4.2.1. Kết quả phân tích trình tự nucleotide gen hexon của FAdV
Trong 26 mẫu dương tính với FAdV, chúng tôi lựa chọn 14 mẫu để tiến hành giải trình tự gen, trong đó có 7 mẫu được giải trình tự thành công (hình 4.6).
Hình 4.6. Kết quả giải trình tự phân đoạn gen hexon của 7 chủng FAdV phân lập
Phân tích giản đồ giải trình tự (chromatogram) của 7 sản phẩm nhân lên bởi cặp mồi FAVHL/FAVHR được tinh sạch, chúng tôi nhận thấy ở mỗi vị trí nucleotide đều có đỉnh tín hiệu rõ ràng. Trên giản đồ trình tự gen được giải mã, ở
mỗi vị trí nucleotide chỉ phát hiện được một đỉnh tín hiệu và không quan sát được sự đa hình nucleotide. Trình tự của đoạn gen hexon của 7 chủng phân lập được trình bày ở hình 4.7.
Hình 4.7. Trình tự gen hexon của 07 chủng FadV
Phân đoạn gen hexon từ nucleotide 361 đến 972. Dấu “.” biểu thị các vị trí có nucleotide giống nhau so với trình tự số 1 (chủng F5).
Kết quả ở hình 4.7 cho nhận xét chung: trình tự gen hexon của 7 chủng FAdV rất đa dạng. Các đặc điểm về trình tự gen của 7 chủng FAdV được tổng hợp như sau: - 24/612 vị trí có đột biến mất nucleotide; 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | F5 TACTGCGGCACGGCTTACAACCCGCTGGCTCCCAAGGAGTCCATGTTTAACAACTGGGCGGAGACGGCACCCGGGCAGAACGTGTCCGCCTCCGGTCAGCTGTCCAATGT F11 ...G.................C.....C..TCGC..AG..T.C............ATC...GAC.ATGGAAAC---...ACAA..AT.A.G..A..AA..A.....CC F6 ...G.................C.....C..TCGC..AG..T.C............ATC.C.GAA.ACGG.AAC---..GAC.A..AT.A.G..G..AA....T..CCC F9 ...G...............ATC.....G..TCGC..AG.AT.C........A...ATC.C.GAA.ACGG.AAC---..GAC.A..AT.A....G..AA....T..CCC F7 ...G.................C.....C..TCGC..AG..T.C............ATC...GAC.ATGAAAAC---..GACA...AT.A.G..G..AA..A.....CC F3 ...G.G..............T..C..C.....TCGC..AG.GT.T..C.....T...ATC..T..C.GTA..AAC---..GACAGT.AT.A.G......A..A.A.C.CC F8 ...G.G..............T..C..C.....TCGA..AG.GT.T..C.....T...ATC..T..C.GTA..AAC---..GACAGT.AT.A.G......A..A.A.C.CC 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | F5 CTATACCAAC---ACGAGCACCACCAAAGACACGACGGCGGCGCAGGTGACGAAGATTTCCGGCGTCTTCCCCAATCCCAACCAGGGACCCGGAATAAATCCTCTG---- F11 G..C.AG...GAGG..CAA.A...AGCTACGG.A..A..T..AGCAA.CG.C.GCG....A...TCT.AT..T..C..T...GT...G.TG.CC..T.GCGAAA..GGAG F6 ....GAG..TACC..TCAA..GG..GC..CGGAA..A..C..CGTC..CG...GCG.C....AG..A...T.........TC...C..G..C..T.GCGAAA..GGGG F9 ....GAG..TACC..TCAA..GG..GC..CGGAA..A..C..AGTC..CG...GCG.C....AG..A...T.........TC...C..G..C..T.GCGAAA..GGGG F7 G..CT.G...AACC..CAA.A...ACCTACGG.A..A..TA..GCAA.CG.C.GCG....A...TCT.AT..T..C..T...GT......G..C..T.GCGAAA..GGAG F3 ....GAA...---GTCCAG.G.G.T.......A...T..C...ATC..CG.CGCTC....A..G..T.AT...G.......TATC..TA...CC..C.GCGAGA..GGCG F8 ....GAA...