2. Mục tiêu nghiên cứu
3.3.4. Kết quả phân tích đa dạng di truyền, xác định mối quan hệ di truyền giữa
mẫu Sói rừng nghiên cứu
Số liệu thu được ở bảng 3.10 cho thấy có sự tương đồng khá cao giữa 15 trình tự của 15 mẫu Sói rừng nghiên cứu. Hệ số tương đồng về trình tự nucleotide cao nhất là 99,86% (giữa cặp mẫu SR1 - SR3 và SR13 - SR14). Hệ số tương đồng về trình tự nucleotide thấp nhất là 62,60% (giữa cặp mẫu SR1 - SR10 và SR6 - SR10). Kết quả so sánh sự tương đồng di truyền giữa 2 mẫu tham chiếu MH270480.1 Chloranthus erectus và KP317601.1 Sarcandra glabra với 15 mẫu nghiên cứu cho thấy: 15 mẫu Sói rừng có hệ số tương đồng về trình tự nucleotide với mẫu tham chiếu Chloranthus erectus dao động từ 59,21% (mẫu SR11 và Chloranthus erectus) đến 90,82% (mẫu SR2, SR3 và Chloranthus erectus). 15 mẫu Sói rừng có hệ số tương đồng về trình tự nucleotide với mẫu tham chiếu Sarcandra glabra dao động từ 66,17% (mẫu SR10 và Sarcandra glabra) đến 99,46% (mẫu SR8; SR9 và Sarcandra glabra).
44
Bảng 3.10: Hệ số tương đồng di truyền giữa 15 mẫu Sói rừng nghiên cứu và 2 mẫu tham chiếu
Hình 3.8. Cây phát sinh chủng loại của 15 mẫu Sói rừng nghiên cứu với mẫu tham chiếu MH270480.1 Chloranthus erectus và KP317601.1 Sarcandra glabra
Cây phát sinh loài được xây dựng dựa vào phần mềm Mega 6.0 theo phương pháp Maximum likelihood, kết quả từ 15 mẫu Sói rừng nghiên cứu được phân làm 3 nhóm chính:
Nhóm thứ I: bao gồm 3 mẫu Sói rừng là SR10, SR11 và SR12) có hệ số tương đồng về trình tự nucleotide dao động từ 95,64% (SR11 và SR12) đến 98,04% (SR10 và SR12). Hệ số tương đồng về trình tự nucleotide giữa các mẫu nghiên cứu trong
45
hơn mẫu tham chiếu Chloranthus erectus (dao động từ 59,21% đến 60,28%).
Nhóm thứ II: gồm 7 mẫu giống là SR7, SR8, SR9, SR13, SR14, SR15 và SR5. Các mẫu trong nhóm này có hệ số tương đồng về trình tự nucleotide dao động từ 94,32% (giữa mẫu SR7 - SR9 và SR9 - SR14) đến 99,86% (giữa mẫu SR13 và SR14). Hệ số tương đồng về trình tự nucleotide giữa các mẫu nghiên cứu trong nhóm này với mẫu tham chiếu Sarcandra glabra (dao động từ 91,66% đến 95,39%) cao hơn mẫu tham chiếu Chloranthus erectus (dao động từ 72,92% đến 77,16%).
Nhóm thứ III: gồm 5 mẫu giống là SR1, SR2, SR3, SR4 và SR6 có hệ số tương đồng về trình tự nucleotide dao động từ 98,36% (giữa mẫu SR2 và SR4) đến 99,86% (giữa mẫu SR1 và SR3). Hệ số tương đồng về trình tự nucleotide giữa các mẫu nghiên cứu trong nhóm này với mẫu tham chiếu Chloranthus erectus (dao động từ 90,15% đến 90,82%) cao hơn mẫu tham chiếu Sarcandra glabra (dao động từ 86,12% đến 87,31%).
Kết quả thu được ở hình 3.8 cũng phù hợp với các kết quả so sánh trình tự các nucleotid vùng gen lục lạp của 15 mẫu Sói rừng khi phân tích sắp cột thẳng hàng (alignments) trình tự DNA vùng gen được giải mã cùng với trình tự tham chiếu đã được công bố trên GenBank. Như vậy dựa vào trình tự nucleotide nhân với marker
ITS4/ITS5 thu được 7 mẫu giống SR7, SR8, SR9, SR13, SR14, SR15 và SR5 tương đồng cao về trình tự nucleotide với mẫu tham chiếu Sarcandra glabra (dao động từ 91,66% đến 95,39%). 5 mẫu giống là SR1, SR2, SR3, SR4 và SR6 tương đồng cao về trình tự nucleotide với mẫu tham chiếu Chloranthus erectus (dao động từ 90,15% đến 90,82%).