rpoC1 mã hóa cho enzyme RNA polymerase β- tiểu đơn vị của lục lạp. Hệ gen lục lạp có tính bảo thủ cao và mang tính đặc thù của từng loài do vậy việc sử dụng các kết quả phân tích hệ gen lục lạp vào nghiên cứu phát sinh loài và phân loại thực vật được các nhà khoa học rất quan tâm. Trong nhiều nghiên cứu đã chỉ ra rằng rpoC1 là một chỉ thị rất hữu ích khi được sử dụng để phân biệt các loài thực vật.
Kết quả so sánh trình tự nuleotide bằng phần mềm BioEdit ở hình 3.8 cho thấy, gen rpoC1 phân lập từ mẫu cây Sói rừng thu thập tại Lạng Sơn có kích thước khoảng 550 bp, đúng so với kích thước lý tính toán thuyết.
Từ kết quả xác định trình tự, chúng tôi tiến hành so sánh mức độ tương đồng của gen rpoC1 ở mẫu sói rừng nghiên cứu với những kết quả đã công bố trên ngân hàng gen thế giới - NCBI. Kết quả xác định và so sánh trình tự được trình bày ở hình 3.8.
Phân tích bằng BLAST trong NCBI cho kết quả trình tự gen rpoC1 phân lập từ mẫu cây Sói rừng thu thập tại Lạng sơn có độ tương đồng với trình tự gen
rpoC1 mang mã số EF380352và KP256024. Kết quả đã khẳng định đoạn gen phân lập từ mẫu sói rừng thu thập được chính là gen rpoC1. Như vậy chúng tôi đã nhân bản thành công và giải trình tự đoạn gen rpoC1 phân lập từ mẫu Sói rừng từ Lạng Sơn.
Kết quả so sánh trình tự đoạn gen rpoC1 phân lập từ mẫu Sói (SR) rừng thu tại Lạng sơn cho thấy, mẫu SR và EF380352 trên Ngân hàng gen (phân lập từ cây sói Chloranthus spicatus tại Trung Quốc) có độ tương đồng là 98,4%; còn tương đồng với trình tự có mã số KP256024 trên ngân hàng gen (phân lập từ cây sói nhật Chloranthus japonicus tại Mỹ) có độ là 97,6%.
Hình 3.8. Trình tự nucleotide của đoạn rpoC1 phân lập từ mẫu sói rừng và hai trình tự mang mã số EF380352 và KP256024 trên ngân hàng gen
Phân tích vị trí sai khác cho thấy, trình tự nucleotide của gen rpoC1 phân lập từ mẫu Sói rừng có sự sai khác so với trình tự mang mã số EF380352 ở 10 vị trí và sai khác so với trình tự mang mã số KP256024 ở 14 vị trí. Các vị trí sai khác của trình tự nucleotide mẫu sói rừng so với 2 mẫu EF380352 và KP256024 trên Genbank được thể hiện ở bảng 3.1 Sự sai khác về trình tự nucleotide giữa mẫu sói rừng và các mẫu trên Genbank là thông tin quan trọng để xây dựng mã vach DNA có các mẫu sói rừng khác nhau.
Bảng 3.1. Các vị trí sai khác giữa trình tự nucleotide của đoạn gen rpoC1
Vị trí các điểm sai
khác
Trình tự nucleotide của gen rpoC1 của loài có mã số
EF380352 KP256024 SR.rpoC1 5 A A C 15 A G 16 A A G 34 - T C 67 C C T 122 - T C 160 - C T 189 A A G 202 - C T 271 A A C 303 - T G 382 A A G 499 A A G 543 - - G 551 G G A
Bảng 3.2. Hệ số tương đồng và hệ số sai khác về trình tự nucleotide của gen
Sơ đồ hình cây thể hiện mối quan hệ di truyền của mẫu sói rừng trên cơ sở phân tích gen rpoC1 ở hình 3.9 cho thấy, mẫu SR thu thập từ Lạng sơn – Việt Nam nằm thành một nhánh riêng biệt khác hẳn với nhánh còn lại mang 2 loài thuộc họ hoa sói đã công bố trên Genbank (EF380352 phân lập từ cây sói
Chloranthus spicatus và KP256024 phân lập từ cây sói nhật Chloranthus japonicus).
Khoảng cách di truyền được xác định trên cơ sở so sánh trình tự nucleotide của đoạn gen rpoC1 phân lập từ mẫu sói rừng thu tại Lạng Sơn và 2 trình tự trên ngân hàng gen là 1,0 %.
Hình 3.9. Sơ đồ hình cây so sánh mức độ tương đồng đoạn gen rpoC1 của mẫu sói rừng với mẫu EF380352 và KP256024 trên Genbank.
Điều này càng khẳng định tính bảo thủ của hệ gen lục lạp ở thực vật vì 3 trình tự gen so sánh thuộc 3 loài khác nhau và thu được từ ba vùng địa lý xa nhau.