- Về cơ chế chính sách
+ Hệ thống chính sách thuế chƣa bao quát hết ĐTNT, còn nhiều mức thuế ƣu đãi, thời gian miễn, giảm thuế, điều kiện ƣu đãi chƣa quy định cụ thể trong luật; còn lồng ghép nhiều chính sách xã hội; cơ chế quản lý thuế chƣa đƣợc quy định rõ ràng đặc biệt là vấn đề xử lý vi phạm trong các văn bản quy phạm pháp luật. Nguyên nhân là do khi xây dựng chính sách thuế chƣa nhận thức hết phạm vi điều chỉnh của từng sắc thuế và chƣa lƣờng hết nguồn thu sẽ phát sinh trong quá trình phát triển của nền kinh tế thị trƣờng.
sự đồng nhất. Do đó, việc hạch toán kế toán theo chế độ quy định nhƣng khi xác định nghĩa vụ thuế phải loại trừ những khoản chi phí không hợp lý, hợp lệ khi xác định nghĩa vụ thuế, từ đó tạo nên sự phức tạp và dễ nhầm lẫn khi thực hiện cơ chế tự kê khai, tự nộp.
- Về phía Chi cục Thuế
+ Tổ chức bộ máy của Chi cục Thuế mặc dù đã đƣợc tăng cƣờng nhƣng trình độ nghiệp vụ còn hạn chế chƣa đáp ứng đƣợc với những biến động đầy phức tạp của thị trƣờng, một số cán bộ chƣa nắm bắt đƣợc chính xác tình hình kinh doanh của DN.
+ Việc phối hợp với các cơ quan Nhà nƣớc có liên quan nhƣ Ngân hàng, cơ quan công an đôi khi chƣa đƣợc nhịp nhàng.
- Về phía các DN
+ Ý thức tự giác, tự nguyện của các DN trong việc kê khai, nộp thuế mặc dù đƣợc nâng lên nhƣng nhiều doanh nghiệp vẫn cố tình tìm mọi cách để trốn thuế. Tình trạng các DN khi không đƣợc đôn đốc nhắc nhở thì không nộp tờ khai vẫn còn nhiều, tình trạng dây dƣa nợ đọng tiền thuế còn khá phổ biến.
+ Bên cạnh đó tổ chức công tác kế toán và bộ máy kế toán ở các DN hiện nay còn rất sơ sài, chƣa chú ý đến việc tổ chức công tác kế toán hợp lý và khoa học phù hợp với đặc điểm tổ chức quản lý kinh doanh, các kế toán viên thông thƣờng là kiêm nhiệm, trình độ kế toán còn hạn chế cho nên nhiều chỉ tiêu trong tờ khai còn ghi sai, ghi thiếu, bỏ sót doanh thu còn khá nhiều.
- Ngoài ra, còn bởi một phần nguyên nhân chủ quan từ ngƣời tiêu dùng không đòi hỏi hoá đơn khi mua hàng hoá, dịch vụ hoặc không quan tâm đến nội dung của hoá đơn. Việc này đã vô tình đã tiếp tay cho các DN trốn, lậu thuế và gây khó khăn cho công tác quản lý thuế nói chung và thuế GTGT nói riêng trên địa bàn TP Thái Bình.
Việc để xảy ra tình trạng thất thu thuế không những không đảm bảo công bằng giữa các DN trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế, làm ảnh hƣởng không tốt tới uy tín của Chi cục Thuế mà còn làm cho các DN coi thƣờng luật pháp. Vì vậy, một trong những nhiệm vụ trọng tâm trong năm tới là Chi cục Thuế cần phải đẩy mạnh công tác quản lý thu thuế đặc biệt là đối với thuế GTGT.