Trong quá trình bệnh diễn biến của bệnh, nhiều biến chứng có thể xảy ra, trong đó có không ít các biến chứng nặng nề và nguy hiểm như shock nhiễm trùng dễ dẫn đến suy gan thận không phục hồi dẫn đến tử vong. Ngày nay các biến chứng của sỏi đường mật ít gặp hơn do có nhiều trang thiết bị hiện đại giúp chẩn đoán chính xác và điều trị hiệu quả.Các biến chứng có thể gặp của sỏi mật:
Nhiễm trùng đường mật: Khi sỏi là tắc nghẽn đường mật nhưng không được giải quyết kịp thời sẽ dẫn đến viêm đường mật rồi viêm mủ đường mật.
Shock nhiễm trùng: Khi tình trạng nhiễm trùng đường mật kéo dài không xử lí hay xử lí không đúng cách, không kiểm soát được tính trạng nhiễm trùng sẽ dẫn tới shock. Tỉ lệ tử vong do shock rất cao, có thể lên tới 100%.
Áp xe gan đường mật: Bắt đầu là viêm đường mật, sau đó là viêm mủ đường mật. Nếu không điều trị kịp thời sẽ dẫn đến áp xe gan đường mật. Ổ áp xe khá to và nằm gần mặt gan có thể vỡ lên lồng ngực vào khoang màng tim, khoang màng phổi và phế quản.
Thấm mật phúc mạc: Đường mật tắc nghẽn làm áp lực đường mật tăng cao, dịch mật thấm qua thành túi mật dãn mỏng vào ổ bụng. Khối lượng dịch mật thường ít hay rất ít. Ổ bụng không mủ không giả mạc.
Viêm phúc mạc mật: Là do một nơi nào đó trong đường mật bị hoại tử hay thủng, chổ thủng đó có thể ở túi mật hay đường mật, ổ bụng có dịch mật đục bẩn hay có mủ, nếu phát hiện muộn người bệnh có thể rơi vào nhiễm trùng nhiễm độc.
Viêm tụy cấp: Sỏi bị măc kẹt ổ cơ thắt Oddi, dich mật từ bóng Vater trào ngược vào ống Wirsung. Điều trị viêm tụy cấp do sỏi là lấy sỏi lập lại sự thông thoáng của đường mật.
Suy thận cấp: Suy thận cấp là hậu quả của nhiễm trùng nhiễm độc nặng và có tỉ lệ tử vong khá cao.
Rối loạn đông máu: Khi không có dịch mật ruột không thể nhũ tương hóa chất béo để hấp thụ vitamin K, giảm khả năng tổng hợp Prothrombin và các yếu tố đông máu.
Chảy máu đường mật: Nguyên nhân rất đa dạng: chấn thương, sỏi mật, các bênh viêm nhiễm không do sỏi, các bệnh về mạch máu và ung thư.