serotype 4
Nhằm tìm hiểu đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV serotype 4 (FAdV4) phát hiện được trong nghiên cứu này và trả lời câu hỏi: (1) nguồn gốc phát sinh từ đâu và (2) lưu hành ở Việt Nam từ khi nào, chúng tôi tiến hành phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử theo không gian (quốc gia). Cơ sở dữ liệu dùng cho phân tích là một phần trình tự gen mã hóa protein hexon các chủng FAdV4 (có trong ngân hàng gen, Genbank) tương đồng ít nhất 99% về trình tự nucleotide với chủng FAdV4- F5. Các bước thực hiện được tóm tắt như sau:
(1) Dùng công cụ BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) để tìm kiếm trình tự gen tương đồng 99% với đoạn gen so sánh,
(2) Sàng lọc và giữ lại các trình tự có đầy đủ thông tin về địa điểm phân lập (quốc gia) và năm phân lập,
(3) Dùng phần mềm BEAST (Drummond et al., 2012) để xây dựng lại quá trình phát tán của các chủng virus FAdV4 theo không gian và thời gian, với các tham số dựa theo kết quả nghiên cứu trước đây (Lemey et al., 2009).
Bảng 3.4. Trình tự hexon gen dùng trong nghiên cứu này
TT Mã số Giống Serotype Nhóm TT Mã số Giống Serotype Nhóm
1 AF339914 A EU/US1 A 22 AF339923 C US9 C
2 AF508952 B EU5 B 23 AF508946 D EU2 D2
3 AY581295 C EU/US4 C 24 AF508949 D EU3 D3
4 EF685395 C EU/US4 C 25 AF339925 D US12 D2
5 EU847626 C EU/US4 C 26 AF339921 D US6 D3
6 FN869969 C EU/US4 C 27 AF339918 D US8 D3
7 FN869970 C EU/US4 C 28 AF508954 E EU6 D1
8 FN869971 C EU/US4 C 29 AF339922 E EU7 D1
9 FN869972 C EU/US4 C 30 AF508955 E EU7 D1
10 FN869973 C EU/US4 C 31 AF508956 E EU8 D1
11 FN869975 C EU/US4 C 32 AF508958 E EU9 D1
12 FN869976 C EU/US4 C 33 AF339924 E US10 D1
13 FN869977 C EU/US4 C 34 AF339920 E US11 D1
14 FN869978 C EU/US4 C 35 AF339919 E US5 D1
15 HM592274 C EU/US4 C 36 F11 16 HM592277 C EU/US4 C 37 F3 17 HM592281 C EU/US4 C 38 F5 18 HM592284 C EU/US4 C 39 F6 19 HQ697593 C EU/US4 C 40 F7 20 AF508959 C EU11 D2 41 F8 21 AF508951 C EU4 C 42 F9
Ghi chú: sự phân chia thành “giống” và “serotype” được dựa vào nghiên cứu trước đây (McFerran and Smyth; 2000, Meulemans et al., 2004). Phân loại serotype theo danh pháp của châu Âu (EU), theo danh pháp của Mỹ
PHẦN 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN