Theo Điều 8 Nghị định 87/2009/NĐ-CP, Bộ Giao thông vận tải thu hồi Giấy phép kinh doanh vận tải đa phương thức trong trường hợp chủ thể kinh doanh dịch vụ vận tải đa phương thức quốc tế vi phạm điều kiện kinh doanh vận tải đa phương thức và các trường hợp khác theo quy định của pháp luật.
Theo Điều 5 Nghị định 87/2009/NĐ-CP, các điều kiện kinh doanh đối với doanh nghiệp, hợp tác xã Việt Nam, doanh nghiệp nước ngoài đầu tư tại Việt Nam bao gồm: bảo hiểm trách nhiệm nghề nghiệp và duy trì tải sản tối thiểu tương đương 80.000SDR hoặc bảo lãnh tương đương. Như vậy, nếu các chủ thể kinh doanh thuộc nhóm trên không có bảo hiểm trách nhiệm nghề nghiệp và không có bảo lãnh tương đương hoặc không hoàn thành nghĩa vụ duy trì tài sản tối thiểu và không có bảo lãnh tương đương thì sẽ bị thu hồi Giấy phép kinh doanh.
Trong khi đó, đối với doanh nghiệp của quốc gia là thành viên Hiệp định khung ASEAN hoặc doanh nghiệp của quốc gia có ký kết Điều ước quốc tế về vận tải đa phương thức với Việt Nam, ngoài hai trường hợp kể trên, chủ thể kinh doanh thuộc nhóm này sẽ bị thu hồi Giấy phép kinh doanh nếu không có Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh vận tải đa phương thức quốc tế hoặc giấy tờ tương đương do cơ quan có thẩm quyền của nước đó cấp.
Ngoài việc vi phạm các điều kiện quy định tại Điều 5 Nghị định 87/2009/NĐ- CP, chủ thể kinh doanh dịch vụ vận tải đa phương thức vẫn có thể bị thu hồi Giấy phép kinh doanh vận tải đa phương thức trong những trường hợp khác do pháp luật quy định. Tuy nhiên, cho đến nay, chưa có văn bản nào hướng dẫn cụ thể, chi tiết điều luật này.
2.1.3. Các quy định về thẩm quyền của cơ quan cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh dịch vụ vận tải đa phương thức; Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh