Trong quá trình hoạt động, các SME vẫn gặp nhiều khó khăn và thử thách làm cản trở quá trình phát triển của doanh nghiệp. Vấn đề vốn đang được xem là bức xúc nhất. Hầu hết các SME đều có nhu cầu vay vốn để đầu tư phát triển, cải tiến trang thiết bị khoa học kỹ thuật nhưng đều vướng phải những hàng rào khó vượt qua về tài sản thế chấp nên khó tiếp cận các nguồn vốn vay.
Vốn của doanh nghiệp gồm hai bộ phận: Vốn chủ sở hữu và vốn nợ, mỗi bộ phận được cấu thành từ nhiều khoản mục khác nhau tuỳ thuộc vào thành phần kinh tế. Nguồn vốn của SME dựa phần nhiều vào vốn chủ sở hữu, trong đó, vốn góp ban đầu của SME thường thấp, lợi nhuận giữ lại không đáng kể do lợi nhuận không nhiều, khó khăn trong việc huy động vốn thông qua phát hành cổ phiếu. Việc huy động vốn thông qua gia tăng vốn cổ phần của SME gặp khó khăn chủ yếu do hạn chế của cán bộ quản lý trong các SME, phần đông chưa qua đào tạo, việc thiết lập dự án để chứng minh tính khả thi của cơ hội kinh doanh là một điều không dễ, đặc biệt tại các quốc gia đang phát triển nơi mà thị trường tài chính chưa phát triển ổn định và hoàn thiện.
Vốn vay của các SME phần lớn đến từ những nguồn không chính thức (như tự gia đình, bạn bè hoặc dựa vào vốn của nhau), thậm chí phải vay tín dụng đen với lãi suất cao hơn nhiều lần so với lãi suất chính thức (Nguyễn Cảnh Hiệp, 2019). Vì
vậy, việc tiếp cận vốn từ NHTM thực sự quan trọng đối với các SME nhưng thủ tục phức tạp, yêu cầu về tài sản đảm bảo cũng như nhiều yếu tố khác làm cho việc tiếp cận vốn tín dụng từ thị trường chính thức của các SME gặp nhiều hạn chế.
Tình trạng thiếu vốn sẽ kéo theo nhiều khó khăn cho doanh nghiệp như thiếu máy móc, trang thiết bị hiện đại phục vụ sản xuất dẫn tới năng suất lao động không cao, chất lượng thành phẩm kém, không đáp ứng được nhu cầu của người tiêu dùng. Và khi hàng hoá sản xuất ra không thể tiêu thụ thì tình hình tài chính của doanh nghiệp không thể khả quan, dễ dẫn tới phá sản nhanh chóng. Hơn nữa, thiếu vốn sẽ khiến chủ doanh nghiệp không có được những người quản lý và nhân công tài giỏi để phục vụ quá trình sản xuất kinh doanh. Tuy nhiên, doanh nghiệp có thể cải thiện được tình hình trên, phát triển sản xuất nếu được hỗ trợ về vốn.