Từ thực tiễn quản lý nhà nƣớc về tôn giáo và tình hình hoạt động tôn giáo ở Quảng Bình, một số kinh nghiệm bƣớc đầu có thể rút ra là:
Thứ nhất, khắc phục những hạn chế, bất cập trong Pháp lệnh Tín ngƣỡng, tôn giáo, bổ sung những vấn đề mới nảy sinh.
Thứ hai, nâng cao hiệu quả hoạt động tuyên truyền đƣờng lối, chủ trƣơng của Đảng, chính sách, pháp luật của nhà nƣớc về tín ngƣỡng, tôn giáo.
Nội dung tuyên truyền trƣớc mắt là tiếp tục quán triệt một cách sâu sắc Nghị quyết số: 25-NQ/TW của Hội nghị Trung ƣơng 7 khóa IX về công tác tôn giáo, Pháp lệnh Tín ngƣỡng, tôn giáo, Nghị định số: 92/2012/NĐ-CP, ngày 08/11/2012, của Chính phủ và những điểm mới của Luật Tín ngƣỡng, tôn giáo 2016.
Phƣơng thức tuyên truyền cũng phải đa dạng, thông qua nhiều hình thức, nhƣ tổ chức học tập, quán triệt thông qua các phƣơng tiện thông tin đại chúng, các loại hình nghệ thuật, các phong trào, các tấm gƣơng ngƣời tốt, việc tốt. Đây là cơ sở để kết hợp hài hòa giữa cái đúng, cái tốt, cái đẹp của tôn giáo và tín ngƣỡng trong đời sống tâm linh của dân tộc, cũng là cơ sở để đấu tranh chống lại các tà đạo phản văn hóa, phi nhân tính, mê tín dị đoan.
Thứ ba, nâng cao tính thiết thực của sự phối, kết hợp giữa các cơ quan nhà nƣớc trong việc thực hiện Pháp lệnh Tín ngƣỡng, tôn giáo và các quy định trong quản lý nhà nƣớc về tôn giáo.
Sự phối hợp, kết hợp giữa các cơ quan quản lý nhà nƣớc về tôn giáo phải dựa trên cơ sở nhà nƣớc thống nhất quản lý và bảo đảm việc thực hiện quyền tự do tín ngƣỡng, tôn giáo của mọi ngƣời; Chính phủ thống nhất quản lý nhà nƣớc về tín ngƣỡng, tôn giáo trong phạm vi cả nƣớc; Cơ quan quản lý nhà nƣớc về tín ngƣỡng, tôn giáo ở trung ƣơng chịu trách nhiệm trƣớc Chính phủ trong việc thực hiện quản lý nhà nƣớc về tín ngƣỡng, tôn giáo; Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan quản lý nhà nƣớc về tín ngƣỡng, tôn giáo; Các bộ, cơ quan ngang bộ, Ủy ban nhân dân các cấp thực hiện quản lý nhà nƣớc về tín ngƣỡng, tôn giáo theo chức năng nhiệm vụ, quyền hạn đƣợc pháp luật quy định.
Thứ tư, củng cố, sắp xếp hợp lý tổ chức bộ máy và tổ chức quản lý công tác nghiên cứu, đào tạo, bồi dƣỡng cho cán bộ, công chức làm công tác tôn giáo.
Theo tinh thần Nghị quyết số 25 của Hội nghị Trung ƣơng 7 khóa IX, để tăng cƣờng sự lãnh đạo của Đảng đối với công tác tôn giáo, Ban chỉ đạo công tác tôn giáo các cấp của tất cả các tỉnh, thành phố đã đƣợc thành lập, do đồng chí Phó Bí thƣ thƣờng trực cấp ủy ở mỗi cấp làm trƣởng ban, cơ quan thƣờng trực Ban chỉ đạo là Ban Dân vận các cấp. Ban Dân vận, Mặt trận Tổ quốc các cấp tiếp tục kiện toàn tổ chức, chuyên môn và bố trí cán bộ làm công tác tôn giáo; các tổ chức chính trị - xã hội ở địa phƣơng bố trí cán bộ kiêm nhiệm hoặc theo dõi công tác tôn giáo phù hợp với chức trách, nhiệm vụ của từng đơn vị trong tình mới.
Thứ năm, tăng cƣờng kiểm tra, thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và xử lý vi phạm pháp luật về tôn giáo.
Thứ sáu, đổi mới quản lý hoạt động hợp tác quốc tế trong lĩnh vực tôn giáo.
Những năm gần đây, xu thế hoạt động đối ngoại của các tổ chức tôn giáo phổ biến là: đa dạng hóa, thế tục hóa, dân tộc hóa, toàn cầu hóa. Thực ra, với xu thế này, nếu nhƣ “thuần đạo” thì chẳng có điều gì phải lo ngại, song, các thế lực thù địch thƣờng lợi dụng hoạt động tôn giáo để thực hiện âm mƣu “diễn biến hòa bình”, gây rối, biểu tình, bạo loạn, lật đổ; một số chức sắc, linh mục, nhà tu hành đội lốt tôn giáo tăng cƣờng truyền đạo trái phép, phát triển tín đồ chống đối, xuyên tạc trắng trợn đƣờng lối, chính sách đúng đắn của Đảng và nhà nƣớc ta về tôn giáo, vu khống chính quyền,… làm cho tình hình trở nên phức tạp hơn.
Điều này đòi hỏi phải có phƣơng pháp, biện pháp sáng tạo, phù hợp với thực tiễn từng vùng, từng địa phƣơng. Sử dụng sức mạnh cứng là biện pháp
cần thiết đối với những đối tƣợng đầu sỏ, các thế lực ngoan cố, hiếu chiến, nguy hiểm, song không phải là biện pháp duy nhất, mà còn phải biết sử dụng sức mạnh mềm trong quản lý nhà nƣớc về tôn giáo nhƣ tổ chức thăm viếng, tiếp xúc, đối thoại với đồng bào theo đạo, các đoàn khách tôn giáo quốc tế, các chức sắc tôn giáo ở địa phƣơng,… Bên cạnh đó, cần phải biết sử dụng lực lƣợng cốt cán, cán bộ, công chức, đảng viên, đoàn viên là những tín đồ tôn giáo, các linh mục, các nhà tu hành yêu nƣớc, tiến bộ, có uy tín và có tinh thần đại đoàn kết toàn dân tộc để cảm hóa, giáo dục những ngƣời vi phạm đƣờng lối, chủ trƣơng của Đảng, chính sách, pháp luật của nhà nƣớc về công tác đối ngoại, công tác tôn giáo, về hợp tác quốc tế trong lĩnh vực tôn giáo.