---GTCCAG.G.G.T.......A...T..C...ATC..CG.CGCTC....A..G..T.AT...G.......TATC..TA...CC..C.GCGAGA..GGCG 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | F5 ---CGACAGGTAGAAAACGCCAACACCGGCGTGCTCGGTCGCTTCGCCAAG---TCTCAGTACAATTACGCTTACGGTGCCTACGTCAAGCCCGTCGCCGCC F11 CCCTCACC.C.AC.CT.GCA..AC.GGT...TC..GC......G..T......GTGTCGAATGAGA.CACGCGCCTG.....T..A..G..T..G.....TC.AAAA.A. F6 CGCTCA.CACCACGCT.GCG..TC.GGT...TC.AGC............G..AGTATCCAGCGAGA.CAC.CG.CTG........G..G...........TC.GAAGAA. F9 CGCTCA.CACCACGCT.GCG..TC.GGT...TC.AGC............G..AGTATCCAGCGAGA.CAC.CG.CTG........G..G............C.GAAGAA. F7 CCCTCACC.C.AC.CTCGCA..AC.GGTT...C..GC...A.....T......GTGTCGAGCGAGA.CACGCG.CTG........G..G............C.GAAGAAT F3 CCTTAGAC...ACGTCGGCA.AGC.AGT...AT.AGCT.CC..A.....G..AGTGTCGAGCGA.A.CACGCGACTA..C.....A........T..A..GC..AAGAA. F8 CCTTAGAC...ACGTCGGCA.AGC.AGT...AT.AGCT.CC..A.....G..AGTGTCGAGCGA.A.CACGCGACTA..C.....A........T..A..GC..AAGAA. 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | F5 GACGGTTCCCAGTCCCTCACGCAGACCCCCTACTGGATCATGGATAACACGGGCACCAATTACCTGGGAGCGGTGGCCGTCGAGGACTACACCAACAGCCTCTCGTACCC F11 .....C..T.....A..TGGAACA..G..T....ACG.GT.A..C.C...C.CACAG..A...T....C.TCA...GG..A..A....TT..GC.A..T..TA.C..... F6 ........T.....T..GGT...A..A..T....ACG.......C.G.GG.A..C.G..A..TT....T.T.A...GG..A..A....TT...G.T..T..GA.T..... F9 ........T.....T..GGT...A..T..T....ACG.......C.G.GG.A....G..A..TT....T.T.A...GG..A.......TT...G.T.....GA.T..T.. F7 ........T.....A..G.GTGC...A..A....ACG.GT....C.G....A.T..T..C........T.T.A...GA..A.......T...GC.A......A....... F3 ........T..A..GA.T.AC.CC..T..T......G.......C.G..AT.C...AG.A..T..C....TCA...GA.....A....TT.G.GC.TCG..AA.C..T.. F8 ........T..A..GA.T.AC.CC..T..T......G.......C.G..AT.C...AG.A..T..C....TCA...GA.....A....TT.G.GC.TCG..AA.C..T.. 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | F5 GGATACCATAGTCGTGCCGCCTCCCGAGGACTACGACGATTATAACATAGGCACCACGCGTGCGCTCAGGCCCAACTACATCGGGTTCAGGGATAACTTCATTAACCTGC F11 A..C.GTC.GT.AA.C..C.....TTCT..G....GA..GGT.....GC..GGTG.T.AAA...AA...A..................C.T..C..T.....C.....C. F6 C..C.GTC.GC.GA.C......TATC..G....GAACGGTC..T.CC..GGTG.T.AAA..CAA...A.....T............C.T..C..T.....C.....C. F9 C..C.GTC.GC.GA.C......TATC..G....GAACGGTC..T.CC..GGTG.T.AAA..CAA...A.....T............C.T..C..T.....C.....C. F7 C..C.GTC.CC.GA.T......TTCC..G...AGT..GGT.....GC..GGTG.T.AAA..CAA...A..................C....C..T.....C...T... F3 C..C..GC.CC.TA.T..C..G..GACC..A...TCA..AGTG..T.CC...GT..T.AAG..AAA......G..T........A..T.....C..T..T..C....... F8 C..C..GC.CC.TA.T..C..G..GACC..A...TCA..AGTG..T.CC...GT..T.AAG..AAA......G..T........A..T.....C..T..T..C....... 920 930 940 950 960 970 .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . . . . | .. F5 TGTATCACGACTCCGGCGTGTGCTCGGGCACCCTCAACTCGGAGCGTTCGGGCATGAACGTG F11 ....C.....TA....C.....C..G...........C..A..G..A............ F6 ....C.....TA..........C..G.....G.....C.....G..C............ F9 ....C.....TA..........C..G.....G.....C.....G..C............ F7 ..........TA..........C..G...........T..A..G..C............ F3 .C.....T..TA.G..T........A..T..T..G..T........A..C..T........C F8 .C.....T..TA.G..T........A..T..T..G..T........A.....T........C
- 271/612 (chiếm 44,28%) vị trí không có thay đổi nucleotide (monomorphic);
- 317/612 (chiếm 51,80%) vị trí có thay đổi (đa hình nucleotide, polymorphic).
