Cục thuế TP Hà Nội đƣợc thành lập theo Quyết định số 314/QĐ-BTC ngày 21/08/1990 của Bộ Tài Chính. Căn cứ Nghị quyết số 15/2008/NQ-QH12 ngày 29/05/2008 của Quốc Hội khóa XII kỳ họp thứ 3 về việc điều chỉnh địa giới hành chính thành phố Hà Nội và một số tỉnh liên quan, Bộ Tài Chính ra Quyết định số 1640/QĐ-BTC ngày 28/7/2008 về việc thành lập Cục thuế TP Hà Nội trực thuộc Tổng cục Thuế trên cơ sở hợp nhất Cục thuế TP Hà Nội (cũ), Cục thuế Hà Tây (cũ) và Chi cục thuế huyện Mê Linh.
Thi hành Luật quản lý thuế, Cục thuế TP Hà Nội đã thay đổi cơ cấu tổ chức bộ máy từ chế độ quản lý đối tƣợng sang cơ cấu tổ chức bộ máy quản lý theo chức năng, bao gồm: Tuyên truyền hỗ trợ ngƣời nộp thuế, Kê khai kế toán thuế, Thanh tra - Kiểm tra thuế, Quản lý nợ và cƣỡng chế nợ thuế. Cục thuế TP Hà Nội cũng đã quy định cụ thể nhiệm vụ của từng bộ phận trong cơ quan thuế, phân rõ đầu mối triển khai thực hiện và trách nhiệm phối hợp giữa các bộ phận. Bộ máy thanh tra, kiểm tra của Cục thuế TP Hà Nội cũng đã đƣợc kiện toàn theo mô hình mới, cụ thể:
- Phòng thanh tra thuế chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Cục trƣởng Cục thuế và sự chỉ đạo về công tác nghiệp vụ thanh tra của Thanh tra Tổng cục thuế. Phòng thanh tra có nhiệm vụ giúp Cục trƣởng Cục thuế triển khai thực hiện công tác thanh tra ngƣời nộp thuế trong việc chấp hành pháp luật thuế; giải quyết tố cáo về hành vi trốn lậu thuế, gian lận thuế liên quan đến ngƣời nộp thuế thuộc phạm vi Cục thuế quản lý.
- Phòng kiểm tra thuế thuộc Cục thuế chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Cục trƣởng Cục thuế và sự chỉ đạo về công tác nghiệp vụ kiểm tra của Ban thanh tra Tổng cục thuế. Phòng kiểm tra thuộc Cục thuế có nhiệm vụ giúp Cục trƣởng Cục thuế kiểm tra, giám sát kê khai thuế, chịu trách nhiệm thực hiện dự toán thu đối với ngƣời nộp thuế thuộc phạm vi quản lý trực tiếp của Cục thuế.
Hiện văn phòng Cục thuế TP Hà Nội có 6 phòng kiểm tra thuế và 4 phòng thanh tra thuế với số lƣợng cán bộ cuối năm 2016 là 431 ngƣời (số cán bộ kiểm tra là 200 ngƣời, cán bộ thanh tra là 231 ngƣời), bình quân mỗi cán bộ thuế quản lý khoảng gần 60 doanh nghiệp. Ngoài ra, còn một số lƣợng lớn cán bộ kiểm tra thuế ở 30 chi cục thuế thành phố, huyện, thị xã. Thời điểm cuối tháng 11/2016, số ngƣời nộp thuế đang hoạt động do văn phòng Cục thuế thành phố Hà Nội quản lý là 116.830 doanh nghiệp và 139.194 hộ kinh doanh cá thể đang hoạt động. Thời gian qua, Cục thuế TP Hà Nội không những tăng cƣờng số lƣợng cán bộ thanh tra, kiểm tra thuế mà còn tăng cƣờng chất lƣợng của đội ngũ này. Từ năm 2011-2016, Cục thuế đã tổ chức đào tạo trên 20.000 lƣợt cán bộ công chức về chuyên môn, nghiệp vụ; 76 ngƣời đƣợc đào tạo cao cấp lý luận chính trị; 1.818 lƣợt ngƣời đƣợc đào tạo về Quản lý Nhà nƣớc; 956 lƣợt ngƣời về tin học...
3.1.2 Tổ chức bộ máy kiểm tra thuế đối với các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài tại Cục Thuế TP Hà Nội