi phí ra quyết định, tạo cho nhà nước một vị thế quyền lực mới, cho phép bộ máy phản ứng nhanh, tức thì đối với các tình huống phát sinh trong đời sống xã hội. Nếu để tồn tại hai chức danh, hai bộ máy song trùng như hiện nay, mỗi quyết định được đưa ra cần phải qua hai quy trình xử lý, nhưng nếu hợp nhất hai chức danh, có nghĩa là chúng ta đã giảm bớt được một đầu mối, làm cho thời gian đưa ra một quyết định nhanh gấp hai lần. Năng suất và hiệu quả của “lao động quyền lực” là yếu tố sẽ góp phần quan trọng vào sự thành công trong hoạt động của Nhà nước, đặc biệt là trong bối cảnh toàn cầu hóa, xã hội thông tin, “thế giới phẳng”, đòi hỏi các chủ thể quyền lực phải đưa ra các quyết định nhanh nhạy và tức thì như hiện nay.
Như vậy, dù Đảng lựa chọn phương án nào thì cũng cần làm rõ định chế mối quan hệ làm việc giữa Tổng Bí thư với Thủ tướng, giữa Bộ Chính trị và Ban Bí thư với Chính phủ. Đây là một đòn hỏi khách quan về sự lãnh đạo của Chính phủ.
3.2.2. Sắp xếp lại hệ thống các Ban Cán sự Đảng trong Chính phủ:
Chúng ta cần nghiên cứu lại mô hình hệ thống Ban Cán sự Đảng; cần đánh giá chính xác các mặt mạnh, mặt yếu của tổ chức Ban cán sự Đảng trong hệ thống bô máy của Chính phủ, các bộ, tổng cục, tổng công ty, tổ chức đảng bộ các khối trung ương, tổ chức đảng bộ văn phòng ở các cơ quan trung ương trong việc tổ chức lại các cơ quan này.
Phải tổ chức lại hệ thống Ban Cán sự Đảng ở các bộ, theo đó Bộ Chính trị và Ban Bí thư chỉ cần nắm cơ quan hành pháp thông qua Ban Cán sự Đảng Chính phủ, mà không phải nắm đến Ban cán sự Đảng các bộ.
3.2.3. Đổi mới cách thức bố trí nhân sự của Chính phủ:
Phương thức lãnh đạo quyết định phương hướng xây dựng và vận hành tổ chức bộ máy. Khi phương thức lãnh đạo được đổi mới thì tổ chức bộ máy của Chính
phủ cũng thay đổi tương ứng. Để Quốc hội có thể kiểm soát và giám sát được Chính phủ, cần phải tăng cường số Ủy viên Bộ Chính trị làm việc chuyên trách trong Quốc hội và chỉ bố trí một Ủy viên Bộ Chính trị làm Thủ tướng, còn các Phó Thủ tướng chỉ cần là Ủy viên Trung ương Đảng và các Bộ trưởng không nhất thiết là Ủy viên Trung ương Đảng; thậm chí có thể sử dụng cả nhân tài ngoài Đảng. Bởi vì, đây là những chức danh mang tính chuyên môn, đòi hỏi những phẩm chất và kỹ năng khác hẳn với cán bộ chuyên môn làm công tác Đảng.