3.3.1. Thể chế hóa sự lãnh đạo của Đảng đối với các cơ quan tư pháp:
Để tránh những chỉ đạo mang tính chủ quan, ngẫu hứng của cấp ủy Đảng các cấp, cần phải thể chế hóa sự lãnh đạo của Đảng, biến các nguyên tắc chung chung thành các điều luật, quy định một các rõ ràng, cụ thể và minh bạch.
Trong quá trình thể chế hóa sự lãnh đạo của Đảng cần phải quy định hết sức rõ ràng và cụ thể. Việc gì cần xin ý kiến cấp ủy, việc gì cấp ủy không cần can thiệp? Cấp ủy chịu trách nhiệm công việc ở mức độ nào? Trách nhiệm chính trị và trách nhiệm pháp lý của cấp ủy đến đâu khi tham gia vào quá trình xét xử? Càng đưa ra những quy định cụ thể, chi tiết thì bộ máy vận hành càng thông suốt.
Về mặt nguyên lý, Đảng lãnh đạo Nhà nước trước hết là lãnh đạo bằng đường lối, trong khi nhà nước pháp quyền là hoạt động dựa trên pháp luật, nên sự lãnh đạo của Đảng rốt cuộc không có cách nào khác là phải được thể hiện qua pháp luật, chứ không phải qua sự can thiệp, “cho ý kiến” trực tiếp của cấp ủy vào chức năng của cơ quan công quyền.
Trong trường hợp chúng ta chưa thể chế hóa sự lãnh đạo của Đảng ở các cấp chính quyền, các cơ quan nhà nước nay do cần có thời gian chuẩn bị, thì phải coi những cá nhân trong cấp ủy ký các văn bản, bí thư cấp ủy đảng ký nghị quyết chỉ đạo những công việc thuộc trách nhiệm đã được luật định của chính quyền, như một pháp nhân phải chịu trách nhiệm kinh tế (bồi thường) hoặc hình sự trước pháp luật, đối với văn bản, nghị quyết đó.
3.3.2. Về sự phối hợp giữa các cơ quan thuộc khối nội chính trong quá trình điều tra, xét xử:
Như đã trình bày, ở hầu hết các cấp xét xử, cấp ủy đều sử dụng một cơ chế giống nhau là chế độ họp liên ngành giữa cơ quan công an, viện kiểm sát và tòa án để định hướng xét xử, thống nhất ý kiến về chủ trương giải quyết vụ án, thậm chí có trường hợp còn dự kiến sẵn mức án. Cách làm này không phù hợp với điều kiện xây dựng nhà nước pháp quyền. Sự lãnh đạo của cấp ủy ở đây đối với các cơ quan thuộc khối nội chính cần được hiểu là: trước khi xét xử một vụ án quan trọng nào đó, cấp ủy có thể làm việc với từng cơ quan trong khối nội chính để nghe ý kiến của họ về vụ án, trên cơ sở đó, cấp ủy có thể đưa ra những định hướng cần thiết về quan điểm xét xử của cấp ủy, chứ không đưa ra các tội danh cụ thể, cũng như hình phạt đối với tội danh này.