Đối với việc tổ chức bộ máy được sắp xếp, kiện toàn và ổn định là tiền đề để hai cấp Viện kiểm sát quân sự thuộc Quân khu 7 triển khai hiệu quả các hoạt động chức năng, nhiệm vụ đáp ứng đúng mục tiêu, yêu cầu của chiến lược cải cách tư pháp theo tinh thần các Nghị quyết của Đảng. Do đó để bảo đảm thực hiện và nâng cao chất lượng các mặt công tác thuộc chức năng, nhiệm vụ của Viện kiểm sát quân sự nói chung, công tác kiểm sát việc tiếp nhận, giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố nói riêng, đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ trong tình hình mới, thì vấn đề có ý nghĩa quan trọng, mang tính quyết định là phải quan tâm kiện toàn tổ chức bộ máy, sử dụng cán bộ đạt hiệu quả cao.
Kiện toàn, đổi mới tổ chức bộ máy phải gắn với thực tiễn yêu cầu nhiệm vụ trong tình hình mới, gắn với đặc điểm tình hình, tính chất, khối lượng giải quyết công việc của từng Ban nghiệp vụ, từng Viện kiểm sát quân sự Khu vực, đặc biệt chú trọng thực hiện nghiêm quan điểm chỉ đạo của Đảng về cải cách tư pháp bảo đảm kiện toàn, đổi mới phải trên hướng xây dựng và phát triển khách quan, toàn diện, đúng lộ trình, không nóng vội hoặc bảo thủ trong quá trình kiện toàn, tổ chức bộ máy.
Vấn đề quan trọng góp phần vào thành công cải cách tư pháp, đó là công tác tổ chức cán bộ. Do đó, phải đặc biệt coi trọng xây dựng đội ngũ cán bộ kiểm sát, bảo đảm đủ về số lượng biên chế, đáp ứng yêu cầu về chất lượng. Tập trung thực hiện tốt công tác tuyển chọn, tuyển dụng cán bộ vào Ngành, phải bám sát chỉ tiêu, biên chế của Bộ Quốc phòng, yêu cầu thực hiện chức năng, nhiệm vụ của Viện kiểm sát quân sự, cần coi trọng tiêu chí, tiêu chuẩn đối với người được tuyển chọn, tuyển dụng. Chủ động, kịp thời tham mưu, đề xuất Ban Thường vụ Đảng ủy, Thủ trưởng Cục Chính trị Quân khu và Ban Thường vụ Đảng ủy, Thủ trưởng Bộ Tư lệnh Quân khu quan tâm điều động sĩ quan về công tác trong các Viện kiểm sát quân sự thuộc Quân khu có đủ tiêu chí, tiêu chuẩn theo quy định của ngành Kiểm sát nhân dân và có cấp bậc quân hàm thấp, phù hợp vị trí công tác để tránh tình trạng sĩ quan bị dừng quân hàm vì chưa đủ thời gian công tác theo luật định nên chưa được thi tuyển, bổ nhiệm chức danh Kiểm sát viên các cấp theo quy định về trần quân hàm cao nhất cho từng chức danh.
Việc sử dụng cán bộ phải bảo đảm thực hiện đúng quy trình, quy hoạch, bồi dưỡng, đánh giá, đề bạt, điều động, luân chuyển, bố trí, bổ nhiệm, phù hợp với chức vụ, chức danh cần quy hoạch, sở trường công tác của từng cán bộ; quá trình quy hoạch phải bảo đảm có tính kế thừa, có lớp kế cận, kế tiếp và lâu dài, cân bằng giữa số lượng đầu vào và số lượng đầu ra (nghỉ hưu, chuyển ngành, xuất ngũ...), tránh tình trạng thiếu hụt về cán bộ, thiếu hụt nguồn quy hoạch, bố trí, bổ nhiệm các chức vụ quản lý, chỉ huy, chức danh tư pháp giữa hai cấp Viện kiểm sát quân sự. Bảo đảm cán bộ phải được rèn luyện qua nhiều môi trường công việc, có bản lĩnh chính trị vững vàng, trình độ chuyên môn cao, kỹ năng nghiệp vụ thuần thục... đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ, đấu tranh phòng, chống vi phạm pháp luật, tội phạm trong tình hình mới.
Chú trọng xây dựng đội ngũ cán bộ Kiểm sát có bản lĩnh chính trị vững vàng, có lối sống trong sạch lành mạnh; dũng cảm và kiên quyết đấu tranh
bảo vệ công lý, bảo vệ pháp chế xã hội chủ nghĩa, xây dựng Quân đội, lực lượng vũ trang Quân khu 7 trong sạch, vững mạnh. Có tinh thần trách nhiệm cao trước chức trách, nhiệm vụ được giao; có năng lực trình độ và có kỹ năng thực hiện chuyên môn nghiệp vụ; có trí tuệ, đạo đức nghề nghiệp và luôn đề cao trách nhiệm bản thân. Xây dựng đội ngũ cán bộ Kiểm sát quân sự theo 5 đức tính mà Bác Hồ đã dạy: “Công minh, chính trực, khách quan, thận trọng, khiêm tốn”.
Ngoài ra, Ban chấp hành trung ương Đảng kịp thời quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo đường lối, chủ trương để Quốc hội, Chính phủ, Viện kiểm sát nhân dân tối cao, Bộ Quốc phòng quan tâm đến chính sách đãi ngộ về phụ cấp đặc thù chức danh tư pháp tương xứng cho đội ngũ cán bộ Điều tra, Điều tra viên, Kiểm tra viên, Kiểm sát viên, Thư ký Tòa án, Thẩm tra viên, Thẩm phán, Chấp hành viên các cấp trong Quân đội tương đối ngang bằng với các chức danh tư pháp của Bộ Công an, Viện kiểm sát nhân dân, Tòa án nhân dân và Thi hành án. Bởi vì tính chất đặc thù nghề nghiệp của các cơ quan tư pháp trong và ngoài Quân đội đều như nhau. Còn đối với góc độ đặc thù Quân đội, Công an có thang bảng lương riêng, cao hơn là do tính chất, cường độ hoạt động đặc biệt; song song đó, các cơ quan tư pháp trong Quân đội vẫn phải thực hiện, chấp hành nhiệm vụ quân sự quốc phòng, huấn luyện, sẵn sàng chiến đấu, thực hiện các nhiệm vụ khác ngoài công tác chuyên môn nghiệp vụ theo quy định của pháp luật… với tính chất, cường độ hoạt động đặc biệt của Quân đội.