Trong các vị trí này, có 210 vị trí được xếp vào nhóm “vị trí có thông tin” (parsimony-informative site, là vị trí mà ở đó có ít nhất 2 sự thay đổi loại nucleotide và mỗi một loại thay đổi nucleotide xuất hiện ở ít nhất 2 trình tự khác nhau), bao gồm: 120 vị trí có 2 sự thay đổi nucleotide, 80 vị trí có 3 sự thay đổi nucleotide, và 10 vị trí có 4 sự thay đổi nucleotide. Với các trình bày nêu trên, có thể thấy rõ tính đa hình nucleotide của các chủng FAdV mà chúng tôi giải trình tự gen. Đặc điểm này là phù hợp với những hiểu biết về tính đa dạng genotype, serotype của FAdV đã được biết trên thế giới (Hess, 2000; Meulemans et al., 2004).
Tính đa dạng về trình tự gen giữa các chủng FAdV trong nghiên cứu này còn được biểu diễn dưới dạng % tương đồng nucleotide (bảng 4.4).
Bảng 4.4. Kết quả so sánh mức tương đồng nucleotide giữa 7 chủng FAdV
F5 F11 F6 F9 F7 F3 F8 F5 ID F11 0,575 ID F6 0,598 0,809 ID F9 0,598 0,793 0,978 ID F7 0,609 0,875 0,817 0,811 ID F3 0,571 0,678 0,701 0,699 0,691 ID F8 0,573 0,676 0,697 0,696 0,688 0,996 ID
Ghi chú: hoàn toàn giống nhau (ID)
Mức tương đồng về trình tự nucleotide của 7 chủng FAdV biến thiên rất rộng từ thấp nhất là 57,1% (chủng F3 so với chủng F5) cho đến cao nhất là 99,6% (chủng F3 so với chủng F8). Kết quả này dự đoán rằng 7 chủng virus được giải trình tự có thể thuộc về một số genotype FAdV khác nhau.
4.2.2. Kết quả phân tích trình tự amino acid của protein hexon
Trình tự aminio acid suy diễn của phân đoạn protein hexon (aa 121 đến aa 324) được trình bày ở hình 4.8.
Hình 4.8. Trình tự amino acid proteinhexon của 07 chủng FAdV Các vùng được đánh dấu A, B, C là những vùng ổn định, ít có sự thay đổi amino acid.
Đoạn gen hexon được giải trình tự ở nghiên cứu này (từ nucleotide 361 đến 972) mã hóa cho 204 codon (từ amino acid 121 đến 324). Trong 204 codon này (trừ 7 vị trí codon có đột biến mất nucleotide), có 52 codon trong đó sự thay đổi nucleotide ở bộ 3 mã hóa dẫn tới thay đổi amino acid được mã hóa (non- synonymous substitution), 145 codon còn lại có sự thay đổi nucleotide nhưng không dẫn tới thay đổi amino acid được mã hóa (synonymous substitution).
Có 3 vùng (A, B, C, hình 4.8) được xác định là những vùng ổn định về trình tự amino acid của protein hexon. Các phân tích sâu về tương quan giữa thay đổi nucleotide và amino acid tương ứng ở 3 vùng kể trên được tóm tắt ở hình 4.9.
