L ỜI CẢM ƠN
3.3.3. Giám định độc lực của đoạn gen H5 đã giải trình
Aminoacid chủng LC376798 (A/Dk/Vietnam/QuangBinh/BD1113/2017(H5N6)) Từ
dữ liệu giải trình gen H5, phân tích trình tự đã được đăng tải trên Genbank: MEKIVLLLAVVSLVKSDQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTH AQDILEKTHNGRLCDLNGVKPLILKDCSVAGWLLGNPMCDEFIRVPEWSYIVERTNPA NDLCYPGNLNDYEELKHLLSRINHFEKTLIIPKSSWPNHETSSGVSAACPYQGVPSFF RNVVWLTKKNDAYPTIKMSYNNTNGEDLLILWGIHHSNNAAEQTNLYKNPTTYVSVGT STLNQRLVPKIATRSQVNGQQGRMDFFWTILKPNDAIHFESNGNFIAPEYAYKIVKKG DSTIMKSEMEYGHCNTKCQTPIGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNKLVLATGLR NSPLRERRRKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADRESTQKAIDG VTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENE RTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQYS EEARLKREEISGVKLESIGTYQILSIYSTVASSLTLAIIVAGLSLWMCSNGSLQCRICI"
Qua trình tự các amino acid ta có thể đánh giá được, ta có bảng đánh giá các điểm điểm quyết định độc lực của chủng thu thập được tại thị xã Ba Đồn trong năm 2017.
Bảng 3.11: Đặc tính amino acid của hemaglutinin (HA) của chủng LC376798
Tên virus Connecting peptide HA (numbering) 110 158 160 224 226 228 318 A/chicken/Vietnam/- QuangBinh/BD1113/2017 (H5N6) RERRRKR/GLF H N T N Q G T
Qua bảng trên ta có thể thấy trình tự điểm phân cắt của chủng phân lập được có
chứa chuỗi aminoacid RERRRKR/GLF tại các vùng phân cắt trong phân tử HA,
Giống với trình tự điểm phân cắt của các chủng độc lực cao do tổ chức OIE công bố năm 2017. Từ đó có thể kết luận chủng phân lập được tại Ba Đồn có độc lực cao
CHƯƠNG 4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1. Kết luận
Từ các kết quả nghiên cứu của đềtài, chúng tôi đưa ra một số kết luận như sau:
* Phân tích một số yếu tố nguy cơ làm phát sinh và lây lan bệnh Cúm gia cầm
tại huyện Quảng Trạch.
- Gia cầm nuôi cho ăn thức ăn tự chếnguy cơ bị dịch cao gấp 17 lần so với các hộchăn nuôi cho ăn thức ăn công nghiệp và sai khác có ý nghĩa về mặt thống kê với P < 0,05.
- Những hộ nuôi gia cầm mua con giống từ nơi không rõ nguồn gốc nguy cơ bị
dịch cao gấp 3,30 lần những hộ nuôi gia cầm mua con giống rõ nguồn gốc.
- Gia cầm không được tiêm vắc xin phòng bệnh cúm có nguy cơ mắc bệnh cúm gia cầm cao gấp 4 lần so với gia cầm được tiêm vắc xin phòng bệnh.
- Những hộ nuôi gia cầm không hoặc ít vệ sinh tiêu độc khử trùng có nguy cơ
dịch bệnh gấp 4,50 lần những hộ nuôi gia cầm định kỳ vệ sinh tiêu độc khử trùng. - Những hộ nuôi gia cầm nuôi chung nhiều loài có nguy cơ bị dịch gấp 14,94
lần những hộ nuôi gia cầm không nuôi chung.
- Những hộ nuôi gia cầm sử dung nước ao hồ, sông nguy cơ bị dịch cúm gia
cầm gấp 4,85 lần so với những hộ sử dụng nước máy, nước giếng.
- Trong 10 tháng thực hiện giám sát các đàn gia cầm ở Quảng Trạch không phát hiện có mẫu nào dương tính với cúm A. Kết quả giám sát huyết thanh cho thấy có
kháng thể trong các đàn gia cầm nuôi trước tiêm phòng tại Quảng Trạch có thể là kháng thể chủ động.
