2.1.5.1. Yếu tố ảnh hưởng từ hệ thống chính sách pháp luật về thuế
Hệ thống chính sách pháp luật về thuế là yếu tố có tác động quan trọng đến việc hoàn thuế GTGT, bởi nước ta là nhà nước pháp quyền, mọi cá nhân tổ chức đều phải sống và làm việc tuân thủ các quy định của pháp luật. Hệ thống chính sách pháp luật về thuế là căn cứ để NNT đề nghị hoàn thuế GTGT, là cơ sở để cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế GTGT cho NNT. Do đó, để thực hiện quản lý hoàn thuế GTGT đạt hiệu quả cao trên thực tế đòi hỏi phải có một hệ thống pháp luật hoàn thiện, hoặc tương đối hoàn thiện, nghĩa là hệ thống pháp luật đó phải đảm bảo tính đầy đủ, tính đồng bộ (không trùng lắp, chồng chéo), tính phù hợp và tính kỹ thuật pháp lý cao. Có như vậy cơ quan thuế và cả NNT mới không lúng túng trong việc thực hiện hoàn thuế GTGT. Ngược lại, pháp luật thuế GTGT còn thiếu các quy định cần thiết, còn nhiều bất cập với thực tế thì không thể thực thi pháp luật thuế hoặc thực thi không đạt được kết quả cao, gây ra nhiều hậu quả xấu, làm phát sinh nhiều vấn đề vướng mắc, và sẽ làm cho việc quản lý hoàn thuế GTGT của cơ quan thuế gặp khó khăn, người nộp thuế thấy không thỏa đáng, thấy bất bình từ đó sẽ không chịu thực hiện theo quy định dẫn đến chính sách hoàn thuế GTGT không hiệu quả.
2.1.5.2. Yếu tố từ phía cơ quan thuế
Cơ quan thuế cần phải thực hiện các quy trình quản lý, các văn bản chỉ đạo của cấp trên một cách nghiêm túc, hiệu quả.
Phải có sự phối hợp giữa các bộ phận chức năng việc giải quyết hoàn thuế GTGT nhằm phát hiện kịp thời các hành vi kê khai gian lận, trốn thuế hoặc có hành vi không chấp hành các qui định của cơ quan thuế.
Cơ quan thuế cần có sự phối hợp giữa các ngành, các cơ quan quản lý nhằm phát hiện NNT có dấu hiệu vi phạm pháp luật để loại trừ yếu tố rủi ro trong giải quyết hoàn thuế GTGT.
Đặc biệt trong quản lý hoàn thuế GTGT yếu tố con người – cán bộ giải quyết hoàn thuế là một yếu tố rất quan trọng. Chính vì công tác hoàn thuế GTGT là một công tác phức tạp, dễ xẩy ra tình trạng gian lận do vậy đòi hỏi cán bộ thuế phải có trình độ chuyên môn tốt trong quá trình quản lý và thực thi pháp luật về thuế GTGT nói chung và công tác hoàn thuế GTGT nói riêng. Mặt khác, không chỉ trình độ chuyên môn mà cả phẩm chất đạo đức của cán bộ thuế cũng ảnh
hướng không nhỏ đến quá trình thực hiện hoàn thuế. Những món lợi về thuế thường có giá trị lớn, nếu cán bộ thuế không có phẩm chất đạo đức tốt, không trung thực, làm việc có trách nhiệm thì dễ bị cám dỗ bởi những khoản lợi ích vật chất to lớn, dẫn tới cấu kết với doanh nghiệp chiếm dụng ngân sách nhà nước. Vì vậy, công tác hoàn thuế có thực sự hiệu quả hay không phụ thuộc rất lớn vào trình độ, trách nhiệm, phẩm chất đạo đức của các cán bộ thuế.
Ngoài ra thì cơ sở hạ tầng, phương tiện kỹ thuật cũng là một điều kiện giúp cho cơ quan thuế thực hiện tốt công tác quản lý hoàn thuế GTGT. Nếu cơ quan thuế được trang bị đầy đủ phương tiện kĩ thuật hỗ trợ đắc lực, hệ thống ứng dụng quản lý doanh nghiệp đồng bộ thì công tác hoàn thuế GTGT sẽ được thực hiện một các nhanh chóng và chính xác. Còn nếu các phương tiện quá lạc hậu, điều kiện cơ sở vật chất không đáp ứng đầy đủ cho cán bộ thuế làm việc sẽ hạn chế tính chính xác, ảnh hưởng đến tâm lý của cán bộ thuế, từ đó dẫn tới hiệu quả công việc không cao.
2.1.5.3. Yếu tố từ phía doanh nghiệp
Yếu tố ảnh hưởng đến quản lý hoàn thuế GTGT xuất phát từ phía doanh nghiệp bao gồm các yếu tố như: trình độ, nhận thức và ý thức tuân thủ pháp luật của NNT. Nếu doanh nghiệp thực hiện tốt việc sử dụng hóa đơn, chứng từ, chấp hành tốt pháp luật thuế thì việc quản lý hoàn thuế GTGT của cơ quan thuế sẽ thuận lợi và gặp ít khó khăn hơn.