Căn cứ Nghị định số 25/2010/NĐ-CP ngày 19/3/2010 của Chính phủ về việc chuyển đổi công ty nhà nước thành công ty Trách nhiệm hữu hạn (TNHH) một thành viên, ngày 30/1/2011 Thống Đốc NHNN ra quyết định số 214/QĐ-NHNN về việc chuyển đổi Agribank Việt Nam thành công ty TNHH một thành viên do Nhà nước làm chủ sở hữu, theo đó, Agribank Việt Nam có quyền tự chủ về tài chính, chịu trách nhiệm về kết quả kinh doanh, bảo toàn và phát triển vốn do Nhà nước giao cho Agribank Việt Nam.
Agribank Việt Nam được tổ chức theo mô hình 2 cấp, cấp quản trị điều hành và cấp kinh doanh (thể hiện qua sơ đồ 01). Tại trụ sở chính gồm có Hội đồng thành viên, Ban điều hành và các đầu mối tham mưu là các Ban và 2 Văn phòng đại diện; các đơn vị trực tiếp kinh doanh gồm có các chi nhánh, các đơn vị hạch toán độc lập, phụ thuộc, sự nghiệp, hùn vốn góp liên doanh.
(Theo nguồn: Tổng quan Agribank 2013)
Tính đến ngày 31/12/2013, cơ cấu tổ chức của Agribank cụ thể bao gồm 21 Ban, Trung tâm tại Trụ sở chính; 03 Đơn vị sự nghiệp, 02 Văn phòng đại diện; 08
Công ty con; 01 Ngân hàng liên doanh; 01 chi nhánh nước ngoài tại Campuchia; 834 chi nhánh (158 chi nhánh loại 1; 776 chi nhánh loại 2, 3) và 1.393 Phòng giao dịch.
Toàn hệ thống Agribank Việt Nam hiện nay có đội ngũ cán bộ, viên chức gần 42.000 người (chiếm trên 40% cán bộ, viên chức ngành Ngân hàng cả nước) có trình độ chuyên môn nghiệp vụ, gắn bó với địa phương.
Trên nền tảng công nghệ thông tin hiện đại, Agribank đẩy mạnh phát triển hệ thống sản phẩm dịch vụ tiện ích, hiện đại, vươn lên dẫn đầu về các sản phẩm có nhiều tính năng ưu việt như Tiết kiệm bậc thang, Thu Ngân sách Nhà nước, Chuyển tiền (Agri-Pay), Kiều hối, Thanh toán biên mậu, Đầu tư tự động, Nhờ thu tự động, Thẻ, sản phẩm liên kết Ngân hàng - Bảo hiểm (Banccasurance), Tiết kiệm học đường, các sản phẩm dịch vụ hướng đến nông nghiệp, nông dân, nông thôn.
Trải qua hơn 26 năm, đặc biệt trong bối cảnh những năm gần đây, khi mà nền kinh tế thế giới và trong nước gặp nhiều bất ổn, khủng hoảng với nhiều khó khăn, thách thức, nhưng Agribank vẫn tiếp tục khẳng định vai trò và thương hiệu của một ngân hàng thương mại hàng đầu - một định chế tài chính lớn nhất Việt Nam đối với thị trường nông thôn, thực hiện nghiêm túc, có hiệu quả các chủ trương chính sách của Chính phủ và chỉ đạo của NHNN, góp phần ổn định mục tiêu kiềm chế lạm phát, ổn định nền kinh tế vĩ mô, đảm bảo an sinh xã hội.