III. NGÀY GIAO NHIỆM VỤ : 24-06-
1. TỔNG QUAN
1.5.4. Kỹ thuật phân tích hồ sơ DNA
Trong quá trình khuếch đại các alen STR, một số hiện tượng thường gặp gây khó khăn cho việc phân tích và diễn giải kiểu hình của các alen hiện diện trong mẫu DNA đích như stutter products (xuất hiện các đỉnh phụ bên cạnh đỉnh alen chính) và non- template addition. Ngoài ra còn có một số yếu tố khác cũng ảnh hưởng đến kết quả hồ sơ DNA bao gồm: microvariants (vi biến), tri-allelic patterns (kiểu 3 alen), alen dropout (mất alen) và mutation (đột biến).
Chương 1. Tổng quan tài liệu
Trang 21
Hình 1.11. Hình ảnh stutter của một vài alen [4]
Cơ chế giải thích sự xuất hiện các sản phẩm lặp lại là do sự bắt cặp lỗi trượt-sợi (slipped-strDNA mispairing) [16], [33]. Trong kiểu slipped-strDNA mispairing, một vùng nào đó của phức hợp primer-template trở nên không bắt cặp được, dẫn đến hiện tượng mồi hoặc sợi khuôn của đoạn trình tự lặp tự tạo thành vòng non-base-paired [16]. Từđó, vòng lặp lại là sản phẩm PCR có kích thước ngắn hơn alen STR khuếch đại ban đầu một đơn vị lặp lại đơn.
Trang 22
Các stutter ảnh hưởng phần nào đến việc giải thích kết quả hồ sơ DNA, đặc biệt trong trường hợp hai hoặc nhiều cá thể có thểđã góp phần vào mẫu DNA cần phân tích. Bởi vì khi các sản phẩm stutter có kích thước tương tự như các sản phẩm PCR thực thì khó xác định được đâu là stutter của alen kế cận và đâu là đỉnh alen thực? Có thể tóm tắt một số nét nhận dạng stutter như sau :
- Một đỉnh nhỏ và xuất hiện ngay trước đỉnh alen chính tương ứng ;
- Tỷ lệ phần trăm chiều cao giữa đỉnh stutter và đỉnh alen tương ứng với nó thường thấp hơn 15%
- Lượng stutter tùy thuộc vào loại locus cũng nhưđiều kiện PCR và polymerase đã sử dụng ;
- Xu hướng các stutter sẽ giảm xuất hiện với các đơn vị lặp lại dài hơn (pentanucleotides<tetra-<tri-<dinucleotides) ;
- Trong một locus, lượng stutter nhiều hơn ở các alen lớn;
- Lượng stutter ít hơn nếu trình tự của các đơn vị lặp lại không hoàn hảo. • Non-template addition
DNA polymerase, đặc biệt là Taq polymerase dùng trong PCR, thường thêm một nucleotide vào đầu 3' của sản phẩm PCR [9], [24]. Loại nucleotide thường được thêm vào nhất là adenosine, do vậy thường được gọi là adenylation (adenyl hoá) hoặc dạng ‘+A’ của amplicon. Kết quả là sản phẩm PCR dài hơn 1 đôi base so với trình tựđích.
Chương 1. Tổng quan tài liệu
Trang 23
Hình 1.13. Mô hình non-template addition [4]