Trỡnh tự DNA thu nhận được từ mỏy giải trỡnh tự, được cung cấp ở hai dạng: chuỗi nucleotide thụ ở dạng chữ (.txt) và chuỗi nucleoide ở dạng giản đồ chromatogram (.ab1). Chuỗi ở dạng (.txt) cho phộp nhận biết chuỗi giải trỡnh tự cú đạt yờu cầu hay khụng, cũn chuỗi nucleotide ở dạng (.ab1) cho phộp đưa cỏc chương trỡnh chuyờn biệt (vớ dụ: Chromas, BioEdit, SeqEd) để phõn tớch, biờn tập chuỗi thụ với mục đớch xỏc định chớnh xỏc từng nucetide để cú chuỗi cuối cựng (chuỗi tinh hay chuỗi đó biờn tập). Cuối cựng, chuỗi đó được biờn tập (edited) được sử dụng ở dạng .txt, vỡ ở dạng này, tất cả cỏc chương trỡnh tin-sinh học phõn tớch gen (vớ dụ: MEGA, GeneDoc, Mac Vector) đều cú thể nhận biết.
Cỏc chuỗi nucleotide hay amino acid được so sỏnh, sắp xếp và tớnh toỏn mức độ đồng nhất (identity) và tương đồng (homology) bằng chương trỡnh GeneDoc2.7 làm dữ liệu chuyển nạp vào MEGA6.06 cho phõn tớch phả hệ.
* Chương trỡnh so sỏnh và phõn tớch GeneDoc:
GeneDoc là một chương trỡnh nổi (interface application) được lập trỡnh cho mỏy tớnh PC sử dụng hệ Window, dựng để mở file, đọc và phõn tớch file ở dạng .msf (multiple sequence file [56].
Sử dụng chương trỡnh GeneDoc cho phộp xỏc định trỡnh tự amino acid suy diễn, đưa ra cấu hỡnh của cỏc chuỗi đó được so sỏnh để chuyển nạp và MEGA cho phõn tớch phả hệ.
* Chương trỡnh phõn tớch di truyền tiến húa phõn tử (MEGA):
MEGA (Molecular Eolutionary Genetics Analysis) làm một chương trỡnh nối giao diện (interface application) được lập trỡnh dễ sử dụng cho cỏc nhà nghiờn cứu di truyền học phõn tử với mục đớch so sỏnh đối chiếu cỏc chuỗi gen đồng chức năng từ cỏc chủng loài trong cựng giống/chi thuộc cựng một họ từ đú suy ra mối quan hệ nguồn gốc và phả hệ ở gúc độ tiến húa phõn tử [61].
* Xử lý số liệu trong nghiờn cứu
Trong nghiờn cứu này, chỳng tụi xử lý giản đồ chromatogram của chuỗi nucleotide thụ bằng chương trỡnh SeqEdv1.03, sau đú so sỏnh cỏc chuỗi sử dụng chương trỡnh AsemblyLIGN v1.9 và phõn tớch thành phần nucleotide và amino acid hoặc cỏc đặc tớnh gen và chuỗi polypeptide bằng hệ chương trỡnh MacVector 8.2 (Accelrys Inc.) trờn mỏy tớnh Macintosh. Cỏc trỡnh tự nucleotide hay amino acid được sắp xếp và tớnh toỏn mức độ tương đồng bằng chương trỡnh GeneDoc 2.7, phõn tớch và xõy dựng phả hệ bằng chương trỡnh MEGA6.06 [61], trờn mỏy tớnh PC.
Cỏc chuỗi gen cox1, ITS-2 và 28S được sử dụng để phõn tớch, so sỏnh về thành phần nucleotide và amino acid, cũng như phõn tớch mối quan hệ phả hệ giữa cỏc chủng Fasciola sp của Việt Nam và thế giới. So sỏnh đối chiếu, phõn tớch mối quan hệ phả hệ giữa cỏc chuỗi thu nhận trong nghiờn cứu với cỏc chuỗi đó cụng bố của Việt Nam và thế giới đă đăng ký trong Ngõn hàng gen.
Mối quan hệ phả hệ nguồn gốc dựa trờn trỡnh tự nucleotide hoặc amino acid của một phõn đoạn gen giữa cỏc chủng Fasciola sp sử dụng bằng phương phỏp “kết nối liền kề“ (NJ, Neighbour-Joining), với hệ số kiểm định tin tưởng (bootstrap) là 1000 lần [61].
CHƯƠNG 3
KẾT QUẢ NGHIấN CỨU VÀ BÀN LUẬN