Bên cạnh những lợi ích mà ngân hàng xanh mang lại, việc phát triển ngân hàng xanh cũng còn phải đối mặt với nhiều thách thức. Một số thách thức của hoạt động ngân hàng xanh có thể kể đến như bên dưới đây.
Thứ nhất là thách thức về dòng tiền. Các khoản đầu tư vào các dự án xanh thường có thời gian hoàn vốn dài hạn với dòng tiền thấp trong ngắn hạn. Vì vậy, đứng trước các quyết định cho vay, các ngân hàng cần phải đánh giá những rủi ro này bên cạnh phân tích dòng tiền hoặc phân tích chi phí và lợi ích cho các khoản đầu tư, dự phòng xanh này. Việc này sẽ mất thời gian và tốn kém chi phí cho ngân hàng; do đó, có thể khó thực hiện nhiều dự án cùng một lúc. Đồng thời, việc theo đuổi mục tiêu cơ bản của ngân hàng xanh là hỗ trợ các dự án, đầu tư xanh với trọng tâm là thúc đẩy phát triển bền vững và bảo vệ môi trường, trong khi các dự án đầu tư này có thể không tập trung vào việc tạo ra lợi nhuận hoặc mang lại lợi nhuận thấp trong ngắn hạn. Điều này sẽ dẫn đến lợi nhuận thấp hơn cho các ngân hàng.
Hai là thời gian khởi động, gây dựng một ngân hàng xanh có thể khá dài, số lượng khách hàng ban đầu có thể thấp. Hoạt động ngân hàng xanh thường mất nhiều thời gian hơn cho việc triển khai trước và chuẩn bị so với các hoạt động thông thường. Các tiêu chuẩn cao có thể hạn chế số lượng khách hàng của ngân hàng
Ba là chi phí hoạt động cao hơn. Các ngân hàng xanh cần đầu tư rất nhiều vốn vào việc giáo dục và thường xuyên đào tạo đội ngũ nhân viên ngân hàng có chuyên môn, tài năng và kỹ năng để đánh giá các tác động môi trường của các cơ quan / dự án. Nhân viên ngân hàng cũng cần có thêm kiến thức nền tảng và kinh nghiệm trong việc xử lý các dự án / dự án đầu tư xanh. Ngoài ra, các ngân hàng đôi khi cũng cần đầu tư vào các công nghệ hiện đại để đánh giá tác động môi trường của các dự án / đầu tư “xanh”.
Bốn là thiếu dữ liệu đáng tin cậy về đánh giá tác động môi trường của các dự án. Các ngân hàng cần dữ liệu đáng tin cậy để đánh giá tác động môi trường của các dự án, các khoản đầu tư xanh. Tuy nhiên, các dữ liệu đáng tin cậy này thường không có sẵn cho các ngân hàng. Nói cách khác, các ngân hàng không thể tự mình đánh giá độ tin cậy của dữ liệu, mà thay vào đó, cần phải thu thập dữ liệu đáng tin cậy về việc đánh giá các thỏa thuận ô nhiễm. Đôi khi các ngân hàng cũng có thể cần các đánh giá chuyên môn của các chuyên gia đánh giá môi trường độc lập. Tuy nhiên, do khó đánh giá tác động môi trường của các dự án, các ngân hàng cũng phải đối mặt với rủi ro tài trợ cho các dự án “bẩn” không được coi là “xanh” hoặc có thể gây tổn hại đến môi trường và sự phát triển bền vững, điều đấy lại gây ra các tác động ngược làm ảnh hưởng đến danh tiếng của các ngân hàng.
Năm là thiếu các hướng dẫn chính thức về ngân hàng xanh. Ngân hàng xanh là một khái niệm mới trong ngành ngân hàng, đặc biệt là ở các nước đang phát triển như Việt Nam. Do đó, một khung pháp lý chính thức về ngân hàng xanh vẫn chưa được Chính phủ ban hành. Ngoài ra, khung pháp lý để đánh giá các dự án “xanh” không được thiết lập và hợp nhất chính thức giữa các cơ quan chính phủ, điều đó có thể gây khó khăn trong việc mở rộng hoạt động ra nước ngoài…