Chương trình điều tra, giám sát đa dạng sinh học cho mỗi khu bảo tồn được thiết kế khác nhau tuỳ theo chức năng, nhiệm vụ của khu bảo tồn đó:
1. Nếu đó là khu vực được xây dựng chủ yếu để bảo vệ các hệ sinh thái cần thiết cho rất nhiều loài thực vật và động vật tiêu biểu của Việt Nam thì nội dung của hoạt động điều tra giám sát là:
+ Xác định và khoanh vẽ trên bản đồ các sinh cảnh chính đã tạo nên toàn bộ hệ sinh thái trong khu bảo tồn thiên nhiên đó.
+ Xác định các loài chỉ thị (hoặc loài chính) đại diện cho mỗi dạng sinh cảnh.
+ Giám sát dài hạn các loài chỉ thị đó để theo dõi sự biến đổi của các quần thể và xác định những mối đe doạ nghiêm trọng nhất.
+ Tìm ra các giải pháp hoặc các kiến nghị để giảm mối đe doạ nói trên. Giám sát sự thay đổi tính nghiêm trọng của mối đe doạ đó. 2. Nếu khu vực được xây dựng chủ yếu để bảo vệ một hoặc vài loài động, thực vật quan trọng có nguy cơ diệt vong nào đó (Ví dụ: Tê giác ở VQG Cát Tiên, Voọc đầu trắng ở VQG Cát Bà...) thì nội dung điều tra giám sát quan trọng nhất là:
+ Xác định hiện trạng quần thể loài.
+ Xác định các mối đe doạ nghiêm trọng nhất đối với quần thể. + Giám sát các xu hướng thay đổi lâu dài kích thước quần thể. + Tìm ra biện pháp và đề ra các kiến nghị làm giảm các mối đe doạ. + Giám sát sự thay đổi tính nghiêm trọng của các mối đe doạ.
3. Nếu khu vực đó được xây dựng chủ yếu để bảo vệ các tài nguyên sinh vật quan trọng đối với đời sống của cộng đồng dân cư gần đó (ví dụ: rừng đầu nguồn) thì nội dung điều tra giám sát quan trọng nhất là:
+ Xác định các nguồn tài nguyên có trong khu vực mà đời sống của cộng đồng gân cư gần đó lệ thuộc vào chúng.
+ Xác định các mối đe doạ tiềm tàng đối với nguồn tài nguyên đó, tìm ra biện pháp để giảm các mối đe doạ đó, giám sát sự thay đổi tính nghiêm trọng của các mối đe doạ đó.
Có thể nói rằng nội dung của hoạt động giám sát đánh giá ĐDSH phụ thuộc vào chức năng nhiệm vụ của từng loại khu bảo tồn. Trong thực tế, có những chương trình giám sát đánh giá với mục tiêu có tính tổng hợp bao gồm tất cả các mục tiêu nói trên.
2.3. Phương pháp xác định nhu cầu giám sát, đánh giá ĐDSH
Ngày nay việc xác định vấn đề, nhu cầu cần thiết phải giám sát, đánh giá đa dạng sinh học thường đòi hỏi sự kết hợp giữa các phương pháp đánh giá, phân tích có sự tham gia với các phương pháp đánh giá, phân tích kỹ thuật truyền thống. Vận dụng phương pháp phân tích có sự tham gia (các bên liên quan, cộng đồng...) để xác định các vấn đề cần thiết phải giám sát, đánh giá
trong bảo tồn đa dạng sinh học (quan sát thực tế, đánh giá nhanh tình hình, thảo luận...).
Khi xác định vấn đề nhu cầu cần giám sát đánh giá trong bảo tồn đa dạng sinh học tại một khu bảo tồn cụ thể, cần thiết phải thảo luận, lựa chọn vấn đề dựa vào điều kiện cụ thể và chức năng, nhiệm vụ của từng loại khu bảo tồn như đã nêu, hoặc cũng có thể dựa trên kết quả phân tích chiến lược, chính sách...Việc xác định vấn đề nhu cầu cần giám sát đánh giá trong bảo tồn đa
dạng sinh học là cơ sở quan trọng để xác định các mục đích, mục tiêu của chương trình giám sát, đánh giá đa dạng sinh học.