Mô hình tổ chức thanh tra chuyên ngành được xây dựng căn cứ trên một số nguyên tắc cơ bản sau đây: Tập trung dân chủ; quản lý theo ngành, lĩnh vực kết hợp quản lý theo địa phương và vùng lãnh thổ. Trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn quản lý nhà nước và mô hình bộ máy tổ chức của ngành Xây dựng để tổ chức theo hướng tinh gọn và từng bước hiện đại hoá. Việc phân quyền cho các tổ chức thanh tra chuyên ngành xây dựng phải dựa trên cơ sở quyền hạn mà Nhà nước giao cho Bộ Xây dựng. Để bộ máy các cơ quan thanh tra chuyên ngành xây dựng hoạt động hiệu quả, đòi hỏi phải xác định đúng chức năng, thẩm quyền, trách nhiệm của các cơ quan thanh tra xây dựng; xác lập các mối quan hệ đúng đắn, hợp lý giữa cơ quan thanh tra chuyên ngành xây dựng với các cơ quan hữu quan; phải có những phương pháp tổ chức và hoạt động phù hợp để tạo ra một hệ thống cơ chế đồng bộ, đồng thời nâng cao được trách nhiệm của cơ quan thanh tra chuyên ngành xây
dựng. Tất cả những điều này chỉ có thể thực hiện được khi dựa trên cơ sở vững chắc của những nguyên tắc và quy định cụ thể của pháp luật.
Về cơ cấu tổ chức bộ máy, thực hiện theo nguyên tắc ở đâu có quản lý nhà nước ở đó có thanh tra. Bộ máy hành chính nhà nước ta được phân chia theo ngành, lĩnh vực. Trong đó, ngành xây dựng ở Trung ương là Bộ Xây dựng, ở địa phương là Sở Xây dựng và phòng có chức năng quản lý về xây dựng cấp huyện. Do đó, tổ chức thanh tra chuyên ngành xây dựng phải phù hợp với hệ thống cơ quan quản lý nhà nước về xây dựng, đáp ứng yêu cầu về công tác quản lý chuyên ngành, có yêu cầu về chuyên môn, kỹ thuật đặc thù, cũng như khối lượng công việc quản lý chuyên ngành xây dựng.