Đây là một khâu quan trọng trong kỹ thuật nuôi thương phẩm nếu làm tốt khâu này tạo ra nhiều thức ăn tự nhiên, tạo môi trường thuận lợi cho cá hoạt động, sinh trưởng tốt, tránh được địch hại, nâng cao được tỷ lệ sống, tránh thất thoát thức ăn trong quá trình nuôi.
Nên sử dụng ao hình chữ nhật, chiều dài bằng 02- 03 lần chiều rộng, có diện tích >1000 m2, ao có độ sâu mức nước khoảng 1,5-2m, chất đáy là chất thịt, thịt pha cát; bằng phẳng và nghiêng về cống thoát nước một góc từ 3-50. Ao được xây dựng có chiều dọc song song với hướng gió chính trong năm. Hệ thống bờ ao phải chắc chắn, không rò rỉ, không hang hốc; độ cao an toàn bờ 0,5m và hệ số mái ≥ 01m; bờ ao cao hơn mức nước cao nhất trong ao khoảng 0,5-0,7m, bờ được xử lý chắc chắn, lấp hết các hang hốc trên bờ, bờ ao được phát quang các bụi rậm tránh nơi trú ngụ của địch hại và hạn chế độ che phủ của ao, nếu ao bị che phủ sẽ hạn chế sự chiếu sáng dẫn đến hạn chế sự quang hợp trong ao và còn ảnh hưởng đến độ thoáng làm hạn chế việc cung cấp ô xy cho ao nuôi. Hệ thống cấp và thoát nước riêng biệt: Mỗi ao có ít nhất 01 cống cấp nước xây nổi trên bờ ao, 01 cống thoát nước thấp hơn đáy ao, 02 cống này ở 02 đầu đối diện của ao và cửa cống có đăng chắn giữ cá.
Ao cần được tát cạn diệt cá tạp để tránh cạnh tranh thức ăn khi nuôi cá Nheo Mỹ (do thức ăn của cá Nheo Mỹ cao đạm nên đắt tiền) và phơi đáy ao. Ao có đáy bùn cát có độ sâu lớp bùn đáy từ 15-20cm là phù hợp. Nếu ao có bùn đáy ao dầy, bùn đen cần được vét bớt lớp bùn đáy ao, nếu ao có đáy trơ cần tạo lớp bùn đáy cho phù hợp để tạo điều kiện cho hệ động vật đáy phát triển. Lớp bùn đáy ao có vai trò là kho dự trữ dinh dưỡng khi nước trong ao thừa dinh dưỡng và cung cấp dinh dưỡng lại nước ao khi nước ao thiếu dinh dưỡng.
Trong quá trình chuẩn bị ao cần dùng vôi bột để tẩy ao khử chua, diệt cá tạp và các loại địch hại cá. Ngoài ra vôi còn có tác dụng tiêu diệt các mầm bệnh trong lớp bùn đáy ao và còn có tác dụng xúc tác quá trình phân giải mùn bã hữu cơ ở đáy ao nuôi nhằm tạo các muối dinh dưỡng cho thực vật thủy sinh. Lượng vôi tẩy ao
phụ thuộc vào pH bùn đáy ao, nhìn chung lượng vôi bón ao từ 07-10kg/100m2 ao, đáy ao được trang phẳng tạo điều kiện thuận lợi cho cá hoạt động bắt mồi và đánh bắt khi thu hoạch.
Đáy ao sau khi chuẩn bị xong cần được phơi đáy với mục đích khử trùng đáy ao, làm thoát hết khí độc ở bùn đáy ao, hơn nữa dưới tác dụng của ảnh sáng mặt trời sẽ diệt hết cá tạp và các sinh vật hại cá ở đáy ao và còn xúc tác cho quá trình phân giải mùn đáy ao tạo các muối dinh dưỡng để khi lấy nước vào ao sẽ cung cấp dinh dưỡng cho sự phát triển của thủy sinh vật, tạo môi trường thích hợp cho động vật đáy và ổn định môi trường nuôi. Đối với ao không bị nhiễm phèn (chất đáy là đất thịt hoặc thịt pha cát) phơi khô đáy từ 05-07 ngày tuỳ vào điều kiện thời tiết (phơi đến nứt chân chim), nếu có điều kiện thì cày xới đáy ao tạo điều kiện cho đáy ao phong hoá hết độc tố tích tụ dưới sâu; đối với ao nhiễm phèn (chất đáy là đất sét, xung quanh bờ có váng sắt mầu nâu đỏ) chỉ phơi se mặt bùn từ 01- 02 ngày.
Nước lấy vào ao phải qua đăng, chắn lưới để tránh cá tạp vào ao sẽ cạnh tranh thức ăn với cá Nheo Mỹ nuôi và lấy nước làm hai lần. Lần 1: Lọc nước vào ao đạt độ sâu mực nước 30-50cm thì dừng lại, tiến hành ngâm ao từ 05-07 ngày, sau đó vớt bỏ hết rác bẩn, xác phân không phân huỷ được ra khỏi ao nuôi. Khi nước ao có màu xanh nõn chuối, ta lọc nước lần 02 với mức nước lấy vào ao từ 1,5- 2m.