Kiến nghị về cơ chế chính sách: Cần phải xây dựng hệ thống chính sách thuế chặt chẽ, dễ hiểu, dễ thực hiện. Muốn vậy đòi hỏi các cơ quan xây dựng chính sách phải có quá trình nghiên cứu căn cơ, kỹ lưỡng, đảm bảo ban hành văn bản phù hợp với điều kiện thực tiễn.
Năm 2021 là năm có đến 11 bộ luật, sắc luật có hiệu lực thực thi hành, trong đó có nhiều luật, bộ luật liên quan đến công tác quản lý thuế như: Bộ luật Lao động, luật Doanh nghiệp, luật Đầu tư, luật Xây dựng, luật Chứng khoán, luật Giám định tư pháp sửa đoi.... Đây là những Bộ luật, sắc luật cần phải đồng bộ, thống nhất với luật Quản lý thuế và các sắc luật thuế về nội dung và ngược
lại luật Quản lý thuế có hiệu lực 1/7/2020 cũng phải đồng bộ, thống nhất với các luật. Do đó, kiến nghị Cục Thuế tong hợp các vướng mắc và kiến nghị với Tong cục Thuế, Bộ Tài chính sớm trình Chính phủ ban hành hướng dẫn chi tiết thi hành để các bộ luật, sắc luật phát huy hiệu quả trong đời sống pháp luật.
Để có cơ sở tính thuế GTGT thì phải nắm được thông tin của NNT, phải xác thực được việc kê khai thuế. Với đất nước có hơn 80% giao dịch bằng tiền mặt như Việt Nam hiện nay thì quản lý thuế GTGT là việc rất khó khăn. Do vậy, Nhà nước mà đại diện là Ngân hàng Nhà nước cần phải ban hành các quy định về chuyển đổi các hình thức thanh toán từ tiền mặt sang hệ thống tín dụng, ngân hàng điện tử.
Để đảm bảo quản lý tốt thuế GTGT thì việc ứng dụng công nghệ thông tin vào các khâu quản lý là rất quan trọng. Do vậy, cần phải đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin tại các cơ quan quản lý nhà nước, hoàn thiện kết nối, trao đổi, cung cấp thông tin phục vụ cho công tác quản lý thuế. Kiến nghị các bộ ban ngành có liên quan thường xuyên đầu tư, nâng cấp các thiết bị phục vụ cho ứng dụng công nghệ thông tin vào quản lý, để công tác quản lý không bị gián đoạn.
Hoàn thiện đầu tư xây dựng trung tâm, xử lý dữ liệu tập trung của ngành thuế, qua đó hoàn thiện cơ sở dữ liệu về thông tin người nộp thuế để phục vụ công tác quản lý thuế GTGT.
Cần phải hoàn thiện phối hợp giữa cơ quan thuế với các cơ quan chức năng của các ngành, các lĩnh vực có liên quan, trong đó, phải đề cao vai trò và tham quyền của cơ quan thuế trong việc giám sát, kiểm tra thuế, xử lý vi phạm và cưỡng chế thuế. Với đặc trưng của thuế GTGT trước hết phải nói đến sự phối hợp giữa cơ quan thuế với với Ngân hàng, với Kho bạc Nhà nước.