Ngân hàng Phát triển nhà đồng bằng sông Cửu Long (MHB) được thành lập năm 1997 theo quyết định 769/TTg của Thủ tướng Chính phủ. MHB được chuẩn y Điều lệ về tổ chức và hoạt động theo Quyết định số 408/1997/QĐ-NHNN5 của Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ngày 08/12/1997 với thời gian hoạt động là 99 năm kể từ ngày 18/09/1997.
Nếu so sánh với các ngân hàng quốc doanh khác được hình thành trên cơ sở sắp xếp lại từ Ngân hàng Nhà nước, có sẵn mạng lưới chi nhánh, đội ngũ cán bộ, cơ sở vật chất, thì MHB là Ngân hàng quớc doanh ra đời sau, chỉ có quyết định thành lập, không có mạng lưới, thị phần, khách hàng. Toàn bộ quy trình nghiệp vụ, quản lý, cơ sở vật chất, sản phẩm, dịch vụ phải xây dựng từ đầu.
Hoạt động chủ yếu của MHB là thực hiện các giao dịch ngân hàng bao gồm huy động và nhận tiền gửi ngắn hạn, trung hạn và dài hạn từ các tổ chức, cá nhân; cho vay ngắn hạn, trung hạn, dài hạn đối với các tổ chức và cá nhân trên cơ sở tính chất và khả năng nguồn vốn của Ngân hàng; thực hiện các giao dịch ngoại tệ, các dịch vụ tài chính thương mại quốc tế, chiết khấu thương phiếu, trái phiếu và các giấy tờ có giá khác; cung cấp dịch vụ trung gian môi giới, và các dịch vụ ngân hàng khác được NHNN cho phép.
Đến năm 2001, Thủ tướng Chính phủ đã ký quyết định số 160/2001/QĐ-TTg phê duyệt đề án tái cơ cấu MHB nhằm xây dựng MHB thành một ngân hàng thương mại hoạt động đa năng, đóng vai trò chủ đạo trong cho vay phát triển nhà ở, xây dựng kết cấu hạ tầng, hoạt động an toàn, hiệu quả. MHB cung cấp đầy đủ các sản phẩm, dịch vụ tài chính của một ngân hàng hiện đại. Cho đến nay, MHB đã nhận được sự tín nhiệm rất lớn từ khách hàng.
Năm 2008, kỷ niệm 10 năm hoạt động đón nhận Huân chương hạng 2.
Năm 2010 vốn điều lệ được bổ sung lên 3000 tỷ đồng.
Ngày 20/7/2011, Ngân hàng MHB đã tiến hành đấu giá cổ phần lần đầu ra công chúng (IPO) thành công với 17,74 triệu cổ phần được đấu giá với 3.744 nhà đầu tư cá nhân và tổ chức tham gia.
Ngân hàng MHB được Ngân hàng Nhà nước xếp vào nhóm những tổ chức tín dụng hoạt động lành mạnh, ổn định, an toàn và được cấp mức tăng trưởng tín dụng cao nhất trong năm 2012. Năm 2011, cũng là năm thứ 5 liên tiếp MHB vinh dự nhận giải Thương hiệu mạnh tại Việt Nam.
So với các ngân hàng thương mại nhà nước khác, MHB là ngân hàng trẻ nhất, nhưng lại có tốc độ phát triển nhanh nhất. Sau gần 14 năm hoạt động, tính đến năm 2011, tổng tài sản của MHB,đạt gần 50.000 tỷ đồng (tương đương 2,3 tỷ USD), tăng gấp 160 lần so với ngày đầu thành lập.