Đặc điểm hình thái và giải phẫu: Nhận biết đặc điểm hình thái qua quan sát, mô tả, chụp ảnh (hình dạng, kích thước, màu sắc…) bằng mắt thường và kính hiển vi soi nổi. Phương pháp giải phẫu được thực hiện trên kính hiển vi soi nổi Olympus SZ-PT, kính hiển vi quang học Olympus BX50, tách các mô tế bào để xem đặc điểm vi học của nấm như thể quả, túi bào tử, bào tử, đoạn bào tử (hình dạng, kích thước, màu sắc, cách thức sắp xếp…)
Phân lập: Môi trường phân lập nấm Đông trùng hạ thảo là môi trường PDA
(Potato Dextrose Agar). Môi trường sau khi pha xong được hấp khử trùng ở 121oC
trong thời gian 20 phút sau đó được đổ vào các hộp lồng vô trùng. Chọn mô nấm tươi mới, non không bị sâu bệnh. Dùng cồn 70% rửa bề mặt nấm, tách lấy mô nấm bên trong thể quả cấy vào môi trường dinh dưỡng, sau khi cấy xong cất giữ mẫu
trong tủ định ôn ở nhiệt độ 25oC. Chọn sợi nấm không bị tạp nhiễm mọc ra từ mô
nấm cấy truyền sang môi trường dinh dưỡng mới. Sau khi tách sợi nấm khoảng 2- 3 lần, sợi nấm không bị nhiễm khuẩn, nấm tạp, và sợi nấm mọc đồng nhất thì được sợi nấm thuần khiết.
Đặc điểm hệ sợi nấm thu thập được ở Việt Nam trong nuôi cấy thuần khiết: Các chủng nấm được cấy trên môi trường PDA và được nuôi trong tủ định ôn có
nghiệt độ 250C. Định kỳ theo dõi sau 5 ngày quan sát mô tả cách thức mọc, màu
sắc, và đo tốc độ sinh trưởng của hệ sợi và khả năng sinh bào tử vô tính (bào tử chồi) của nấm. Sử dụng phương pháp quan sát, mô tả, đo đếm và chụp ảnh dưới sự hỗ trợ của kính hiển vi soi nổi.