- Quy định về thời hạn kê khai quyết toán thuế TNDN còn gây khó khăn cho doanh nghiệp: Mặc dù Luật Quản lý thuế đã cho phép kéo dài thời hạn kê khai quyết toán thuế TNDN từ 60 ngày lên 90 ngày nhưng đối với các doanh nghiệp quy mô lớn, có nhiều chi nhánh hạch toán phụ thuộc (cần phải có nhiều thời gian hơn để tập hợp số
liệu phục vụ cho việc quyết toán năm) hoặc các loại hình doanh nghiệp theo quy định bắt buộc phải được kiểm toán BCTC thì thời hạn trên vẫn chưa đủ để có được số liệu hoàn chỉnh phục vụ cho việc kê khai quyết toán thuế, gây khó khăn cho doanh nghiệp, dẫn đến tình trạng vi phạm thời hạn kê khai hoặc kê khai đối phó cho kịp thời gian để
sau đó phải kê khai điều chỉnh, đồng thời, cũng gây khó khăn cho cơ quan thuế trong quản lý kê khai.
- Một số quy định về xử lý thuế thiếu tính khả thi: Quy định về xử lý trong trường hợp trong trường hợp doanh nghiệp nộp chậm hồ sơ kê khai thuế tại Điều 37 và
Điều 108 Luật Quản lý thuế rất khó cho cơ quan thuế thực hiện đúng vì thủ tục quá phức tạp (phải ấn định thuế nếu quá thời hạn 10 ngày nhưng doanh nghiệp không nộp hồ sơ kê khai thuế và xem xét điều chỉnh theo số kê khai nếu doanh nghiệp nộp hồ sơ
khai thuế trong thời hạn 90 ngày), trong khi, vì nhiều lý do, số lượng doanh nghiệp nộp hồ sơ kê khai quyết toán thuế TNDN trể hạn không phải là ít, chưa kể điểm bất hợp lý trong quy định xử phạt về hành vi trốn thuế đối với trường hợp nộp hồ sơ kê khai thuế quá hạn 90 ngày sẽ dẫn đến phản ứng tiêu cực của doanh nghiệp là “bỏ trốn” hoặc đối phó bằng cách kê khai không phát sinh số thuế phải nộp.
- Quy định về thủ tục kiểm tra thuế còn điểm bất cập: Theo quy định về thủ tục kiểm tra thuế tại Điều 78 Luật Quản lý thuế, thời gian kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp tối đa là 05 ngày làm việc, không kểđến kiểm tra cho một niên độ hay nhiều niên độ
và trong trường hợp cần thiết chỉ được gia hạn một lần tối đa không quá 05 ngày làm việc. Quy định này nhằm tránh phiền hà cho doanh nghiệp nhưng rất khó cho các đoàn kiểm kiểm tra chấp hành đúng trong trường hợp thực tế có nhiều hồ sơ quyết toán của doanh nghiệp rất phức tạp, kỳ được kiểm tra bao gồm nhiều niên độ dẫn đến việc đối chiếu, xác minh kéo dài hay tra cứu rất nhiều văn bản pháp luật thuếđể làm căn cứ xử
lý nên phải tốn nhiều thời gian.