Khó khăn trong việc khai hải quan
Giai đoạn này, nhân viên chứng từ gặp khó khăn trong việc tra mã HS, khai sai thông tin trên trên hệ thống ECUS5.
Khai sai các tiêu chí trên phần mềm VNACCS: có một số tiêu chí có thể chỉnh sửa bổ sung nhưng có một số tiêu chí không thể chỉnh sửa bổ sung mà phải khai lại tờ khai mới; dẫn đến việc thông quan làng hóa bị chậm trể. Đặc biệt tờ khai đã được đóng thuế thì phải mất thời gian điều chỉnh thuế rất lâu.
Nhiều thông tin vẫn chưa biết nên nên nhân viên phải gọi điện cho khách hàng để nhờ cập nhật thông tin còn thiếu vì thế phải tốn khá nhiều thời gian khai báo. Ngoài ra, trong quá trình khai báo lỗi đường truyền dữ liệu còn kém nên việc tiếp nhận hồ sơ khai hải quan mất thời gian.
Áp mã số hàng hóa (HS code) chưa chính xác: do chưa nắm rõ nguyên tắc áp mã theo quy đinh. Có một số loại hàng cùng có mô tả ở nhiều nơi khác nhau trong biểu thuế có thể với thuế suất khác nhau gây lúng túng cho người khai hải quan. Nhưng theo nguyên tắc mã số của hệ thống hài hòa (mã HS code) thì mỗi loại hàng hóa chỉ có một mã số duy nhất – vậy vấn đề ở đây là phải tìm cho được mã số phù hợp cho mặt hàng đó.
Khó khăn trong việc làm thủ tục thông quan tại cảng
Nhân viên hiện trường gặp khó khăn trong lúc làm thủ tục thông quan hàng hóa tại cảng: sai quy trình, sai chứng từ, chứng từ thiếu. Khó khăn trong lúc làm việc với cán bộ Hải quan kiểm hóa ở cảng, Hải quan gây khó khăn cho nhân viên hiện trường vì mục đích tư lợi riêng.