Tất cả bào tử sau khi phân lập sẽ đƣợc chia thành các nhóm khác nhau dựa trên tiêu chí cơ bản về màu sắc và hình thái.
Từ mỗi nhóm bào tử, chọn ra từ 5 – 10 bào tử tiêu biểu nhất cho nhóm để làm tiêu bản tạm thời bào tử bằng thuốc nhuộm PVLG và Melzer.
Quan sát bào tử ghi lại hình dạng, màu sắc, kích thƣớc, số vách bào tử, kích thƣớc vách bào tử dƣới kính hiển vi điện tử.
- Phân loại sơ bộ bào tử phân lập đƣợc đến cấp chi theo các tiêu chí tại INVAM (http://invam.caf.wvu.edu/fungi/taxonomy/speciesID.htm).
Phân loại nấm rễ AM bằng phương pháp sinh học phân tử.
- Tách chiết rADN: theo phƣơng pháp của Schwarzott và Schussler (2001).
- Trình tự mồi: trình tự 7 mồi trong đó có 2 mồi thông dụng (universal): ITS4, ITS1F và 5 mồi đặc trƣng của đoạn ribosome từ 18-28S và trên đoạn ITS đã đƣợc tổng hợp theo công bố của Redecker (2000)
- Phản ứng PCR: phản ứng PCR đƣợc thực hiện với kỹ thuật PCR ổ (nested PCR) bằng hai bƣớc. Bƣớc 1 sử dụng cặp mồi ITS1F và ITS4 để khuyếch đại đoạn DNA ở vùng ribosome của các chủng AM. Bƣớc hai là sử dụng các cặp mồi đặc hiệu
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/
Glom1310, Letc1670, Acau1660, GiGa5.8R, Arch1311 để khuếch đại các đoạn rADN đặc trƣng của loài.
- Trình tự các đoạn ribosome DNA sau đó đƣợc xác định trên máy giải trình tự gen ABI Prism 3130 và xử lý bằng chƣơng trình DNAstar Lasergen, ClustalW. Sau đó trình tự này đƣợc so sánh với dữ liệu trên Ngân hàng gen Quốc tế (NCBI). Cây phân loại đƣợc xử lý bằng chƣơng trình Mega 5.2 với phƣơng pháp Neighbor- Joining với phƣơng pháp Bootstrap với số lần lặp là 10.000 lần.