Xác định một số SNP không có vị trí cắt enzym giới hạn

3.2.3.1. SNPs không có vị trí cắt enzym giới hạn P34P (CCC → CCA), P36P (CCG

→CCT), P47S (CCG → CTG)

 Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại exon 4 gen TP53

Do các codon 34, 36, 47 đều nằm trên exon 4 nên chúng tôi tiến hành khuếch đại exon 4 để giải trình tự toàn bộ exon 4. Sản phẩm PCR khuếch đại exon 4 gen TP53 được điện di trên gel agarose 1.5%.

511bp

Hình 3.8: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR exon 4 gen TP53 mang SNP: P34P, P36P, P47S

M: Thang chuẩn 100bp, (-): Chứng âm,

Nhận xét:

Hình 3.8 cho thấy: sản phẩm PCR của exon 4 gen TP53 chỉ gồm một băng duy nhất, rõ nét, không có các băng phụ, kích thước 511bp so trên thang DNA chuẩn.

 Hình ảnh kết quả giải trình tự exon 4 xác định kiểu gen của các SNPs tại các vị trí codon 34, 36, 47.

Hình 3.9: Hình ảnh kết quả giải trình tự exon 4 gen TP53

mang SNP: P34P, P36P, P47S tương ứng với các kiểu gen C/C, G/G, C/C.

Nhận xét:

Hình 3.9 cho thấy:

- Sản phẩm giải trình tự rõ nét, các đỉnh màu tương ứng với các nucleotid rõ ràng và không có tín hiệu nhiễu. Khi so sánh với trình tự gen TP53

trên GeneBank cho thấy các tại các codon này không có sự thay thế nucleotid của các bộ 3 mã hóa.

- Kết quả tương tự khi phân tích ở nhóm ung thư phổi và nhóm chứng.  Tỷ lệ kiểu gen của một số SNP không có vị trí cắt enzym giới hạn 34

Bảng 3.9: Tỷ lệ kiểu gen của một số SNP không có vị trí cắt enzym giới hạn P34P (CCC → CCA), P36P (CCG → CCT), P47S (CCG → CTG) Kiểu gen Nhóm bệnh Nhóm chứng n % n % P34P(C/C) 220 100 230 100 P36P (G/G) 220 100 230 100 P47S (C/C) 220 100 230 100 Nhận xét:

Tất cả các mẫu nghiên cứu đều mang cùng một kiểu gen tại các vị trí codon 34, 36 và 47 của gen TP53.

3.2.3.2. SNP G360A gen TP53

 Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại exon 10 mang SNP G360A gen

TP53.

Đoạn gen chứa SNP G360A được khuếch đại bằng phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu, sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 1%.

433bp

Hình 3.10: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR exon 10 gen TP53 chứa SNP G360A trên gel agarose 1,5%

M: thang chuẩn 100bp (-): chứng âm.

Mẫu K157÷K161, C102÷C105: Exon 10 gen TP53 được khuếch đại.

Nhận xét:

Sản phẩm PCR của exon 10 gen TP53 chỉ gồm một băng duy nhất, rõ nét, không có các băng phụ, kích thước 433bp so trên thang DNA chuẩn. Như

vậy, sản phẩm PCR thu được là đặc hiệu, đảm bảo cho kỹ thuật giải trình tự gen tiếp theo để xác định tính đa hình codon 360 trên gen TP53.

 Hình ảnh kết quả giải trình tự exon 10 xác định SNP G360A gen TP53

Hình 3.11: Kết quả giải trình tự exon 10 xác định kiểu gen tại SNP G360A gen TP53

Nhận xét:

- Hình 3.11 cho thấy: Sản phẩm giải trình tự rõ nét, các đỉnh màu tương ứng với các nucleotid rõ ràng và không có tín hiệu nhiễu. Khi so sánh với trình tự gen TP53 trên GeneBank cho thấy các tại codon này không có sự thay thế nucleotid G thành C ở vị trí nucleotid thứ 2 của bộ 3 mã hóa.

- Kết quả tương tự khi phân tích ở nhóm ung thư phổi và nhóm chứng.  Tỷ lệ các kiểu gen tại SNP G360A gen TP53(GGGGCG)

Bảng 3.10: Tần số các kiểu gen tại codon 360 gen TP53 Kiểu gen Nhóm bệnh (n=220) Nhóm chứng (n=230) n % n % Alen G 440 100 460 100 Alen C 0 0 0 0 GG 220 100 230 100 GC 0 0 0 0 CC 0 0 0 0

Nhận xét: Tất cả các mẫu nghiên cứu đều mang cùng 1 kiểu gen GG.

3.2.3.3. Đa hình kiểu gen tại SNP V217M (GTG → ATG)

 Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại exon 6 mang SNP V217M gen

TP53

Đoạn gen chứa SNP V217M được khuếch đại bằng phản ứng PCR với cặp mồi đặc hiệu, sản phẩm PCR được điện di trên gel agarose 1,5%.

181 bp

Hình 3.12: Hình ảnh điện di sản phẩm PCR exon 6 gen TP53 chứa SNP V217M trên gel agarose 2%

M: thang chuẩn 100bp; (-): chứng âm

Mẫu K22÷K26, C10÷C14: Exon 6 gen TP53 được khuếch đại

Nhận xét:

Sản phẩm PCR của exon 6 gen TP53 chỉ gồm một băng duy nhất, rõ nét, không có các băng phụ, kích thước 181bp so trên thang DNA chuẩn. Như vậy, sản phẩm PCR thu được là đặc hiệu, đảm bảo cho kỹ thuật giải trình tự gen tiếp theo để xác định tính đa hình codon 217 trên gen TP53.

 Hình ảnh kết quả giải trình tự exon 6 xác định SNP V217M gen TP53

Hình 3.13: Kết quả giải trình tự exon 6 xác định kiểu gen tại SNP V217M gen TP53

Nhận xét:

Hình 3.13 cho thấy:

- Sản phẩm giải trình tự rõ nét, các đỉnh màu tương ứng với các nucleotid rõ ràng và không có tín hiệu nhiễu. Khi so sánh với trình tự gen TP53

trên GeneBank cho thấy các tại codon này không có sự thay thế nucleotid G thành A ở vị trí nucleotid thứ nhất của bộ 3 mã hóa.

- Kết quả tương tự khi phân tích ở nhóm ung thư phổi và nhóm chứng.

 Tỷ lệ các kiểu gen tại SNP V217M gen TP53 (GTGATG)

Bảng 3.11: Tỷ lệ các kiểu gen tại codon 217 gen TP53

Kiểu gen Nhóm bệnh (n=220) Nhóm chứng (n=230) n % n % Alen G 440 100 460 100 Alen A 0 0 0 0 GG 220 100 230 100 GA 0 0 0 0 AA 0 0 0 0