L ỜI CẢM ƠN
3.3.1. Đánh giá kết quả thực hiện giải trình tự
Tại thị xã Ba Đồn, sau 10 tháng thực hiện giám sát chúng tôi thu được 02 mẫu dương tính với H5N6. Mẫu dương tính thu được trong tháng 11 được lựa chọn giải
trình tự trong khuôn khổ thực hiện của đề tài nghiên cứu khoa học tỉnh năm 2017. Tiêu chí lựa chọn là các mẫu có giá trị Ct thấp (<33) để đảm bảo kết quả thực hiện giải trình
được chính xác.
Với mỗi mẫu chúng tôi đã thực hiện tinh sạch 4 lần: 2 lần thực hiện tinh sạch
với prime Forward và 2 lần với prime Reverse. Bốn sản phẩm tinh sạch được gửi đi
giải trình tự tại Công ty 1st Base, Singapore. Quy trình thực hiện được tiến hành bằng phương pháp bằng phương pháp Sanger dideoxy sequencing. Kết quả giải trình tự được trích xuất dưới dạng mặc định (*ab1) được đọc bằng phần mềm Bioedit. Kết quả thu được là trình tự của toàn bộ trình tự gen H5 chủng A/Dk/Vietnam/QuangBinh/
BD1113/2017 (H5N6) với mã số đăng ký lên Genbank là LC376798. Chất lượng giải trình tự được đánh giá qua giản đồ trình tự tự động:
Hình 3.1: Giản đồ giải trình tự tự động đoạn Gen H5 của chủng A/Dk/Vietnam/QuangBinh/BD1113/2017(H5N6)
Qua giản đồ giải trình (hình 3.1) ta thấy, đoạn đầu và đoạn cuối của giảnđồ, đồ
thị của trình tự phân bố không đều, điểm thu về khá thấp, các đoạn ở giữa khoảng từ cao, đồ thị đẹp và không có độ nhiễu, như vậy cho thấy độ tin cậy của kết quả khá cao.
Kết quả được đăng tải trên gene bank:
Trình tự Nucleotic chủng A/Dk/Vietnam/QuangBinh/BD1113/2017(H5N6)
1 atggagaaaa tagtgcttct tcttgcagtg gttagccttg ttaaaagtga tcagatttgc 61 attggttacc atgcaaacaa ctcgacagag caggttgaca cgataatgga aaaaaacgtc 121 actgttacac atgcccaaga catactggaa aagacacaca acgggaggct ctgcgatctg 181 aatggagtga aacctctgat tttaaaggat tgtagtgtag ctggatggct tcttggaaac 241 ccaatgtgcg acgaattcat cagagtgccg gaatggtctt acatagtgga gaggactaac 301 ccagccaatg acctctgtta cccagggaac ctcaatgact atgaagaact gaaacaccta 361 ttgagcagaa taaatcattt tgagaagact ctgatcatcc ccaagagttc ttggcccaat 421 catgaaacat catcaggggt gagcgcagca tgcccatacc agggagtgcc ctcctttttc 481 agaaatgtgg tatggcttac caagaagaac gatgcatacc caacaataaa gatgagctac 541 aataatacca atggggaaga tcttttgata ctgtggggga ttcatcattc caacaatgca 601 gcagagcaga caaatctcta taaaaaccca accacctatg tttccgttgg gacatcaaca 661 ttaaaccaga gattggtgcc aaaaatagct actagatccc aagtaaacgg gcaacaagga 721 agaatggatt tcttctggac aattttaaaa ccgaatgatg caatccactt tgagagtaat 781 ggaaatttta ttgctccaga atatgcatac aaaatagtca agaaagggga ctcaacaatt 841 atgaaaagtg aaatggaata tggccactgc aacaccaaat gtcaaactcc aataggggcg 901 ataaactcta gtatgccatt ccacaatata caccctctca ctatcgggga gtgccccaaa 961 tacgtgaaat caaacaaatt agtccttgcg actgggctca gaaatagtcc tctaagagaa 1021 agaagaagaa aaagaggact atttggagct atagcaggtt ttatagaggg aggatggcaa 1081 ggaatggtag atggttggta tgggtatcac catagcaatg aacaggggag tgggtacgct 1141 gcagacagag aatccaccca aaaggcaata gatggagtta ccaataaggt caactcgatc 1201 attgacaaaa tgaacactca atttgaggcc gttggaaggg aattcaataa cttagaacgg 1261 agaatagaga atttaaataa gaaaatggaa gacggattcc tagatgtctg gacttataat 1321 gctgaacttt tagttctcat ggaaaatgag agaactctag atttccatga ctcaaatgtc 1381 aagaaccttt atgacaaagt ccgactacag cttagggata atgcaaagga gctgggtaat 1441 ggttgtttcg agttctatca caaatgtgat aatgaatgta tggaaagtgt aagaaatggg 1501 acgtacgact acccccaata ttcagaagaa gcaagattaa aaagggaaga aataagcgga 1561 gtgaaactgg aatcaatagg aacttaccaa atactgtcaa tttattcaac agtggcgagt 1621 tccctaacac tggcaatcat cgtggctggt ctatctttat ggatgtgctc caatgggtcg 1681 ttacaatgca gaatttgcat ttaa //