* Giám sát sự lưu hành vi rút cúm gia cầm tại thị xã Ba Đồn:
- Tỷ lệ lưu hành cúm A xuất hiện nhiều nhất vào tháng 5 và tháng 8 năm 2017
(tỷ lệ 100%). Các tháng 11/2017 và tháng 02/2018 tỷ lệ nhiễm là 50%. Không phát hiện thấy sự lưu hành của virus cúm vào các tháng 6, 9, 10 và 12 đã phát hiện được 02 mẫu dương tính với H5N6, không có mẫu nào dương tính với H5N1 và H7N9.
- Kết quả giải trình tự gen H5 tại thị xã Ba Đồn:
+ Việc thực hiện giải trình tự có độ chính xác cao. Bước đầu đã xác định thành công trình tự gence HA (H5) của 01 chủng đại diện cho quần thể vi rút cúm gia cầm
type A, subtype H5N6 tại Ba Đồn.
+ Trình tự chủng A/Dk/Vietnam/QuangBinh/BD1113/2017(H5N6) có tỷ lệ tương đồng cao với các chủng phân lập từ 2013 đến 2018 của Việt Nam, Trung Quốc,
+ Chủng phân lập được ở Ba Đồn có chứa chuỗi aminoacid RERRRKR/GLF tại các vùng phân cắt trong phân tử HA, cho thấy chủng có độc lực cao.
4.2. Kiến nghị
- Tiếp tục tổ chức lấy mẫu giám sát chủđộng, đểxác định sựlưu hành của virus cúm gia cầm và định type virus để có các biện pháp phòng, chống dịch có hiệu quả.
- Nghiên cứu còn hạn chế về mặt thời gian và kinh phí. Hướng nghiên cứu tiếp theo cần được tiếp tục giải trình tự NA cũng như phân loại subclade, đánh giá tương đồng với trình tự của các chủng dung để tạo Vắc xin. Kết hợp các phòng thí nghiệm cấp 3 để thực hiện tiêm truyền đánh giá độc lực bằng tiêu chuẩn thường quy.
- Từ kết quả nghiên cứu có thể thấy được vai trò của việc tổ chức tuyên truyền
cho người chăn nuôi thực hiện đồng bộ các biện pháp phòng, chống dịch bệnh, chú trọng đến công tác tiêm phòng vắc xin, công tác giám sát dịch bệnh, phương thức chăn nuôi, tiêu độc khửtrùng môi trường, dụng cụchăn nuôi. Tại các chợ buôn bán gia cầm sống phải có nguồn gốc rỏ ràng, có sự kiểm soát của cơ quan thú y và chính quyền địa
TÀI LIỆU KHAM KHẢO
Tài liệu tiếng Việt
[1]. Bùi Quang Anh, Văn Đăng Kỳ (2004),Bệnh Cúm gia cầm: lưu hành bệnh, chẩn
đoán và Kiểm soát dịch bệnh, Khoa học kỹ thuật thú y, 11(3), tr.63-69.
[2]. Ban chỉđạo quốc gia phòng chống Cúm gia cầm (2005), Báo cáo tổng kết công
tác 2 năm (2004 - 2005) phòng chống dịch Cúm gia cầm, Hội nghị tổng kết 2 năm phòng chống dịch cúm gia cầm, ngày 18 tháng 4 năm 2005, Hà Nội.
[3]. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (2005), Tiêu chuẩn ngành - Quy trình
chẩn đoán bệnh Cúm gia cầm.
[4]. Nguyễn Văn Cảm (2005), Hiệu quả của các biện pháp giám sát cúm gia cầm ở
Việt Nam, Khoa học kỹ thuật thú y, tr. 18.
[5]. Nguyễn Văn Cảm, Tống Hữu Tiến, Nguyễn Tùng, Nguyễn Hoàng Đăng (2011),
Kết quả công cường độc gà, vịt sau khi dùng vắc xin cúm gia cầm tái tổ hợp H5N1 chủng Re-5 của Trung Quốc, Khoa học kỹ thuật thú y , 18(3), tr.12-16. [6]. Trần Hữu Cổn, Bùi Quang Anh (2007), Bệnh Cúm gia cầm và biện pháp phòng
chống, NXB Nông Nghiệp Hà Nội.
