Chương 3 Kết quả và thảo luận
3.3. Kết quả xác định trình tự metagenome ADN
3.3.2. Kết quả phân tích đa dạng vi sinh vật mẫu ruột và nước
Hình 3.9. Sơ đồ quá trình phân tích dữ liệu 16S rARN
Để phân tích đa dạng vi sinh vật trong các mẫu ruột, nước ở các ao, đầm nuôi tôm chúng tôi sử dụng phương pháp giải trình tự gen vùng V3-V4 của gen 16S rARN.
Các trình tự đầu ra được xử lý bằng các phần mềm tin sinh học, trên hệ thống máy chủ của Viện Công nghệ sinh học như đã mô tả trong phần phương pháp. Các bước của quy trình phân tích dữ liệu được mô hình hóa như hình 3.9.
Sau khi xử lý số liệu giải trình tự của các mẫu ruột, và nước của tôm thẻ bệnh và khỏe mạnh, chúng tôi thu được tổng số 512.896 đoạn trình tự chất lượng tốt của vùng gen V3-V4 gen 16S rARN. Bốn tập hợp mẫu đọc trình tự bao gồm mẫu ruột tôm thẻ khỏe mạnh, mẫu ruột tôm thẻ bị bệnh, mẫu nước ở đầm nuôi tôm thẻ khỏe và mẫu nước ở ao nuôi tôm thẻ bị bệnh chứa lần lượt 115.198, 105.021, 108.224 và 102.322 trình tự (Bảng 3.6).
Bảng 3.6. Các thông số giải trình tự và các chỉ số đa dạng phân tích ở các mẫu
nước, ruột của tôm thẻ bị bệnh và khỏe mạnh
Ruột tôm thẻ khỏe
mạnh Ruột tôm thẻ bệnh
Nước ao nuôi tôm thẻ khỏe mạnh Ruột ao nuôi tôm thẻ bệnh Kết quả phân tích Tổng số trình tự 115.198 105.021 108.224 102.322 Số OTUs 601 643 592 643 Các chỉ số đa dạng Good's coverage 0,999 0,999 0,999 0,999 Chao1 597,405 610,595 435,652 582,875 Shannon 4,939 4,526 3,484 2,984
Các trình tự được sắp xếp vào đơn vị phân loài (OTU) với 97% tương đồng. Kết quả cho thấy, số lượng OTU ở các mẫu ruột tôm thẻ khỏe mạnh, ruột tôm thẻ bệnh, nước ao nuôi tôm thẻ khỏe và nước ao nuôi tôm thẻ bệnh lần lượt là 601, 643, 592 và 643. Chỉ số Good coverage ở các mẫu đều là 0,999 cho thấy các OTU ở các mẫu đều đại diện cho các loài có trong mẫu. Tiếp đó, chỉ số Chao1 được sử dụng để đánh giá độ phong phú của các loài trong mẫu, kết quả cho thấy ở chỉ số này ở các mẫu lần lượt là 597,405 với ruột khỏe mạnh, 610,595 với ruột tôm thẻ bệnh, 435,652 với nước tôm thẻ khỏe mạnh và 582,875với nước tôm thẻ bệnh. Chỉ số Shannon cho thấy không có sự khác biệt đáng kể giữa các mẫu (Bảng 3.6).
Hình 3.10. Đường cong biểu diễn mối tương quan giữa số lượng trình tự và số
lượng OTU ở các mẫu
Hình 3.10 biểu diễn mối tương quan giữa số lượng trình tự và số lượng OTU trong các mẫu. Các đường cong ở Hình 3.10 chưa đạt đến trạng thái bão hòa trong bốn mẫu nghiên cứu cho thấy rằng sự phong phú của vi khuẩn chưa được xác định đầy đủ.
