Chất lƣợng trình tự nucleotide thu đƣợc là cao ở tất cả các mẫu, tỷ lệ đọc thành công là 100%. Các trình tự này sau đó đƣợc chỉnh sửa, ghép nối bằng tay và phần mềm Bioedit version 7.2.5. Độ dài trình tự nucleotide phân tích thuộc vùng ADN lần lƣợt là 921bp, 589bp và 367bp cho matK, rbcL và ITS2 (bảng 3.1). Tiếp theo, lần lƣợt trình tự thuộc mỗi vùng ADN ở hai hệ gen (Trà hoa vàng Sơn Động, Bắc Giang và Trà hoa vàng Ba Chẽ, Quảng Ninh đƣợc so sánh trực tiếp nhằm tìm ra số nucleotide và vị trí sai khác, làm cơ sở cho việc kiểm định loài. Về cơ bản, nếu sự thay đổi trình tự nucleotide ở các mã vạch ADN giữa các loài là cao hơn trong một loài, chúng có thể đƣợc sử dụng nhƣ là mã vạch ADN cho định danh loài (Fabrizio et al., 2011)[46].
nghiên cứu với 111 trình tự nucleotide (tính đến ngày 23/10/2016) thuộc chi
Camellia đƣợc công bố trên ngân hàng GenBank, kết quả chỉ ra sự sai khác từ 1%
đến 2%. Đây là kết quả phổ biến và phù hợp khi so sánh gen matK ở mức độ giữa các loài thuộc cùng chi Camellia. Tuy nhiên, khi so sánh trực tiếp trình tự
nucleotide của gen matK giữa hai hệ gen Trà hoa vàng Sơn Động và Trà hoa vàng Ba Chẽ, kết quả chỉ ra sự sai khác là 0% (hình 3.3) Kết quả này nằm trong sự sai khác giữa các cá thể trong cùng loài.
Hình 3.3: So sánh trình tự nucleotide vùng matK giữa Trà hoa vàng Sơn Động và Trà hoa vàng Ba Chẽ
Tƣơng tự, với gen rbcL, kết quả khi so sánh với 193 trình tự trên ngân hàng GenBank, sự sai khác là từ 1% đến 3%. Đây cũng là sự khác biệt giữa các loài cùng chi. Tuy nhiên, sự khác biệt nucleotide trực tiếp giữa hai hệ gen nghiên cứu là kết quả khác, 0,34% (hình 3.4). Sự khác biệt này vẫn thuộc sự sai khác giữa cá thể cùng loài.
Hình 3.4: So sánh trình tự nucleotide vùng rbcL giữa Trà hoa vàng Sơn Động và Trà hoa vàng Ba Chẽ
Tƣơng tự với vùng ITS2, 1199 trình tự trên GenBank đƣợc so sánh, sự khác biệt thuộc sự sai khác giữa các loài, dao động trong khoảng từ 1 đến 5%, trong khi trực tiếp giữa hai hệ gen nghiên cứu là 0,82% (hình 3.5). Kết quả này vẫn thuộc sự sai khác giữa các cá thể trong loài.
Hình 3.5: So sánh trình tự nucleotide vùng ITS2 giữa Trà hoa vàng Sơn Động và Trà hoa vàng Ba Chẽ
Nhƣ vậy, với ba vùng ADN đƣợc lựa chọn, matK và ITS2 đại diện cho sự
tiến hóa dẫn đến sai khác nucleotide đủ để đảm bảo cho sự phân định loài, trong khi
rbcL, đặc trƣng cho tính bảo thủ cao, thƣờng đƣợc sử dụng cho phân định cùng loài
(CBOL, 2009)[45]. Kết quả phân tích từ ba vùng trên đều cho sự khác biệt nucleotide giữa hai hệ gen nghiên cứu là Trà hoa vàng Sơn Động (Bắc Giang) và Trà hoa vàng Ba Chẽ (Quảng Ninh) thuộc sự sai khác giữa các cá thể cùng loài. Kết quả này phù hợp với công bố của Ngô Thị Minh Duyên và cộng sự (2011)[14].