Để đảm bảo công tác quản lý tài chính được tốt thì vấn đề kiểm tra, kiểm soát tài chính trong đơn vị là rất cần thiết. Việc kiểm tra, kiểm soát tài chính phải được thực hiện từ bên trong và bên ngoài đơn vị.
Trước hết việc kiểm tra, kiểm soát tài chính phải được thực hiện từ bên trong đơn vị: Tăng cường công tác tự kiểm tra tài chính, kế toán tại đơn vị mình phải được thường xuyên và chi tiết. Thông qua công tác tự kiểm tra bệnh viện đánh giá được tình hình chấp hành dự toán ngân sách hàng năm của đơn vị, tình hình chấp hành quy chế chi tiêu nội bộ, tình hình chấp hành tiết kiệm, chống lãng phí của đơn vị đồng thời cũng đánh giá được chất lượng hoạt động , tình tình chấp hành cơ chế, chính sách và các khoản thu, chi tài chính, quản lý và sử dụng tài sản, tiền vốn, sử dụng các quỹ của Bệnh viện. Thông qua công tác tự kiểm tra, bệnh viện sớm phát hiện và chấn chỉnh kịp thời các sai phạm, áp dụng sử lý các sai phạm theo quy định, tổ chức rút kinh nghiệm, đánh giá những khuyết điểm, nguyên nhân và phương hướng, biện pháp khắc phục nhằm tăng cường công tác quản lý tài chính kế toán tại bệnh viện. Có thể nói đây là một cách thức đẻ bệnh viện luôn chủ động hoàn thiện chính mình để hiệu quả công việc ngày càng cao hơn.
Bên cạnh việc kiểm tra, kiểm soát tài chính của các cơ quan chức năng thì việc thực hiện công tác tự kiểm tra trong nội bộ bệnh viện là rất cần thiết. Cơ sở để bệnh viện tự kiểm tra là quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị. Quy chế chi tiêu nội bộ xây dựng tốt thì công tác tự kiểm tra sẽ có hiệu quả, mọi khoản thu chi không đúng với quy chế chi tiêu nội bộ phải được điều chỉnh kịp thời. Nguyên tắc tự kiểm tra, kiểm soát của hệ thống thông tin kế toán cũng như việc tổ chức kiểm tra kế toán trong nội bộ các đơn vị có ý nghĩa vô cùng quan trọng và cần thiết. Nó đảm bảo thông tin kế toán được cung cấp kịp thời, chính xác, đúng với chính sách, chế độ quản lý kinh tế - tài chính nói chung và chế độ, thể lệ kế toán quy định nói riêng phù hợp với yêu cầu quản lý vĩ mô, vi mô nền kinh tế.
Giải pháp cơ bản hoàn thiện hệ thống kiểm tra kế toán và kiểm toán nội bộ như sau:
Thứ nhất, Cần xây dựng kế hạch kiểm tra tài chính nội bộ. Trong kế hoạch phải xây dựng hình thức kiểm tra, xác định rõ người chịu trách nhiệm khi kiểm tra ở từng khâu công việc, đối tượng nội dung, thời gian kiểm tra. Việc xây dựng kế hoạch kiểm tra phải được thực hiện ngay từ đầu năm
Thứ hai, xác định đối tượng của công tác kiểm tra và địa điểm tiến hành kiểm tra. Đối tượng chính của kiểm tra nội bộ là báo cáo kế toán, sổ sách kế toán, chứng từ kế toán, tài sản và tình hình sử dụng tài sản. Căn cứ quá trình kiểm tra để đánh giá đúng tình hình quản lý vốn và sử dụng tài sản của ngân sách đồng thời xác định hiệu quả của hoạt động sản xuất kinh doanh của đơn vị.
Thứ ba, định kì phải báo cáo và công khai kết quả kiểm tra, qua trình kiểm tra nếu có phát hiện sai sót cần phải đề xuất biện pháp để sửa chữa và điều chỉnh kịp thời.