Nhận thấy rằng, phần lớn các thay đổi nucleotide ở 3 vùng (A, B, C, hình 4.9) đều nằm ở vị trí thứ 3 của mỗi codon. Dựa vào bảng mã di truyền, người ta đã thấy rằng có khoảng 5%, 0% và 70% sự thay đổi nucleotide ở vị trí thứ 1, thứ 2 và thứ 3 của mỗi codon sẽ không dẫn tới sự thay đổi amino acid được mã hóa. Điều này lý giải vì sao trình tự nucleotide ở 3 vùng A, B, C kể trên của 7 chủng FAdV rất đa dạng, nhưng lại ít dẫn tới sự thay đổi amino acid được mã hóa.
130 140 150 160 170 180 190 . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | F5 YCGTAYNPLAPKESMFNNWAETAPGQNVSASGQLSNVYTN-TSTTKDTTAAQVTKISGVFPNPNQGPGIN F11 .G.........R.AF....I.DDGN-.TTIT..MT.P.K.EAQN.ATA...AIASV..SY....V.LA.S F6 .G.........R.AF....IAEDGN-KTTIT..M..P.E.T.Q.AAAE...V.ASV..SY....S....S F9 .G.....I...R.AF..K.IAEDGN-KTTIT..M..P.E.T.Q.AAAE...V.ASV..SY....S....S F7 .G.........R.AF....I.DDEN-KT.IT..MT.P.S.NPQN.PTA..TAIASV..SY....V....S F3 .G.........R.AF....ID.GTN-KTVIT..MTTP.E.-VQSA..K...I.AAL...Y.D..I.TA.S F8 .G.........R.AF....ID.GTN-KTVIT..MTTP.E.-VQSA..K...I.AAL...Y.D..I.TA.S 200 210 220 230 240 250 260 . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | F5 PL---RQVENANTGVLGRFAK---SQYNYAYGAYVKPVAADGSQSLTQTPYWIMDNTGTNYLGAVAVEDY F11 EMGALTPTLA.QV.LA.....VSNENTRL........LKD......GT...YVL.T.AQK...VMG...F F6 EMGALSTTLA.QV.LA.....VSSENTRL........LKN......V....YV..SGSPK...VMG...F F9 EMGALSTTLA.QV.LA.....VSSENTRL........LKN......V....YV..SGS.K...VMG...F F7 EMGALTPTLA.QV.LA.....VSSENTRL........LKN......SA...YVL.S.S.....VMG...F F3 EMGALD.TSAEQV.LAA....VSSDNTRL........LKN.....INP....V..SNA.E...VMG...F F8 EMGALD.TSAEQV.LAA....VSSDNTRL........LKN.....INP....V..SNA.E...VMG...F 270 280 290 300 310 320 . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . F5 TNSLSYPDTIVVPPPEDYDDYNIGTTRALRPNYIGFRDNFINLLYHDSGVCSGTLNSERSGMNV F11 .Q..T...SLLI...SE.GEV.S.VMK.N..................T................ F6 .D..T...SLLI...IE.GTV.T.VMK.N..................T................ F9 .D..T...SLLI...IE.GTV.T.VMK.N..................T................ F7 .Q..T...SLLI...SE.SEV.S.VMK.N..................T................ F3 SA..T....LLI...TE.SEV.T.VMK.N..................T................ F8 SA..T....LLI...TE.SEV.T.VMK.N..................T................ A B C
Hình 4.9. Đặc điểm thay đổi codon ở một số vùng ổn định của gen hexon Để dễ quan sát, mỗi nhóm gồm 3 nucleotide mã hóa cho amino acid tương ứng được nhóm và ngăn cách bởi
vùng màu xám.
4.3. KẾT QUẢ PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA FAdV CỦA FAdV
4.3.1. Kết quả phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV
Trình tự gen mã hóa protein hexon từ amino acid 121 đến 324 đã được dùng để nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử của các chủng FAdV phân lập tại Việt Nam và so sánh với các chủng virus lưu hành trên thế giới (hình 4.10).
