Bên cạnh những kết quả đạt được thì KSNB của Công ty TNHH Xây dựng 368 Bắc Ninh vẫn còn những hạn chế sau:
Thứ nhất, về môi trường kiểm soát:
Công ty chưa quy định rõ các hình thức kỉ luật cụ thể theo từng trường hợp vi phạm, vì vậy khi vi phạm thì nhân viên không biết về vấn đề được hỏi mình sẽ nhận hình thức kỉ luật nào, việc xử lý kỉ luật như thế nào sẽ do hội đồng kỉ luật quyết định. Điều này dẫn đến việc xử lý còn mang nhiều cảm tính, một số nhân viên cảm thấy có sự phân biệt và không công bằng khi bị xử phạt.
Công ty chưa thật sự chú trọng đến việc điều chỉnh khôi lượng công việc thích hợp giữa các bộ phận, một số bộ phận phải đảm nhận quá nhiều và thời gian xử lý phải nhanh chóng, trong khi các thông tin đều phải bảo mật nên nhân viên dễ sai sót trong quá trình làm việc.
Dù có bảng mô tả công việc khi tuyển dụng nhân sự cho từng vị trí, vẫn còn một số nhân viên do quen biết nên được tuyển dụng, điều này dẫn đến việc không đảm bảo được chuyên môn cho công việc.
Một phần các trưởng phó phòng ban hoặc các nhân vật chủ chốt của Công ty thường là người thân quen của ban lãnh đạo nên đôi khi chuyên môn và năng lực chưa đủ đáp ứng để giải quyết công việc, vì thế việc chuyển công tác hoặc nghỉ làm
của các nhân viên này thường xảy ra. Bên cạnh đó, công việc tại đơn vị quá nhiều và thời gian xử lý rất gấp nên tạo áp lực đối với nhân viên và đặc biệt là các nhân sự chủ chốt của Công ty nên cũng ảnh hưởng đến việc xin nghỉ hoặc chuyển công tác.
Công ty đã quy định rất rõ về năng lực và trình độ của nhân viên, tuy nhiên những trường hợp người thân quen của ban lãnh đạo được tuyển dụng đôi khi không đáp ứng được yêu cầu của công việc nhưng ít khi bị sa thải mà hầu hết đều được chuyển sang công tác tại đơn vị khác.
Bộ phận kiểm soát của đơn vị chưa thật sự đáp ứng yêu cầu của đơn vị vì bộ phận kiểm soát là thành viên của đơn vị nên vẫn chưa thật sự độc lập trong việc kiểm tra, kiểm soát cũng như báo cáo vẫn còn mang tính cá nể chưa phản ánh hết các sai sót trong quá trình hoạt động của đơn vị.
Dù Nhà quản lý thường xuyên trao đổi với cấp dưới nhưng những phản hồi của nhân viên cũng chưa thật sự phản ánh đúng với thực tế vì hầu hết trưởng phó phòng của các bộ phận là người thân của ban lãnh đạo.
Cơ cấu tổ chức của Công ty hiện nay vẫn còn những điểm chưa phù hợp với hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, có một số bộ phận tập trung quá nhiều việc trong khi nhân sự lại ít vì vậy có thể dẫn đến sai sót và không hoàn thành nhiệm vụ được giao.
Việc phân chia quyền hạn và trách nhiệm tại đơn vị còn chưa thật sự tương xứng với nhau. Điều này dẫn đến một số nhân viên cảm thấy chán nản, thiếu tinh thần làm việc...
Thứ hai, về đánh giá rủi ro:
Công ty chưa thật sự chú trọng đến việc nhận diện rủi ro phát sinh từ các nhân tố bên ngoài như những vấn đề liên quan đến biến động của nền kinh tế hoặc tình hình thay đổi các chính sách và luật pháp, vì vậy kế hoạch của Công ty đề ra đôi khi chưa phù hợp với điều kiện thực tế của đơn vị.
Công ty chưa xây dựng cơ chế nhận diện rủi ro từ bên trong như những thay đổi nhân sự chủ chốt hoặc thay đổi hệ thống thông tin của Công ty. Công ty chủ yếu nhận dạng những rủi ro đã phát sinh mà chưa hướng đến những rủi ro tiềm tàng, chủ yếu phát hiện rủi ro thông qua các báo cáo trong các cuộc họp mà chưa có một bộ phận nhận dạng rủi ro ảnh hưởng đến việc thực hiện mục tiêu của đơn vị.