[7]. Phan Văn Chi, Lê Thanh Hòa, Đinh Duy Kháng, Nông Văn Hải, Trương Nam
Hải, Nguyễn Thị Bích Nga, Quyền Đình Thi, Phạm Việt Cường, Lê Trần Bình (2008), Phân tích đặc tính glycosyl hóa gen kháng nguyên H5 ở các chủng virus cúm A/H5N1 vắc xin và cường độc gây bệnh. Công nghệ sinh học.
[8]. Chi cục Chăn nuôi và Thú y Quảng Bình (2014), Điều tra tình hình dịch tễ, phòng chống bệnh Cúm gia cầm năm 2004-2014.
[9]. Cục Thú y (2014), Báo cáo hội nghị phòng chống Cúm gia cầm 2014.
[10]. Nguyễn Tiến Dũng và cs (2004), Nguồn gốc virus Cúm gia cầm H5N1 tại Việt
Nam năm 2003/2004, Khoa học kỹ thuật thú y 11(3), tr 6-14.
[11]. Trần Xuân Hạnh (2004), Một vài vấn đề trong phòng chống bệnh Cúm gia cầm bằng vắc xin. Khoa học kỹ thuật thú y, 11 tr 77-84.
[12]. Lê Thanh Hòa (2006) Y-sinh học phân tử , tập 1, 29-48.
[13] Phạm Thị Huê, Bùi Ngọc Anh, Phạm Thị Nga, Nguyễn Thanh Hòa, Ngô Thị
Minh Quyền, Cấn Xuân Minh, Bùi Nghĩa Vượng (2018), Nghiên cứu đặc tính di truyền và miễn dịch của virus H5N6 phân lập tại Việt Nam". Hội nghị khoa học- Công nghệThú y năm 2018- Khoa học kỹ thuật thú y, tr 140.
[14]. Trần Hùng (2014) Khảo sát sự lưu hành virus cúm A/H5N1 trên địa bàn tỉnh Hà Tĩnh 6 tháng đầu năm 2014, Luận văn thạc sỹ Khoa học nông nghiệp, Đại học Nông lâm - Huế, tr 14.
[15]. Nguyễn Mạnh Kiên (2014), Nghiên cứu sự biến đổi di truyền các gen PB2,PB1 và PA polymerase của viurs cúm A/H5N1 đương nhiễm tại Việt Nam, Đại học Y Hà Nội
[16]. Lê Văn Năm (2004), Kết quả khảo sát các biểu hiện lâm sàng và bệnh tích đại thể bệnh Cúm gia cầm ở một sốcơ sở chăn nuôi các tỉnh phía Bắc, Khoa học kỹ
thuật thú y, 11(3), tr. 86-90,
[17]. Lê Văn Năm (2004), 100 câu hỏi và đáp quan trọng dành cho cán bộ thú y và
người chăn nuôi gà, NXB Nông Nghiệp Hà Nội.
[18]. Phạm Hồng Sơn (2013),Giáo trình vi sinh vật học thú y, . Đại học Nông lâm Huế.
[19]. Nguyễn Tùng, Nguyễn Hoàng Đăng, Ngô ThịThu Hương, Đỗ Thị Hoa, Kenjiro Inui, Nguyễn Văn Cảm, Nguyễn Bá Hiên (2011), Độc lực của virus cúm gia cầm
độc lực cao H5N1 nhánh 7 trên gia cầm”, Khoa học kỹ thuật thú y, 18(3), tr.5-
10.
[20]. Trần Quang Vui (2012), Nghiên cứu hệ gen của virus cúm A/H5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang, Đại học Nông Nghiệp Hà Nội, tr. 2.
[21]. Tô Long Thành (2005),Kinh nghiệm phòng chống Cúm gia cầm và sử dụng vắc xin Cúm gia cầm tại Trung Quố, Khoa học kỹ thuật thú y, 12(3), tr.87-90
[22]. Mary J. Pantin-Jackwood, Jenny Pfeiffer, Tô Long Thành, Nguyễn Tùng và David Suarez (2008), Độc tính của virus Cúm gia cầm thểđộc lực cao H5N1 của Việt Nam trên gà và vịt, Hội thảo quốc tế Nghiên cứu phục vụ hoạch định chính sách phòng chống Cúm gia cầm, tr. 16 - 18/6/2008, Hà Nội.
