Với mục tiêu xây dựng hệ thống kiểm tra sau thông quan trong tổng thể Chiến lược phát triển hải quan đến năm 2020 và những năm tiếp theo hiện đại, chuyên nghiệp, chuyên sâu phù hợp với chuẩn mực quốc tế, hoạt động tập trung, thống nhất và hiệu quả trong toàn ngành trên cơ sở ứng dụng công nghệ thông tin hiện đại và phương pháp quản lý rủi ro, đáp ứng yêu cầu quản lý và yêu cầu cải cách phát triển, hiện đại hóa Ngành Hải quan; kiểm tra hải quan được chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm, đảm bảo sự đồng bộ trong kiểm soát các khâu trước, trong và sau thông quan nhằm tạo thuận lợi tối đa cho hoạt động xuất nhập khẩu hợp pháp của doanh nghiệp đồng thời vẫn đảm bảo yêu cầu quản lý nhà nước về hải quan, các giải pháp được đặt ra là:
1. Tăng cường công tác Kiểm tra sau thông quan đáp ứng cải cách hiện đại hóa hải quan và định hướng chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm, hướng dẫn tuân thủ pháp luật, tạo thuận lợi cho doanh nghiệp trong hoạt động xuất nhập khẩu hàng hóa, răn đe ngăn chặn kịp thời các trường hợp cố tình gian lận gây thất thu cho ngân sách nhà nước, góp phần quan trọng vào việc hoàn thành nhiệm vụ chính trị thu ngân sách của Ngành Hải quan thông qua việc hoàn thiện và triển khai thực hiện hệ thống pháp luật, quy trình thực hiện kiểm tra sau thông quan, triển khai đề án tăng cường năng lực kiểm tra sau thông quan đến năm 2020 và tầm nhìn đến năm 2025, đẩy mạnh thực hiện chương trình doanh nghiệp ưu tiên và công nhận lẫn nhau với Hải quan các nước.
2. Đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin, áp dụng quản lý rủi ro trong việc thu thập thông tin và đánh giá doanh nghiệp phục vụ hoạt động kiểm tra sau thông quan, xây dựng các chương trình, phần mềm chuyên sâu hỗ trợ hiệu quả cho công tác thu thập thông tin phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan xuyên suốt thông tin từ cấp Tổng cục đến các Cục Hải quan (phần mềm phân tích số liệu xuất nhập khẩu); xây dựng quy chế phối hợp, trao đổi thông tin nhằm tăng cường phối kết hợp giữa lực lượng kiểm tra sau thông quan với các đơn vị trong Ngành Hải quan.