Mặc dù đã đạt được những kết quả trong công tác đăng ký và cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất ở trên địa bàn phường song vẫn còn tồn tại nhiều vướng mắc cần giải quyết như:
- Hồ sơ quản lý đất đai trên địa bàn phường không có hoặc có nhưng không đầy đủ. Bản đồ đo vẽ từ những năm 1993, 1995 đã quá cũ và không còn chính xác, thiếu hệ thống sổ sách như sổ mục kê, sổ đăng ký cấp giấy chứng nhận bị thất lạc hoặc không đầy đủ. Mặt khác tốc độ đô thị hóa ngày càng nhanh, nhà đất biến động nhiều, bản đồ địa chính gốc đo vẽ năm 1993 nay cũng không còn phù hợp với hiện trạng sử dụng đất tại thời điểm cấp giấy chứng nhận.
- Trong quá trình kê khai, đăng ký nhiều hồ sơ do các hộ gia đình, cá nhân kê khai thiếu thông tin về nguồn gốc sử dụng đất ở, nhà ở, khai không chính xác
về diện tích, hình thửa, kích thước, thay đổi hiện trạng nhà do đó phải kê khai bổ sung hoặc kê khai lại ảnh hưởng đến việc hoàn thiện và phân loại hồ sơ.
- Nhiều hồ sơ có nguồn gốc đất phức tạp nguyên nhân chính của việc này là do một phần của lịch sử để lại và do sự phát triển nhà ở quá nhanh, mật độ xây dựng dày đặc tình trạng lấn chiếm và chủ sở hữu nhà, đất cũng thay đổi nhiều do mua đi, bán lại, do chia tách, thừa kế cho con, cháu… lại không thông qua chính quyền cấp cơ sở là khá phổ biến. Điều này gây khó khăn cho việc xác định chủ sử dụng đất dẫn đến việc hồ sơ khi xét duyệt gặp nhiều khó khăn, mất nhiều thời gian.
- Những hồ sơ vướng mắc cần thẩm định, kiểm tra trước khi xét duyệt cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất ở trên địa bàn còn khá nhiều, tính chất pháp lý của các hồ sơ này rất phức tạp, vị trí nằm vào các khu vực nhạy cảm rất khó khăn cho công tác phân loại xác nhận hồ sơ của hội đồng phường, dễ gây thắc mắc trong nhân dân như:
+ Đất có nguồn gốc là đất ao, vườn tự chuyển đổi xây dựng nhà ở. + Đất có nguồn gốc là đất nông nghiệp trước đây.
+ Đất lưu không giữa các khu tập thể, giáp với các khu vực có hệ thống hạ tầng kỹ thuật đô thị như: Hành lang bảo vệ sông, đường điện, mương thoát nước… chưa có chỉ giới tại thực địa khó xác định.
+ Nhà đất do các đơn vị tập thể, các cơ quan thanh lý hóa giá hoặc không quản lý.
+ Nhà đất đang có tranh chấp, thừa kế không rõ ràng, không thống nhất trong nội bộ, chủ nhà đi vắng, đi nước ngoài.
+ Nhà đất nằm xen kẽ giữa các khu nhà thuộc sở hữu Nhà nước, có khu phụ, sân, ngõ sử dụng chung…
+ Nhà đất tự quản của các cơ quan nhưng các cơ quan không quản lý, không hợp tác để lập hồ sơ bàn giao cho ngành nhà đất hoặc xác nhận để các hộ dân tự lập hồ sơ kê khai đăng ký cấp giấy chứng nhận.
+ Nhà đất được các đơn vị giao đất để xây dựng nhà ở sai với quy hoạch khi phê duyệt dự án giao đất.
- Các văn bản hướng dẫn thi hành Luật đất đai cũng như các văn bản về quản lý đất đai của Nhà nước ban hành rất nhiều nhưng có hiện tượng chồng chéo và thiếu đồng bộ nên khi triển khai trong thực tế còn gặp không ít khó khăn.
- Công tác tuyên truyền, tổ chức hướng dẫn cho nhân dân đi kê khai đăng ký còn nhiều hạn chế, nhân dân không nắm được các thủ tục khi khai báo cũng như việc cung cấp các giấy tờ cần thiết cho nên khi đến cơ quan đăng ký phải hỏi, thậm chí còn phải nhờ các cán bộ địa chính làm thay những thủ tục mà lẽ ra nhân dân phải tự làm khi đi khai báo. Cho nên, làm mất nhiều thời gian của các cán bộ địa chính ở phường. Theo đó mà tiến độ thực hiện cấp giấy chứng nhận bị kéo chậm lại. Bên cạnh đó một bộ phận không nhỏ người dân còn chưa được nắm bắt kỹ về các vấn đề sử dụng đất đai nên chưa thấy hết được ý nghĩa của việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, chưa quan tâm, hợp tác với cán bộ phường để đo đạc kê khai, kê khai bổ sung, chỉnh sửa hồ sơ, ký công nhận ranh giới các hộ liền kề… phó mặc toàn bộ cho cán bộ nhà nước thực hiện, thậm chí mời nhiều lần nhưng cũng không đến nhận Giấy chứng nhận đã cấp.
- Ngoài ra sự phân cấp trong công tác quản lý nhà nước về đất đai giữa các cấp, các ngành chưa rõ ràng. Trong khi đó, thực tế việc sử dụng đất đai ở địa phương lại có nhiều vấn đề mới phức tạp nẩy sinh đòi hỏi phải có sự thống nhất trong chỉ đạo và tổ chức thực hiện. Đồng thời công tác cập nhật và theo dõi biến động chưa được quan tâm đúng mức chưa tổ chức thực hiện đầy đủ và thường xuyên, không đáp ứng được tình hình biến động đất ở khu vực đô thị trong vài năm gần đây.
- Khó khăn vướng mắc nhất hiện nay là việc kết hợp thu tiền sử dụng đất, thu thuế chuyển quyền sử dụng đất và lệ phí trước bạ trong khi làm thủ tục cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đai. Việc này đã gây ách tắc làm chậm tiến độ ở hầu như tất cả các địa bàn triển khai [14].