[23]. Vũ Thị Mỹ Hạnh, Tô Long Thành và cộng sự (2008), Kiểm nghiệm vacxin Cúm gia cầm H5N1 của Trung Quốc sử dụng trong giai đoạn 2006-2007, Khoa học kỹ
thuật Thú y, 15(4) , tr.25 - 32.
[24]. Cục Thú y (2014), Các văn bản hướng dẫn sử dụng vắc xin Cúm gia cầm; Báo cáo tình hình dịch Cúm gia cầm Cục Thú y tại trang web truy cập ngày 28 tháng
6 năm 2014: www.cucthuy.gov.vn/index.php?option=com_content&task
=view& id=13&Itemid=64
Tài liệu tiếng Anh
[25] Muphy. B.R and Webter R.G (1996), “Orthomyxoviruses”, Lippincott-Raven Pblishers, Philadenphia, Pa.
[26]. Audray Harris, Farhad Forouhar, Shihong Qiu, Bingdong Sha , Ming Luo (10 October 2001), The Crystal Structure of the Influenza Matrix Protein M1 at Neutral pH: M1–M1 Protein Interfaces Can Rotate in the Oligomeric Structures of M1, 289 (1), pp 33-44.
[27]. Baigent S.J., McCauley J.W. (2001), Glycosylation of haemagglutinin and stalk- length of neuraminidase combine to regulate the growth of avian influenza
[28]. Bankowski R.A. (1981), Introduction and Objectives of the Symposium. First International Symposium on Avian Influenza, 47, pp. 7-14.
[29]. Beard C.W, Brugh M, Johnson D.C (1984), Laboratory studies with the Pennsylvania avian influenza viruses (H5N2). Proceedings of the US Animal Health Association, Forth Worth, TX, USA, 88, pp. 462-473.
[30]. Beard. C. W, Brugh M., Webter R.G. (1987), Emegence of amantadine - resistant H5N1 avian influenza virus during a simulate layer flock treatment program.
Avian dis, 31, pp. 533-537.
[31]. Bosch F.X., Garten W, Klenk H.D., Rott R (1981), Proteolytic cleavage of influenza virus hemagglutinins: primary structure of the connecting peptide between HA1 and HA2 determines proteolytic cleavability and pathogenicity of Avian influenza viruses. Virology, 113 (2), pp. 725-735.
[32]. Biswas. S.K, Nayak D.P. (1996), Influenza virus polymerase basic protein 1 interacts with influenza virus polymerase basic protein 2 at multiple sites.
J.Virol, 70, pp. 6716-6722.
[33]. Collins R. A., Ko, L. S., Fung K. Y., Chan K. Y., Xing J., Lau L. T.,Yu A. C. (2003), Rapid and sensitive detection of avian influenza virus subtype H7 using NASBA. Biochem Biophys Res Commun 300(2), pp. 507-515.
[34]. Castrucci M.R., Kawaoka Y, (1993), Biologic importance of neuraminidase stalk length in influenza A virus. J Virol, pp. 759-764.
[35]. Conenello G.M., Zamarin D., Perrone L.A., Tumpey T., Palese P., (2007), A single mutation in the PB1-F2 of H5N1 (HK/97) and 1918 influenza A viruses contributes to increased virulence. PLoS Pathog, 3 (10), pp. 1414-1421.
[36]. Doherty P.C., Turner S.J., Webby R.G., Thomas P.G. (2006), Influenza and the challenge for immunology. Nature Immunology, 7 (5), pp. 449-455.
[37]. Ellis J. S., Zambon M. C. (2002), Molecular diagnosis of influenza. Rev Med Virol 12(6), pp. 375-389.