370 380 390 . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . F5 GGCACGGCTTACAACCCGCTGGCTCCC F11 .................C.....C..T F6 .................C.....C..T F9 ...............ATC.....G..T F7 .................C.....C..T F3 ..............T..C..C.....T F8 ..............T..C..C.....T . . . . | . . . . F5 GTAYNPLAP F11 ......... F6 ......... F9 .....I... F7 ......... F3 ......... F8 ......... F5 AYGAYVKP F11 ........ F6 ........ F9 ........ F7 ........ F3 ........ F8 ........ 660 670 680 . . | . . . . | . . . . | . . . . | . . . . | . F5 GCTTACGGTGCCTACGTCAAGCCC F11 .....T..A..G..T..G.....T F6 ........G..G...........T F9 ........G..G............ F7 ........G..G............ F3 ..C.....A........T..A..G F8 ..C.....A........T..A..G A B 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 . . | .. . . | . . . . | . . . . | .. . . | . . . . | . . . . | . .. . | . . . . | . . . . | . . .. | . . . . | . . . . | . . . .| . . . . | . . . . | . . . .| . . . . | . . . . | . . . . |. . . . | . . F5 AGGCCCAACTACATCGGGTTCAGGGATAACTTCATTAACCTGCTGTATCACGACTCCGGCGTGTGCTCGGGCACCCTCAACTCGGAGCGTTCGGGCATGAACGTG F11 ..A..................C.T..C..T.....C.....C.....C.....TA.......C.....C..G...........C..A..G..A............ F6 ..A.....T............C.T..C..T.....C.....C.....C.....TA.............C..G.....G.....C.....G..C............ F9 ..A.....T............C.T..C..T.....C.....C.....C.....TA.............C..G.....G.....C.....G..C............ F7 ..A..................C....C..T.....C...T.............TA.............C..G...........T..A..G..C............ F3 .....G..T........A..T.....C..T..T..C........C.....T..TA.G..T........A..T..T..G..T........A..C..T........C F8 .....G..T........A..T.....C..T..T..C........C.....T..TA.G..T........A..T..T..G..T........A.....T........C C F5 RPNYIGFRDNFINLLYHDSGVCSGTLNSERSGMNV F11 ..................T................ F6 ..................T................ F9 ..................T................ F7 ..................T................ F3 ..................T................ F8 ..................T................
Hình 4.10. Cây phát sinh chủng loại của FAdV
Các chủng FAdV với nhóm di truyền đã biết được dùng làm tham chiếu. 7 chủng phân lập trong nghiên cứu này được đánh dấu màu xám. Virus gây bệnh giảm đẻ ở gà (EDSV) được dùng làm outgroup. Kết quả phân tích cây phát sinh chủng loại cho thấy 7 chủng FAdV phân lập thuộc về 3 giống là: FAdV-C (chủng phân lập F5), FAdV-D (F3, F8) và FAdV-E (chủng phân lập F6, F7, F9, F11). Không có chủng phân lập nào thuộc FAdV-A hoặc FAdV-B. Theo cách phân loại dựa vào trình tự gen (Meulemans, Couvreur et al. 2004), giống FAdV-D, FAdV-E được chia thành 3 nhóm di truyền là D1, D2 và D3. Với cách phân loại này, có 4 chủng phân lập (F6, F7, F9 và F11) thuộc về nhóm di truyền D1 và có 2 chủng phân lập (F3, F8) thuộc về nhóm di truyền D2. Với kết quả phân loại kể trên, có thể nhận thấy các chủng FAdV lưu hành ở khu vực lấy mẫu đa dạng về mặt di truyền.
Đối với FAdV, do sự phân loại virus dựa vào phản ứng huyết thanh học (serotype) và dựa vào đặc điểm gen (genotype) là khác nhau (Hess, 2000), vì vậy có 6/7 chủng phân lập được nghiên cứu chưa xác định được serotype. Đáng chú ý, có 1 chủng phân lập F5 được xếp vào nhóm di truyền FAdV-C và có quan hệ di truyền gần với các chủng FAdV thuộc serotype 4. Kết quả này cho phép suy diễn rằng chủng phân lập FAdV F5 thuộc serotype 4, serotype này được biết đến gây bệnh tích nước bao tim và viêm gan ở gà (Zhao et al., 2015; Ye et al., 2016). 4.3.2. Kết quả nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV serotype 4
Trong phần này, chúng tôi đi sâu tìm hiểu đặc điểm dịch tễ học phân tử của chủng FAdV4 thu được. Kết quả sàng lọc các trình tự gen tương đồng 99% với chủng F5 FAdV4 được trình bày ở hình 4.11.
