Hiện nay, hoạt động thanh toán qua ngân hàng của Việt Nam chủ yếu được xử lý qua: (i) Các hệ thống thanh toán do NHNN tổ chức, vận hành và quản lý (Hệ thống thanh toán bù trừ điện tử/giấy; Hệ thống thanh toán điện tử liên ngân hàng); (ii) Các hệ thống chuyển mạch và thanh toán bù trừ thẻ; (iii) Các hệ thống thanh toán bù trừ và quyết toán chứng khoán; (iv) Các hệ thống thanh toán nội bộ, thanh toán song phương do một số TCTD tổ chức, vận hành và quản lý.
Riêng đối với các giao dịch thanh toán quốc tế được chủ yếu xử lý qua Dịch vụ chuyển tiền quốc tế qua hệ thống SWIFT và Dịch vụ chuyển tiền Western Union (WU) do các TCTD trong nước trực tiếp thỏa thuận, ký kết tham gia, hợp tác với các tổ chức quốc tế. Bên cạnh đó, từ năm 2007, NHNN cũng chấp thuận, chỉ định NHTMCP Ngoại thương Việt Nam hoạt động với tư cách là ngân hàng thanh toán bù trừ nội địa các giao dịch thẻ Visa của các thành viên trong nước qua tài khoản của các ngân hàng thành viên mở tại NHTMCP Ngoại thương Việt Nam, làm đầu mối thanh toán đối với các giao dịch thẻ Visa thực hiện trong nước. Từ năm 2012, NHTMCP Đầu tư & Phát triển Việt Nam cũng được chính thức triển khai dịch vụ đại lý quyết toán các giao dịch nội địa thẻ Master Card để thực hiện thanh toán bù trừ và quyết toán các giao dịch nội địa đối với thẻ Master Card.
Hiện nay các hệ thống thanh toán do NHNN tổ chức và quản lý đang hoạt động ổn định, an toàn phát huy hiệu quả, phục vụ tốt trong nền kinh tế, góp phần đẩy nhanh tốc độ thanh toán và phát triển TTKDTM. Cụ thể về tình