[38]. Hilleman M.R., (2002), Realities and enigmas of human viral influenza: pathogenesis, epidemiology and control. Vắc xin, 20 (25-26), pp. 3068-3087. [39]. Le Thanh Hoa, Dinh Duy Khang, Phan Văn Chi, Nong Van Hai, Truong Nam
Hai, Pham Viet Cuong, Nguyen Thi Bich Nga, Le Tran Binh (2010), The A/H5N1 influenza virus: insights os epidemiology, evolution, gennotype generation and compatibility of antigenicity - immunogenicity - vắc xin. Institute
of Biotechnology,
[40]. John W.M.C, Brian W. J (1983), Structure and function of the influenza virus genome. Division of Virology, Department ofPathology, University of Cambridge, Laboratories Block, Addenbrooke's, Hospital, Hills Road, Cambridge CB2 2QQ, UK., 211, pp. 281-294.
[41]. Kawaoka Y., (1991), Difference in receptor specificity among influenza A viruses from different species of animals. J Vet Med Sci, 53 (2), pp. 357-358. [42]. Kawaoka Y, Krauss S, Webster RG (1989), Avian-to-human transmission of the
PB1 gene of influenza A viruses in the 1957 and 1968 pandemics. J Virol, 63
(11), pp. 4603-4608.
[43]. Luo G, Palese P (1992), Genetic analysis of influenza virus. Curr Opin Genet Dev, 2 (1), pp. 77-81.
[44]. McGeoch D., Fellner P., Newton C., (1976), Influenza virus genome consists of eight distinct RNA species. Proc Natl Acad Sci U S A, 73 (9), pp. 3045-3049. [45]. Rabadan R, Levine AJ, Robins H (2006), Comparison of avian and human
influenza A viruses reveals a mutational bias on the viral genomes. J Virol, 80
(23), pp. 11887-11891.
[46]. Rafal M. Pielak, James J. Chou (2011), Influenza M2 proton channels.
Biochimica et biophysica acta, 1808 (2), pp. 522-529.
[47]. Runstadler J. A., Happ G. M., Slemons R. D., Sheng Z. M., Gundlach N., Petrula M., Senne D., Nolting J., Evers D. L., Modrell A., Huson H., Hills S., Rothe T., Marr T., Taubenberger J. K. (2007). Using RRT-PCR analysis and virus isolation to determine the prevalence of avian influenza virus infections in ducks at Minto Flats State Game Refuge, Alaska, during August 2005. Arch Virol 152(10), pp. 1901-1910.
[48]. Scholtissek C, Stech J, Krauss S, Webster RG (2002), Cooperation between the hemagglutinin of avian viruses and the matrix protein of human influenza A viruses. J Virol, 76 (4), pp. 1781-1786.
[49]. Sekellick MJ, Carra SA, Bowman A, Hopkins DA, Marcus PI (2000) "Transient resistance of influenza virus to interferon action attributed to random multiple packaging and activity of NS genes. J Interferon Cytokine Res, 20 (11), pp. 963- 970.
[50]. Suarez DL, Schultz-Cherry S (2000), Immunology of avian influenza virus: a review. Dev Comp Immunol, 24 (2-3), pp. 269-283.
[51]. Swayne D.E, Suarez D.L (2000), Highly pathogenic avian influenza. Rev Sci Tech, 19 (2), pp. 463-482.
[52]. Swayne DE, Suarez DL (2000), Highly pathogenic avian influenza. 19, pp. 463-
482.
[53]. Trifonov V, Racaniello V, Rabadan R (2009) The Contribution of the PB1-F2 Protein to the Fitness of Influenza A Viruses and its Recent Evolution in the 2009 Influenza A (H1N1) Pandemic Virus.
[54]. Very M, Orlich M, Adler S, Klenk HD, Rott R, Garten W (1992), Hemagglutinin activation of pathogenic avian influenza viruses of serotype H7 requires the
[55]. Wagner R, Matrosovich M, Klenk HD (2002), Functional balance between haemagglutinin and neuraminidase in influenza virus infections. Rev Med Virol, 12 (3), pp. 159-166.
[56]. Webster RG (1998), Influenza: an emerging disease. Emerg Infect Dis, 4 (3), pp. 436-441.
