Hải quan Việt Nam được thành lập ngày 10 tháng 9 năm 1945 với tên gọi “Sở thuế quan và thuế gián thu” theo sắc lệnh số 27-SL của Chủ tịch Chính phủ lâm thời Việt Nam Dân chủ cộng hòa. Sở thuế quan và thuế gián thu ra đời đã thiết lập chủ quyền thuế quan của nước Việt Nam độc lập, đảm bảo việc kiểm soát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và duy trì nguồn thu cho ngân sách Nhà nước từ hoạt động xuất nhập khẩu.
Ngày 29 tháng 5 năm 1946, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã ký sắc lệnh số 75-SL về tổ chức của Bộ Tài chính, trong đó quy định Sở thuế quan và thuế gián thu đổi thành Nha thuế quan và Thuế gián thu và là một trong năm Nha của Bộ Tài chính.
Ngày 14 tháng 12 năm 1954, Sở Hải quan được thành lập trong Bộ Công thương, thay thế cơ quan thuế XNK trên cơ sở Nghị định số 136-BTC/KB/NĐ. Qua một số lần tách các Bộ, tháng 4 năm 1958 Sở Hải quan là cơ quan trực thuộc Bộ Ngoại thương.
Ngày 27 tháng 2 năm 1960, Điều lệ Hải quan được ban hành.
Ngày 25 tháng 4 năm 1984, Tổng cục Hải quan (là cơ quan thuộc Hội đồng Bộ trưởng - nay là Chính phủ) được thành lập theo Nghị quyết số 68/HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng.
Ngày 04 tháng 9 năm 2002, Tổng cục Hải quan chuyển thành cơ quan trực thuộc Bộ Tài chính theo Quyết định số 113/2002/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.
Hải quan được coi là lực lượng gác cửa nền kinh tế đất nước, góp phần bảo đảm thực hiện chính sách của Nhà nước về kinh tế, văn hóa, xã hội, khoa học và công nghệ, lợi ích nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân. Với mục tiêu tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu, góp phần tăng thu hút đầu tư
nước ngoài, phát triển du lịch và giao thương quốc tế, nâng cao hiệu lực, hiệu quả công tác quản lý Nhà nước, toàn thể cán bộ công chức viên chức, người lao động ngành Hải quan đã luôn thực hiện đúng phương châm hoạt động của Ngành: “Chuyên nghiệp, Minh bạch, Hiệu quả”.