Hiệu lực, hiệu quả quản lý nhà nước còn hạn chế, tổ chức thực thi các quy định của pháp luật của nhà nước chưa nghiêm. Sự tham gia của người dùng nước trong quản lý còn ít. Phương thức quản lý nước vẫn theo phương thức truyền thống, nghĩa là theo chiều từ trên xuống là chủ yếu, việc chuyển đổi sang phương thức của quản lý tổng hợp tài nguyên nước nói chung còn rất chậm, có nơi gần như chưa có dấu hiệu chuyển biến gì so với trước.
Hoạt động xã hội hóa về môi trường, tài nguyên nước chỉ mới ở mức thí điểm, chưa có kế hoạch lâu dài, đồng bộ để phát triển, nhân rộng. Các dịch vụ môi trường đầu tư cho
công tác bảo vệ môi trường hầu hết vẫn sử dụng ngân sách nhà nước. Một số cơ chế chính sách chưa được ban hành kịp thời, đồng bộ, còn chưa phát huy hiệu quả
Đội ngũ cán bộ chuyên môn ở cơ sở còn thiếu, đặc biệt cán bộ chuyên trách về công tác tài nguyên nước, năng lực chuyên môn chưa đáp ứng được yêu cầu công tác. Nhiều cơ sở sản xuất kinh doanh, dịch vụ chưa có ý thức chấp hành luật tài nguyên nước, luật bảo vệ môi trường, không đầu tư xây dựng các công trình xử lý ô nhiễm mặc dù đã được các cơ quan chuyên môn hướn dẫn kiêm tra, thanh tra xử lý vi phạm. Ý thức chấp hành luật bảo vệ môi trường của người dân còn hạn chế
Trong một số lĩnh vực quản lý của ngành đã phân cấp cho các huyện, thành phố thực hiện nhưng việc kiểm tra, đôn đốc chưa đạt được thường xuyên, kịp thời. Một số sở, ngành, UBND cấp huyện chưa còn quan tâm đúng mức đến công tác bảo vệ tài nguyên nước, bảo vệ môi trường, một số chương trình, dự án thực hiện còn chậm, sự phối hợp đồng bộ giữa các cấp chưa chặt chẽ, phân công phân cấp trong lĩnh vực quản lý tài nguyên nước, quản lý môi trường còn chồng chéo, chưa đưa về một đầu mối. Công tác thanh tra, kiểm tra, ngăn ngừa và xử lý đối với các cơ sở gây ô nhiễm chưa kịp thời, chưa kiên quyết, chế tài chưa đủ mạnh để ngăn ngừa vi phạm.