[57]. Wu WL, Chen Y, Wang P, Song W, Lau SY, Rayner JM, Smith GJ, Webster RG, Peiris JS, Lin T, Xia N, Guan Y, Chen H (2008), Antigenic profile of avian H5N1 viruses in Asia from 2002 to 2007. J Virol., 82 (4), pp. 1798-1807.
WEB PAGE
[58]. http://www.fao.org/Avian influenza,
http://www.fao.org/avianflu/en/qanda.html,
[59]. https://www.britannica.com/science/myxovirus (April 03, 2009) Myxovirus, Encyclopædia Britannica, inc,
PHỤ LỤC
PHIẾU THU THẬP THÔNG TIN DỊCH CÚM GIA CẦM THÔNG TIN CHUNG
Họ và tên chủ hộchăn nuôi SĐT:
Địa chỉ Huyện Xã Thôn
Họtên người điều tra SĐT:
Đơn vị công tác
Tọa độ GPS X: Y:
1. Sốlượng của từng loại gia cầm hiện có ở gia đình
Loại gà Sốlượng Loại vịt/ngan Sốlượng
Gà con Vịt /ngan con
Gà nuôi thịt Vịt/ngan nuôi thịt
Gà sinh sản Vịt/ngan sinh sản
2. Phương thức chăn nuôi
Chăn nuôi nhỏ lẻ, thảvườn Ngan, vịt thảđồng
Chăn nuôi bán công nghiệp Ngan, vịt nuôi nhốt
Chăn nuôi công nghiệp
3. Chăn nuôi chung với lợn, chó Có Không
4. Thức ăn chăn nuôi Có Không
Thức ăn công nghiệp Thức ăn tự chế
Thức ăn bán công nghiệp Gia cầm tự kiếm ăn
5. Bổ sung kháng sinh vào thức ăn, nước uống
KOLERIDIN COLIQUIN TYLANVET
ENROVE DOXICIP AMPICOL GENTADOX
6. Nguồn nước uống
Nước máy Nước giếng Nước mưa
Nước ao, hồ Sông suối
7.Nguồn con giống
8.Địa điểm chăn nuôi
A. Gần khu dân cư 10m- 50m 500m 1km >1km
B. Gần đường quốc lộ 10m- 50m 500m 1km >1km
C. Gần chợ buôn bán gia cầm sống 10m- 50m 500m 1km >1km
D. Gần địa điểm giết mổ 10m- 50m 500m 1km >1km
E. Gần ao, hồ, kênh, mương 10m- 50m 500m 1km >1km
F. Gần trang trại hàng xóm 10m- 50m 500m 1km >1km
Vệ sinh chuồng trại
Hàng ngày 2-3 lần/tuần Hàng tuần Hàng tháng
9.Vệ sinh dụng cụ, máng ăn uống cho gia cầm
Hàng ngày 2-3 lần/tuần Hàng tuần Hàng tháng
10. Khử trùng, tiêu độc
2 lần/tuần Hàng tuần Hàng tháng Ba 3tháng/lần Sáu tháng/lần
11. Xử lý chất thải chăn nuôi
Ủ Bio gas Sử dụng chế phẩm SH
Xử lý bằng các chất hóa học Xả thẳng ra môi trường
12. Gia cầm chăn nuôi thường xuyên tiếp xúc với chim trời Có Không
Nói rõ loài chim trời:………..
13. Người, xe cộ ra vào trang trại có được khử trùng không? Có Không
14. Nuôi nhốt chung nhiều lứa tuổi gà trong cùng chuồng nuôi Có Không
15. Giết mổ gia cầm ngay trong khu vực chăn nuôi Có Không
16. Trước khi nhập đàn mới vềcó để trống chuồng nuôi 14 ngày Có Không
17. Khu vực chứa thức ăn cho gia cầm mối, chuột, bọ dễ dàng xâm nhập Có Không
18. Sử dụng đệm lót ẩm ướt Có Không
19.Các loại vắc xin đã tiêm Có Không
Tên bệnh Nhược độc Vô hoạt Tên bệnh Nhược độc Vô hoạt Tên bệnh Nhược độc Vô hoạt
1. Cúm gia cầm 4. Tụ huyết trùng 7. Gumboro
2. Newcastle 5. Hội chứng giảm đẻ 8. Đậu gà