Sự yếu kém về trình độ nhận thức, ý thức tuân thủ pháp luật thuế của một bộ
phận doanh nghiệp đã gây nhiều khó khăn cho công tác giám sát, kiểm tra việc kê khai quyết toán thuế TNDN qua một số ví dụđiển hình sau:
- Còn khá nhiều trường hợp, đa phần là tại các doanh nghiệp quy mô nhỏ, công tác kế toán thuế không được quan tâm đúng mức, người phụ trách kế toán thiếu chuyên môn, thường xuyên bị thay đổi hoặc doanh nghiệp thuê dịch vụ kế toán, khai thuế không uy tín và không đủ tiêu chuẩn hành nghề, trong khi người đại diện pháp luật của doanh nghiệp thiếu hiểu biết về pháp luật thuế cũng như kiến thức về kế toán. Các doanh nghiệp này thường kê khai quyết toán thuế chậm trể, có nhiều sai sót hoặc hay trì hoãn việc giải trình, cung cấp thông tin, tài liệu khi được yêu cầu (do sổ sách kế
toán, hóa đơn, chứng từ không được thực hiện nghiêm túc, đầy đủ), khiến cho công tác giám sát, kiểm tra kê khai quyết toán thuế TNDN của cơ quan thuế gặp nhiều trở ngại.
- Một số doanh nghiệp (thông thường là các doanh nghiệp có quy mô lớn, doanh nghiệp FDI) vì mục tiêu lợi nhuận đã sử dụng những chuyên gia giỏi để tư vấn thực hiện những hành vi né thuế hoặc trốn thuế rất tinh vi thông qua những thủ thuật về kế toán, tài chính; lợi dụng những khe hở, sự không rõ ràng của hệ thống pháp luật; ... để hạch toán, kê khai làm giảm số thuế phải nộp, công chức kiểm tra thuế phải tốn nhiều thời gian, công sức cho việc kiểm tra và xử lý.