Công tác thanh tra chi NS thành phố thực hiện dựa vào Luật NS năm 2015; Luật Thanh tra năm 2010; Nghị định số 86/2011/NĐ-CP ngày 22/9/2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thanh tra; Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/6/2006 về việc ban hành Chế độ kế toán hành chính sự nghiệp.
Công tác thanh tra chi NS thành phố thực hiện dựa vào Luật NS năm 2015; Luật Thanh tra năm 2010; Nghị định số 86/2011/NĐ-CP ngày 22/9/2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thanh tra; Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/6/2006 về việc ban hành Chế độ kế toán hành chính sự nghiệp.
Cán bộ, chuyên viên thuộc Phòng TC-KH thành phố là được phân công nhiệm vụ chịu trách nhiệm thực hiện công tác thanh tra tình hình chi NS của các cơ quan, đơn vị sử dụng NSNN trên địa bàn thành phố.
Bộ phận này có trách nhiệm lập kế hoạch thanh tra của năm sau trình UBND thành phố phê duyệt. Sau đó, tiến hành khảo sát số liệu có liên quan đến nội dung, giai đoạn thực hiện công tác thanh tra và thực hiện công tác thanh tra quyết toán chi NSNN. Trong quá trình thanh tra nếu phát hiện các khoản chi sai chế độ, sai nguồn, sai đối tượng, sai mục đích sử dụng thì tùy theo mức độ vi phạm mà kiến nghị xử lý tương ứng; những khoản chi chưa đủ điều kiện quyết toán nhưng đúng nhiệm vụ chi sẽ đề nghị chuyển sang năm sau quyết toán; những khoản kinh phí được cấp thừa đề nghị thu hồi hoặc giảm trừ vào dự toán năm sau.
Giai đoạn 2015 - 2017, công tác thanh tra chi NS thành phố Thái Bình từng bước được cải thiện đáng kể. Đội ngũ cán bộ công tác tại bộ phận Thanh tra thường xuyên tham gia các lớp đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn, rèn luyện về tư tưởng đạo đức, được trang bị đầy đủ thiết bị cần thiết nhằm phục vụ tốt trong công tác thanh tra. Số lượng đơn vị sử dụng NSNN được thanh tra tăng lên qua từng năm, cùng với đó sai phạm ở một số đơn vị cũng được phát hiện kịp thời, tránh những thất thoát đáng kể.
Ví dụ, năm 2016, UBND thành phố giao Thanh tra Nhà nước thành phố chủ trì, phối hợp với phòng TC-KH tiến hành thanh tra thu – chi năm 2015 của trường Trung học cơ sở Đông Hà đã phát hiện ra các sai phạm sau: (i) việc đối
chiếu số liệu quyết toán với KBNN chưa kịp thời đã dẫn tới báo cáo quyết toán chưa khớp đúng với nội dung chứng từ kế toán; (ii) một số chứng từ kế toán chưa đầy đủ: thiếu dự trù kinh phí, quyết toán chi phí, chi sửa chữa thiếu biên bản xác định hiện trạng, thiếu chứng từ gốc,...; (iii) sử dụng sai mục đích nguồn NSNN cấp để chi trả cho con người nhưng đơn vị đã chi phục vụ hoạt động chuyên môn không được cấp có thẩm quyền cho phép là 15,9 triệu đồng. Hay tại trường mầm non Vũ Lại khi tiến hành thanh tra năm 2016 cũng phát hiện trong hiện trong hạch toán kế toán và thanh quyết toán một số nghiệp vụ kinh tế phát sinh chưa đảm bảo theo Luật NSNN và chế độ kế toán hành chính sự nghiệp; sổ sách, báo cáo quyết toán và công khai tài chính không đảm bảo theo chế độ quy định; số liệu một số loại báo cáo không thống nhất,... dẫn tới thắc mắc trong đội ngũ viên chức và người lao động. Căn cứ kết luận thanh tra, UBND thành phố đã ban hành quyết định xử lý phù hợp với các sai phạm của từng đơn vị.
Nhìn chung, số lượng đơn vịđược thanh kiểm tra vẫn còn tương đối hạn chế từ đó xảy ra hiện tượng sai lại càng sai vì không biết mình sai hoặc ỷ lại do không ai kiểm tra, đến khi có dấu hiệu sai phạm hoặc có đơn kiện thì cơ quan thanh tra mới vào cuộc.