4.3.1.1. Năng lực và đạo đức nghề nghiệp của cán bộ công chức thuế:
Trình độ chuyên môn của cán bộ làm công tác thu thuế GTGT có ảnh hƣởng trực tiếp đến quản lý thu thuế GTGT của Chi cục Thuế trong tất cả các khâu từ khâu kê khai thuế, kiểm tra... Cán bộ thuế đƣợc giao quản lý các doanh nghiệp cần có những hiểu biết về ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp mới có thể triển khai quản lý thu thuế GTGT hiệu quả. Bên cạnh đó cán bộ công chức thuế cũng cần có những hiểu biết chuyên sâu về các văn bản pháp lý quy định liên quan đến thuế GTGT để áp dụng cho doanh nghiệp một cách đúng luật. Trƣờng hợp cán bộ công chức thuế không có đủ trình độ chuyên môn hay am hiểu về hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp thì quản lý thu thuế sẽ gặp khó khăn và dẫn đến thất thoát cho ngân sách nhà nƣớc.
Hiện nay, Chi cục Thuế đang sử dụng ứng dụng quản lý thuế tập trung (TMS). Tuy nhiên chất lƣợng của việc nhập số liệu, dữ liệu của CBT vào các ứng dụng quản lý chƣa thật sự cao và đáp ứng đƣợc các yêu cầu quản lý, khai thác dữ liệu; nhìn chung CBT chƣa thực hiện rà soát đối chiếu dữ liệu với các bộ phận chức năng có liên quan, chƣa nhập đầy đủ quyết định miễn thuế, giảm thuế của DN vì vậy đã làm tăng số tiền nợ ảo, nộp thừa ảo trên ứng dụng quản lý thuế
4.3.1.2. Đạo đức nghề nghiệp
Bên cạnh năng lực, trình độ chuyên môn thì đạo đức nghề nghiệp của cán bộ công chức thuế cũng có ảnh hƣởng trực tiếp đến quản lý thu thuế GTGT của Chi cục Thuế. Trƣờng hợp các cán bộ công chức công tâm trong công tác quản lý thu thuế sẽ giảm sự thất thoát ngân sách nhà nƣớc, và tạo đƣợc sự đồng thuận của doanh nghiệp nộp thuế. Ngƣợc lại khi cán bộ công chức có thái độ cửa quyền hay thông đồng với doanh nghiệp thì sẽ làm thất thoát số thu của ngân sách và làm cho doanh nghiệp nộp thuế tìm cách gian lận thuế.
4.3.1.3. Số lượng cán bộ công chức thuế:
Số lƣợng cán bộ công chức thuế đủ về số lƣợng sẽ làm tăng tính hiệu lực và hiệu quả trong quản lý thu thuế. Trƣờng hợp ngƣợc lại, nếu thiếu cán bộ công chức thuế sẽ làm cho khối lƣợng công việc của các cán bộ khác tăng lên và làm giảm hiệu lực và hiệu quả quản lý thu thuế GTGT.
Việc thiếu hụt cán bộ ở các đội chức năng ảnh hƣởng không nhỏ đến chất lƣợng quản lý thu thuế GTGT do: không cập nhập kịp thời dữ liệu vào phần mềm ứng dụng; rà soát, kiểm tra hồ sơ khai thuế tại CQT đạt chất lƣợng chƣa cao; thƣờng phải kéo dài thêm thời gian trả kết quả cho DN, hoặc thời gian kiểm tra, thanh tra tại DN, không tiến hành đƣợc nhiều cuộc thanh tra, kiểm tra.
4.3.1.4. Sự phối hợp giữa các bộ phận của cơ quan thuế:
Quản lý thu thuế GTGT tại cơ quan thuế có liên quan đến nhiều bộ phận nhƣ bộ phận một cửa, bộ phận kê khai và kế toán thuế, bộ phận kiểm tra thuế, bộ phận quản lý nợ và cƣỡng chế nợ thuế... Vì vậy sự phối hợp giữa các bộ phận thuộc Chi cục Thuế có ảnh hƣởng đến quản lý thu thuế GTGT. Nếu các bộ phận phối hợp nhịp nhàng với nhau thì sẽ giúp doanh nghiệp kê khai, nộp thuế đƣợc thuận lợi và quản lý thu thuế đạt hiệu quả cao. Ngƣợc lại sự phối hợp giữa các bộ phận không nhịp nhàng sẽ gây khó khăn cho ngƣời nộp thuế và làm cho quản lý thu thuế GTGT giảm hiệu lực và hiệu quả.
4.3.1.5. Mức độ hiện đại hoá của Chi cục thuế
Hiện tại, cơ quan thuế đã đƣợc trang bị những thiết bị hiện đại phục vụ cho việc kê khai thuế, nộp thuế. Mức độ ứng dụng công nghệ thông tin của Chi cục Thuế càng hiện đại thì càng giúp cho quản lý thu thuế GTGT đƣợc thuận tiện, góp phần nâng cao tính hiệu quả và hiệu lực của quản lý thu thuế GTGT.