III. NGÀY GIAO NHIỆM VỤ : 24-06-
1. TỔNG QUAN
1.4.1. Những đặc tính mong muốn của STR dùng trong phá py
Trình tự lặp STR cũng được phân loại theo chiều dài của đơn vị lặp lại. Đơn vị lặp dinucleotide gồm 2 nucleotide lặp lại liên tục nhau thành một vùng nhất định. Trinucleotide có 3, tetranucleotide có 4, pentanucleotide có 5 và hexanucleotide có 6 nucleotide trong một nhóm lặp lại. Tuy nhiên, đơn vị lặp loại tetranucleotide trở thành marker STR phổ biến nhất dùng trong xác định cá thể nhờ những thuận lợi nhất định như sau:
+ Phổ kích thước alen hẹp cho phép multiplex
+ Phổ kích thước alen hẹp giảm hiện tượng mất alen do ưu thế khuếch đại alen kích thước nhỏ
+ Khả năng tạo thành các sản phẩm PCR có kích thước nhỏ nên rất thuận lợi cho những mẫu DNA bị thoái hóa
+ Giảm hiện tượng tạo thành các sản phẩm stutter so với đơn vị lặp 2 nucleotide. Điều này tạo điều kiện thuận lợi trong việc đọc kết quả mẫu tạp.
Trong những thập niên trước, người ta đã khám phá và ứng dụng tetranucleotide vào xác định cá thể [4]. Những vùng marker này phù hợp cho việc định kiểu gen cho những mẫu DNA thoái hóa, đặc tính tạo stutter thấp và STR nhiễm sắc thể Y để có thể phân tích hỗn hợp mẫu nam-nữ trong trường hợp xâm hại tình dục [8]. Chuẩn chọn vùng STR thích hợp cho ứng dụng xác định cá thể được Gill và cộng sự 1996, Carracedo và Lareu 1998 mô tả như sau:
+ Khả năng phân biệt tốt, thường >0,9 và dị hợp tử >0.7
+ Tách biệt vị trí trên nhiễm sắc thể tránh trường hợp liên kết vùng gen. + Cho kết quả rõ ràng khi chạy phản ứng multiplex
+ Đặc tính tạo stutter thấp + Tỷ lệđột biến thấp
+ Chiều dài của các alen ước đoán nằm trong khoảng 90-500bp với kích thước nhỏ hơn, phù hợp cho việc phân tích các mẫu DNA thoái hoá.
Chương 1. Tổng quan tài liệu
Trang 15
Để thuận tiện, các marker STR điển hình ứng dụng trong hồ sơ DNA thường được thiết kế trên các nhiễm sắc thể riêng biệt nhằm tránh những rắc rối do sự liên kết giữa các marker.