Hoạt động kinh doanh vận tải đường có đặc thù là cơ động và nó là một loại hình dịch vụ nên ngành thuế rất khó xác định được doanh thu thực tế để làm cơ sở tính thuế. Điển hình như đối với vận tải hàng hóa bằng đường bộ thì hợp đồng, chứng từ vận chuyển, hóa đơn thì chỉ có một số ít còn lại đa số là thỏa thuận giữa hai bên vận chuyển vì vậy hoạt động quản lý thuế trở nên khó khăn do không có căn cứ hóa đơn để quản lý giá nên việ thất thu thuế là điều khó tránh khỏi.
Dựa vào tính cơ động của hoạt động kinh doanh VTĐB và công tác QLT đối 41
rất khó quản lý nên các chủ phương tiện đã lợi dụng điều này để thực hiện hành vi trốn thuế. Do đó ngành thuế cần phối hợp chặt chẽ , thống nhất hơn với ngành giao thông vận tải để có thể quản lý hoạt động này hiệu quả hơn.
Hiện nay, các DN có đăng ký kinh doanh thì thực hiện nghĩa vụ thuế với nhà nước và chịu sự quản lý vận tải, quản lý giá từ các cơ quan nhà nước. Bên cạnh các doanh nghiệp thì còn các xe cá nhân không đăng ký kinh doanh nhưng vẫn tham gia vận chuyển, không chỉ có vậy các đối tượng này còn tự đặt mức giá cho hoạt động vận chuyển của mình, điều này ảnh hưởng đến hoạt động của các tổ chức đơn vị khác và cũng gây thất thu NSNN. Để cải thiện, khắc phục tình trạng này, cơ quan thuế cần nghiên cứu sửa đổi chính sách thuế cho phù hợp với đối tượng và tăng cường tuyên truyền nâng cao ý thức cho các cá nhân kinh doanh. Cần kết hợp chặt chẽ hơn với lực lượng cảnh sát, thanh tra giao thông để kiểm tra và xử lý những trường hợp vi phạm.