Tài nguyên thực vật khu vực nghiên cứu khá phong phú, có tới 298 loài thuộc 65 họ (Theo kết quả điều tra của Trường Đại học tổng hợp Hà Nội trước đây). Tổ thành loài cây bản địa tại khu vực phong phú, nhiều họ tham gia như họ Ngọc lan (Magnoliaceae) có các loài như Mỡ, Giổi; họ Đậu (Fabaceae) có các loài như Ràng ràng mít, Ràng ràng xanh, Ràng ràng hom, Vảy ốc, Mán đỉa; họ Giẻ (Fagaceae) có các loài như Dẻ cau, Dẻ cuống, Sồi Phảng, Dẻ hương, Dẻ đề xi, Sồi gai, Sồi vàng mép; họ Long não (Lauraceae) có các loài như Re gừng, Re bầu, Cà lồ; họ Xoan (Meliaceae) có các loài như Gội, Quyếch, Xoan ta, Xoan mộc; họ Trám (Burseraceae) có các loài như Trám trắng, Trám chim, Trám đen; họ Vang (Caesalpiniaceae) có Lim xanh, Lim xẹt; họ Bồ hòn (Sapindaceae) có các loài như Vải thiều rừng, Vải guốc; họ Dầu (Diptercarpaceae) có Chò nâu; họ phụ Tre nứa (Bambusoides) có các loài như Diễn trứng, Diễn đá, Sặt, Vầu, Dùng, Giang, Hóp… Trong đó có nhiều loài cây gỗ lớn có giá trị như Lim xanh, Trám trắng, Re gừng, Mỡ,
Xoan đào, Sồi phảng…, các loài tre như Diễn trứng, Diễn đá, Gầy, Tre vàng sọc, Sặt, Vầu…, nhóm Song, Mây, Ba kích, Sa nhân là những loài lâm sản ngoài gỗ cho sản phẩm nhanh dễ bán trên thị trường và có một số loài tre có giá trị kinh tế cao như Diễn trứng cung cấp lá cho xuất khẩu, Luồng cung cấp nguyên liệu giấy, xây dựng. Nhưng năm 80 rừng khu Cầu Hai bị tàn phá nặng nề do cơ chế quản lý lúc đó chưa phù hợp, rừng Mỡ, rừng Lim nổi tiếng cả nước bị tàn phá trong thời gian này. Do rừng bị tàn phá làm cho tinh chất đất, tiểu khí hậu thay đổi không còn phù hợp với cây Mỡ, làm cho Mỡ sinh trưởng kém, bị sâu ngọn, mặc dù khu vực này là phân bố của Mỡ.