Các vụ việc do cơ quan tiến hành tố tụng ngoài Quân đội chuyển vào còn nhiều quan điểm áp dụng pháp luật về cách tính thời hạn giải quyết; có quan điểm cho rằng tính từ thời điểm cơ quan tiến hành tố tụng ngoài Quân đội tiếp nhận, giải quyết, nhưng cũng có quan điểm tính từ thời điểm cơ quan tiến hành tố tụng trong Quân đội tiếp nhận, giải quyết theo thẩm quyền. Điều 147 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 quy định thời hạn 20 ngày kể từ ngày nhận được tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố. Bên cạnh đó, Điều 9 Thông tư liên tịch số 01/2017 quy định thời hạn 03 ngày kể từ ngày nhận được tố giác, tin báo, kiến nghị khởi tố thuộc thẩm quyền giải quyết thì Thủ trưởng Cơ quan điều tra tổ chức chỉ đạo, phân công giải quyết. Điều 11 Thông tư liên tịch số 01/2017 quy định thời hạn giải quyết trong 20 ngày kể từ ngày cơ quan có thẩm quyền nhận được tố giác, tin báo, kiến nghị khởi tố. Như vậy, Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 không quy định rõ 20 ngày kể từ ngày cơ quan có thẩm quyền nhận được tin báo, tố giác. Nếu hiểu theo tinh thần quy định tại Điều 11 Thông tư liên tịch số 01/2017 thì thời hạn được tính từ ngày cơ quan có thẩm quyền nhận được tố giác, tin báo, kiến nghị khởi tố. Do đó, có thể vận dụng thời hạn giải quyết tính từ ngày Cơ quan điều tra Quân đội có thẩm quyền giải quyết nhận được tin báo, tố giác từ Cơ quan điều tra khác. Tuy nhiên theo quan điểm của tác giả, cần phải hiểu cách tính thời hạn từ ngày cơ quan đầu tiên tiếp nhận tố giác, tin báo, kiến nghị khởi tố để tránh trường hợp các cơ quan tiến hành tố tụng cố tình hoặc vì lý do nào đó không nhanh chóng xác định thẩm quyền chuyển theo quy định.
Vì vậy, theo tác giả nên sửa đổi Điều 11 Thông tư liên tịch số 01/2017 theo hướng như sau: thời hạn được tính từ ngày cơ quan ban đầu nhận được tố giác, tin báo, kiến nghị khởi tố.
Về căn cứ tạm định chỉ theo quy định tại điểm b khoản 1 Điều 148 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015: “Đã yêu cầu cơ quan, tổ chức, cá nhân cung cấp tài liệu, đồ vật quan trọng có ý nghĩa quyết định đối với việc khởi tố hoặc
không khởi tố vụ án nhưng chưa có kết quả”, quy định này mang tính định
tính, tùy nghi, dẫn đến không thống nhất quan điểm áp dụng pháp luật giữa các cơ quan tiến hành tố tụng và các người tiến hành tố tụng khác nhau. Vì vậy, kiến nghị các cơ quan liên ngành trung ương thống nhất hướng dẫn cụ thể về nội hàm của quy định trên, theo quan điểm của tác giả nên hướng dẫn rõ nội dung vấn đề đối tượng tình nghi, người bị tố giác không có mặt tại địa phương không phải là nội hàm của quy định căn cứ tạm đình chỉ.
Đối với điểm c khoản 3 Điều 145 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 quy định trường hợp Viện kiểm sát trực tiếp giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố nếu cần phải khám nghiệm hiện trường, khám nghiệm tử thi, Kiểm sát viên chủ trì khám nghiệm thì không đúng theo quy định tại Điều 201, 202 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015. Vì vậy, kiến nghị sửa đổi, bổ sung điểm c khoản 3 Điều 145 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 theo hướng quy định như sau: “… Trong trường hợp này, Kiểm sát viên được phân công có thẩm quyền như Điều tra viên tiến hành các hoạt động điều tra, xác minh theo quy định của pháp luật.”
Đối với khoản 1 Điều 148 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 nêu rõ khi hết thời hạn quy định tại Điều 147 của Bộ luật này, cơ quan có thẩm quyền giải quyết quyết định tạm đình chỉ việc giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố khi thuộc trong các trường hợp quy định. Như vậy, trong trường hợp Viện kiểm sát trực tiếp giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố nếu có đủ căn cứ theo quy định trên thì có thẩm quyền ra Quyết định tạm đình chỉ. Trong khi đó, khoản 1 Điều 149 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 quy định khi lý do tạm đình chỉ việc giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố không còn, Cơ quan điều tra, Cơ quan
được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra ra Quyết định phục hồi. Theo đó, không quy định Viện kiểm sát có thẩm quyền ra Quyết định phục hồi giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố do Viện kiểm sát ra Quyết định tạm đình chỉ là thiếu sót của Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015. Vì vậy, kiến nghị sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 149 Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015 theo hướng quy định như sau: “Khi lý do tạm đình chỉ việc giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố không còn thì cơ quan ra Quyết định tạm đình chỉ việc giải quyết có thẩm quyền ra Quyết định phục hồi…”