- Hiện nay, nhờ sự tiến bộ không ngừng của các kỹ thuật sinh học phân tử nên có rất nhiều ph−ơng pháp để phân loại gentype HCV nh−: Giải trình tự (sequencing), RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism - xác định tính đa dạng độ dài các đoạn cắt giới hạn, ít áp dụng trong chẩn đoán chủ yếu sử dụng trong nghiên cứu), lai phân tử (lai ghép sản phẩm RT PCR với mồi đặc hiệu type), Real time PCR (PCR nhân bội đoạn gen đặc hiệu type nh−: real time RT PCR sử dụng TaqMan probe), huyết thanh học (sử dụng kỹ thuật đặc hiệu type - ph−ơng pháp này độ nhạy không cao) ... đã lần l−ợt đ−ợc áp dụng.
Phần lớn các kỹ thuật trên đều chọn trình tự nucleotide khuôn là vùng 5’ không mã hoá (5’UTR), kết hợp với một số vùng khác nh− vùng “lõi” (core) mã hoá protein lõi hay vùng NS5B mã hoá polymerase của HCV.
Trong nghiên cứu này chúng tôi đã sử dụng ph−ơng pháp xác định genotype HCV bằng kỹ thuật Real time RT PCR sử dụng TaqMan probe ở những mẫu huyết thanh của bệnh nhân chạy TNT chu kỳ có HCV-RNA(+). Kỹ thuật này đ−ợc tiến hành bằng sự khuyếch đại đoạn gen tại vùng „lõi” (core) của HCV đặc hiệu cho từng genotype HCV. Độ nhạy của kỹ thuật là 102copies/ml, đặc hiệu 100%.
Kết quả nghiên cứu của chúng tôi đ−ợc trình bày ở (Bảng 3.14) và (Biểu đồ 3.10), 64 mẫu huyết thanh HCV-RNA(+) đ−ợc xác định genotype HCV phân bố nh− sau:
- Genotype 1: 28/64 chiếm tỷ lệ 43,75% - Genotype 2: 0/64 là 0%
- Genotype 6:32/64 chiếm tỷ lệ 50%
Ngoài ra chúng tôi còn phát hiện đ−ợc 4 tr−ờng hợp đồng nhiễm: đồng nhiễm gentype 1 và 2 là 1 tr−ờng hợp (1,56%), đồng nhiễm genotype 6 và 2 là 3 tr−ờng hợp (4,69%).
Sự l−u hành genotype HCV khác nhau giữa các quốc gia. Genotype 1, 2, 3 và các subtype phân bố toàn cầu. Genotype 4 chủ yếu ở Hylạp, genotype 5 tập trung ở Nam phi, genotype 6 chủ yếu ở Hồng Kông, Đông Nam á và Việt Nam [71].
ở Việt Nam có một vài nghiên cứu về genotype HCV: Phạm Song [17] nghiên cứu trên 83 ng−ời cho máu thấy chủ yếu là 2 loại phân type (subtype): phân type 1a là 29%, 1b là 23% và 41% không phân loại đ−ợc. Một nghiên cứu khác của Nguyễn Thanh Hảo, Nguyễn Thu Vân [2] trên 123 ng−ời cho máu cũng thấy có 2 loại phân type chủ yếu là phân type 1b chiếm 48,8% và phân type 1a chiếm 15,4% còn 5,7% không phân loại đ−ợc. Theo Trần Thanh D−ơng thì tỷ lệ subtype 1a là 44,44%, subtype 1b là 22,22%, genotype 6 là 11,11% và
subtype 6a là 22,22%[1]. Tại thành phố Hồ Chí Minh theo số liệu của Trung tâm y khoa MEDIC cho thấy trên 327 tr−ờng hợp nhiễm HCV nghiên cứu trong thời gian từ tháng 4/2004 đến tháng 1/2005 thì: HCV1 chiếm 58,4%, HCV6 chiếm 23,9% và HCV2 là 13,1%. Kết quả nghiên cứu của chúng tôi có khác so với kết quả của các tác giả vì đối t−ợng nghiên cứu có khác nhau, hay là ph−ơng pháp xác định có khác nhau. Kỹ thuật Real time RT PCR sử dụng trong nghiên cứu xác định genotype của HCV cho phép xác định đ−ợc các genotype khác nhau, nh−ng không cho phép xác định đ−ợc subtype HCV, tuy nhiên bằng kỹ thuật này chúng tôi lại xác định đ−ợc những tr−ờng hợp đồng nhiễm mà kỹ thuật phân tích trình tự chuỗi (sequencing) không phát hiện đ−ợc.