ADN hệ gen của các mẫu nghiên cứu đƣợc tách chiết theo phƣơng pháp CTAB của Saghai Maroof et al., 1984[50] đã chứng tỏ sự hiệu quả (hình 3.1). Băng ADN thu đƣợc tƣơng đối gọn, tập trung phía trên đầu giếng và cũng không xuất hiện vệt sáng trong giếng của bản gel agarose 0,8%. Những đặc điểm này chứng minh rằng ADN tổng số thu đƣợc có kích thƣớc lớn, không lẫn protein, đủ điều kiện làm ADN khuôn cho khuyếch đại PCR (phản ứng chuỗi trùng hợp).
Về nhân dòng PCR, kết quả cho thấy tất cả các đoạn mã vạch ADN đều đƣợc khuyếch đại thành công ở tất cả 06 mẫu nghiên cứu (hình 3.2). Tỷ lệ thành công cho khuyếch đại PCR cho ba đoạn mã vạch là 100%. Tỷ lệ thành công trình tự hai chiều đạt đƣợc từ sản phẩm PCR là 100% cho ba đoạn mã vạch ADN (bảng 3.1). Kết quả này khẳng định thêm chất lƣợng ADN đƣợc tách chiết, hàm lƣợng và kích thƣớc đủ lớn cũng nhƣ không lẫn các tạp chất gây ảnh hƣởng đến nhân dòng PCR. Hơn nữa, sản phẩm PCR đặc hiệu (xuất hiện 01 băng ADN với kích thƣớc đúng theo tính toán lý thuyết) của cả ba đoạn mã vạch ở tất cả các mẫu nghiên cứu chứng tỏ sự hiệu quả trong tối ƣu hóa quy trình PCR.
Hình 3.2. Sản phẩm PCR với vùng rbcL từ 06 mẫu nghiên cứu Bảng 3.1: Đánh giá a vùng ADN đề xuất
Chỉ tiêu đánh giá matK rbcL ITS2
Tỷ lệ PCR thành công (%) 100 100 100
Tỷ lệ đọc trình tự thành công (%) 100 100 100
Chiều dài trình tự (bp) 921 589 367
Vị trí sai khác 0 2 3
Số nucleotide sai khác 0 2 3
Sự phân biệt (% nucleotide sai khác) 0 0,34 0,82