Kiểm tra thuế là một trong những chức năng quan trọng của cơ quan thuế và luôn được quy định trong các Luật Thuế. Đặc biệt, khi thực hiện mô hình quản lý thuế theo chức năng thì chức năng kiểm tra lại càng đóng vai trò quan trọng. Để đảm bảo cho cơ chế tự khai, tự nộp thuế hoạt động hiệu quả, chức năng thanh tra, kiểm tra cần phải được tăng cường. Trong đó, mục tiêu của công tác kiểm tra không chỉ nhằm phát hiện các hành vi gian lận thuế, mà còn nhằm đánh giá ý thức tự giác chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế.
Lãnh đạo chi cục thuế cần thực hiện công tác chỉ đạo điều hành phải thường xuyên, sát sao và gắn với việc giám sát hoạt động thanh tra, kiểm tra. coi trọng công tác xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế và triển khai phân tích sâu các dấu hiệu rủi ro tại trụ sở cơ quan thuế. tăng cường, chủ động phối hợp với các cơ quan điều tra. Việc làm này cần được thực hiện từ trước khi ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra cho tới khi kết thúc, lưu hồ sơ, nhập báo cáo kết quả thực hiện và đôn đốc thu nộp sau thanh tra, kiểm tra thông qua hệ thống các biểu mẫu được chuẩn hóa.
Tham khảo giải pháp tăng cường công tác thanh kiểm tra tại một số đơn vị có thành tích cao, để công tác thanh tra, kiểm tra thuế đạt hiệu quả, đơn vị cần linh động bằng cách bố trí số cán bộ phù hợp để thanh tra doanh nghiệp, đảm bảo đủ người, số cán bộ bình quân đủ nhưng lại thanh tra được nhiều đối tượng, khối lượng công việc vẫn đạt hiệu quả cao. Chẳng hạn, đối với những doanh nghiệp nhỏ, doanh nghiệp vừa, có hồ sơ chứng từ ít bố trí 2 người/đoàn; với doanh nghiệp lớn có hồ sơ chứng từ, hóa đơn nhiều và mang tính phức tạp thì bố trí 3 người/đoàn.
Tiến hành phân tích dữ liệu chéo, đối chiếu chéo từ khai thuế GTGT để phát hiện các hóa đơn bất hợp pháp, từ đó truy thu số tiền thuế thất thoát. Để thực hiện tốt được công tác này, lãnh đạo chi cục thuế cần phân công công việc
hợp lý, để vừa đảm bảo quân số nhưng khối lượng công việc vẫn được hoàn thành. Bên cạnh đó, ngành Thuế cần đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin vào phân tích hồ sơ, dữ liệu khai thuế của người nộp thuế để xác định nội dung, phạm vi, đối tượng rủi ro cao để tập trung thanh tra, kiểm tra chống thất thu.
Cuối cùng, tăng cường đào tạo, bồi dưỡng cán bộ thanh tra, kiểm tra. Xác định con người là yếu tố quan trọng quyết định đến chất lượng của công tác quản lý thuế nói chung và các tác thanh tra, kiểm tra thuế nói riêng, do vậy việc nâng cao kỹ năng thanh tra, kiểm tra thuế, văn hóa công sở và cập nhật các kiến thức, nghiệp vụ, cơ chế chính sách mới cần phải tiến hành thương xuyên thực hiện.