Hình 4.11. Kết quả BLAST tìm kiếm trình tự gen tương đồng 99% với chủng F5
Kết quả BLAST (minh họa một phần ở hình 4.11) cho 100 trình tự có mức tương đồng cao nhất (98%- 99%). Trong đó, chỉ có 71 chủng thoản mãn đầy đủ các điều kiện: (i) tương đồng ít nhất 99% với chủng F5 khi toàn bộ chiều dài của đoạn gen được so sánh, (ii) có đầy đủ thông tin về năm và địa điểm phân lập. Kết quả phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử theo không gian của serotype FAdV4 được trình bày ở hình 4.12.
Hình 4.12. Đặc điểm dịch tễ học phân tử theo không gian của các chủng FAdV4
Phân tích này chỉ được thực hiện với các chủng FAdV4 có đặc điểm giống ít nhất 99% với chủng F5 lưu hành ở Việt Nam.
Các chủng FAdV4 có trình tự gen giống 99% với chủng F5 của Việt Nam được thấy ở một số nước thuộc châu Âu (Nga, Italy) và châu Á (Trung Quốc, Ấn Độ, Pakistan). Kết quả cho biết FAdV4 lưu hành ở các nước châu Á có thể có nguồn gốc từ Ấn Độ, với con đường truyền lây được dự đoán như sau: (i) với các nhánh virus lưu hành ở Trung Quốc có nguồn gốc từ Ấn Độ -> Pakistan -> Trung Quốc; (ii) với nhánh virus lưu hành ở Việt Nam có nguồn gốc từ Ấn Độ -> Italy - > Việt Nam. Với kết quả trên có thể thấy rõ rằng chủng F5 FAdV4 lưu hành ở Việt Nam nằm ở nhánh di truyền khác với các chủng cùng loại lưu hành ở Trung
Quốc. Phân tích này cũng dự đoán thời điểm FAdV4 xuất hiện ở nước ta sớm nhất vào khoảng năm 2005 (hình 4.12).
Đã có một số nghiên cứu trên thế giới đã phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV lưu hành ở các nước khu vực châu Âu (Niczyporuk, 2016), châu Á (Mase and Nakamura, 2014). Nhưng theo hiểu biết của chúng tôi, chưa có nghiên cứu nào đề cập đến đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus theo không gian và thời gian để chỉ rõ nguồn gốc của các chủng virus lưu hành ở một quốc gia nhất định. Với kết quả thu được trong nghiên cứu này gợi mở hướng nghiên cứu sâu hơn về đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV nói chung và của các serotype FAdV gây bệnh nói riêng.
PHẦN 5. KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
5.1. KẾT LUẬN
Về sự lưu hành của FAdV:
o Đã xác định được sự có mặt của FAdV lưu hành ở đàn gà tại các địa bàn nghiên cứu, với tỷ lệ dương tính là 20,97%.
o Gà ở lứa tuổi từ 3- 5 tuần dương tính FAdV với tỷ lệ cao nhất theo đàn là 85,71% và theo cá thể là 30,56%.
Về đặc điểm dịch tễ học phân tử của FAdV:
o Các chủng FAdV lưu hành ở Hà Nội và vùng phụ cận tương đối đa dạng về mặt di truyền;
o Chủng FAdV thuộc serotype 4 lưu hành ở miền Bắc Việt Nam sớm nhất vào khoảng năm 2005 và gần gũi về mặt di truyền với nhánh virus lưu hành ở Ấn Độ hơn các nhánh lưu hành ở Trung Quốc.
5.2. KIẾN NGHỊ
Kết quả giải trình tự gen ở nghiên cứu này cho thấy có mặt của FAdV serotype 4 lưu hành ở miền Bắc. Do phạm vi nghiên cứu hạn chế, chúng tôi đề nghị cần nghiên cứu sâu hơn về đặc điểm dịch tễ học phân tử cũng như tình trạng bệnh ở gia cầm do FAdV serotype 4 gây ra ở Việt Nam.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
Tiếng Anh:
1. Adair, B. M., and Fitzgerald, S. D. (2008). Group I adenovirus infections,