Công ty không có bộ phận đánh giá và đối phó rủi ro, thiếu công cụ để định lượng rủi ro vì vậy việc đối phó rủi ro vẫn mang tính cảm tính. Khi có rủi ro xảy ra các nhà quản lý lựa chọn phương án đối phó với rủi ro nhưng chưa tính đến các rủi ro khác từ việc lựa chọn phương án đó. Nhìn chung, các nhà quản lý vẫn chưa được trang bị đầy đủ các kiến thức và công cụ để đánh giá rủi ro một cách đầy đủ.
Thứ ba, về hoạt động kiểm soát:
Các báo cáo trình lên ban lãnh đạo chưa đảm bảo chính xác và kịp thời. Điều này gây ảnh hưởng rất lớn trong các quyết định đề ra kế hoạch kinh doanh của ban lãnh đạo.
Về vấn đề soát xét chứng từ trước khi thực hiện, theo quy định phải có đầy đủ bộ chứng từ mới được thanh toán, tuy nhiên trong thực tế tại đơn vị còn có sự cả nể đối với các cấp lãnh đạo nên việc thanh toán vẫn chưa thực hiện theo đúng quy định của Công ty. Về việc quản lý ngày và giờ công của nhân viên chưa được các trưởng phó phòng thực hiện tốt dẫn đến một số trường hợp không chấp hành quy định về giờ giấc làm việc của Công ty.
Việc thay đổi thiết kế của các công trình, dự án (do không khảo sát kỹ thực tế) phát sinh sau khi Công ty đã thực hiện việc mua sắm vật tư thiết bị; hoặc dự toán không sát thực tế nên theo dự toán thiết kế có số lượng sử dụng vật tư thiết bị nhiều so với thực xuất thi công đã làm cho giá trị tồn kho cao làm cho nguồn vốn của Công ty bị ứ đọng, gây lãng phí thời gian và chi phí của Công ty.
Do khối lượng vật tư tại Công ty rất lớn, các hoạt động phát sinh hàng ngày nhiều nên việc kiểm kê kho kho hàng tháng không thực hiện được. Thông thường, việc kiểm kê chỉ thực hiện vào cuối năm nên sẽ không có thời gian và nhân lực để kiểm kê hết các mặt hàng. Điều đó làm cho việc kiểm soát kho bãi của kho khó khăn.
Khi các công trình thi công trong thời gian dài, cần số lượng vật tư nhiều, việc theo dõi xuất vật tư khó khăn, dễ gây nhầm lẫn và tốn kém về thời gian.
Thứ tư, về thông tin, truyền thông:
Công ty chưa có bộ phận kế toán quản trị riêng biệt nên việc phân tích chuyên sâu về các vấn đề bị hạn chế do Công ty chưa có sự đầu tư để xây dựng bộ phận kế
toán quản trị làm đầu mối phân tích cụ thể, rõ ràng, chi tiết các vấn đề mà Ban lãnh đạo yêu cầu. Khả năng phối kết hợp trong việc cung cấp thông tin và tổng hợp báo cáo giữa các bộ phận chức năng còn yếu. Đó là do khối lượng công việc của các bộ phận có liên quan rất lớn: hàng ngày giải quyết các nghiệp vụ phát sinh thường xuyên, liên tục nên thời gian nghiên cứu, phân tích số liệu bị hạn chế.
Mặc dù các nhân viên thường xuyên báo cáo tình hình công việc với trưởng bộ phận, từ đó trưởng bộ phận báo cáo lên lãnh đạo, tuy nhiên vì đa phần trưởng bộ phận là người quen của ban lãnh đạo nên các nhân viên trong Công ty còn tâm lý e ngại, cả nể, ngại va chạm nên thông tin báo cáo lên trên còn chưa thực sự chính xác. Đơn vị không có một bộ phận độc lập để thu thập thông tin từ nhân viên, điều này dẫn đến việc phản hồi thông tin từ dưới lên trên chưa thật tự hiệu quả.
Thứ năm, về giám sát:
Công ty chưa có bộ phận kiểm toán nội bộ để đánh giá, xem xét đầy đủ và hiệu quả của KSNB, của tình hình thực hiện các chế độ, quy định và các chính sách của Công ty.
Việc giám sát thường xuyên tại đơn vị chưa thật sự tốt. Các trưởng phó phòng ban ít khi giám sát công việc của nhân viên trong phòng, dẫn đến khi nhân viên gây ra sai sót thì các trưởng phó phóng ban mới biết.